洛克菲勒對此一理想也很讚同，隻是他仍保持小心謹慎的一貫作風，先觀察研究他人的成敗，再自己實行。商討結果發現組成股權公司是一切辦法中的最優方案，它最能擴展營業，增大資產。於是，“標準石油公司”也於1899年6月改組，將新澤西州的“標準石油公司”重新登記，令其有權交換屬下二十個公司的股份，資金由一千萬美元增至一億一千萬，發行一千萬股的普通股票和十萬份的優先股。6月19日，董事會宣布，所有下屬的二十家公司與托拉斯已廢除的股票都應該換成新澤西公司的股票。於是，分散獨立的公司又再度組合為一了，股票集中之後，“標準石油公司”變成世界上最大最富裕的公司。在1906年，公司總資金是三億六千萬，而每年的淨收入是八千三百一十二萬。這種龐大的企業是當初誰也無法想象的，也許隻有洛克菲勒曾夢想過，而今卻是千真萬確的就在眼前。
當所有的“標準石油公司”的財產集中到新澤西的公司，國家的經濟也漸漸步入正軌之時，洛克菲勒已萌退意。三十年的商場競爭，損耗了他的健康，1890年他開始抱怨消化係統方麵的毛病及神經緊張，所以，他準備逐漸退出商場，不再著手管理業務諸事了。1893年，他得了一個神經性的疾病，須髭脫落，身體緊張，同時身體開始發胖。他慢慢一步一步地退出他的企業王國，至1896年就很少去上班了，但偶爾還替手下管管賬。到1897年就完全不管事了，算是正式退休。這六七年來，他老了許多，從1890年的相片上來看，他仍是個精神奕奕的中年紳士，而到了1896年，半年當中他就變成一個肥胖又禿頂的老人了。
新的發明和新的市場，已非年屆六十的洛克菲勒所能對付的了，所以他的退休可謂明智之舉。當時，石油的市場已發展到密西西比河以西的廣大地區，再加上汽車的發明，一夜之間把石油工業帶到最高峰的地位。
1895年，汽車隻是一個令人感到好奇的新發明；但到1900年，汽車漸漸成為有錢人的寵物；到1915年，它已變成美國大眾的交通工具。石油工業也隨著身價的提高，各公司更進一步地少產煤油而開始提煉汽油。“標準石油公司”自然是汽油界的首領，不斷地增產。從前洛克菲勒壟斷市場的理由是要使市場規律化，因為當時煉油廠的資本小，任何有點資金的人士都可以競爭一番，所以往往自相殘殺，導致市場一片混亂，而使得洛克菲勒有借口出來統一局麵，壟斷市場。但隨著石油工業的發展，汽車的興起，汽油逐漸成為主要的燃料。而提煉汽油和各種潤滑油卻不是一件簡單的工作，需要高級的技術，昂貴的機器。而在這方麵，一般小資本的商家是根本不可能打進市場與有勢力的“標準石油公司”一爭長短的，所以“標準石油公司”十足地稱霸於業內，真正地壟斷了市場。
洛克菲勒自己創建托拉斯，把小型分散的工業帶入統一的、壟斷的工業，姑且不論道德上的價值，但隻就工業上來說，他自創了一個新紀元。隨著汽車工業的蓬勃發展和接著而來的飛機工業的興起，洛克菲勒創建的時代已完全改變，所以在此關鍵時刻需要一個接棒人。在洛克菲勒離開之後，亞格博接棒。亞格博用盡一切辦法來迎接新時代，滿足市場，為洛克菲勒集團帶來更多的財富。當時雖然洛克菲勒已將實權交出，但亞格博和老同仁仍希望他擔任董事長，作為他們精神上的支持。這也是洛克菲勒一直沒有正式宣布辭職的原因，以致日後亞格博行事的方針或作業的計劃有錯誤或得罪他人的地方，輿論界也一一怪罪於洛克菲勒。洛克菲勒一生事業雖然龐大，但很少得到旁人的稱讚，總是招人非議、批評，甚至對簿公堂，這也是最使他及他的家族感到遺憾的地方。