公元1861年，即鹹豐十一年九月二十三日，鹹豐皇帝的靈柩要運回北京。慈禧以護送靈駕任務重要，讓肅順等人護送，自己卻和慈安太後、小皇帝載淳繞小道提前四天回京。回京後，慈禧立即召集在京的王公大臣訴說了肅順等人的“罪狀”，並說“輔政之事”是肅順等人偽造的詔書，並不是鹹豐皇帝的“欽命”。大學士周祖培、賈楨等立刻上疏，要求皇太後臨朝聽政。勝保等武將更是氣勢洶洶地說：“非皇太後臨朝聽政，召對群臣，沒有辦法通下情而正國體。”滿朝文武見此情形，沒有一個敢反對的。加上英法使館早就揚言：“隻要朝廷不在北京，端華、肅順繼續掌政，我們就不認為中國已確實承認了條約。”以此施加壓力。
鹹豐十一年九月三十日，慈禧挾製載淳，傳旨將載垣、端華、肅順等人革職拿問，並嚴行議罪。接著突然將載垣、端華、肅順3人逮捕，逼令載垣、端華自殺，將肅順處斬，其餘5人或革職或發遣。與此同時，凡擁戴垂簾聽政的人都按功行賞，加官晉爵，其中當屬恭親王奕頭功，被封為議政王，在軍機處行走，掌握了軍政大權。
鹹豐十一年十一月一日，慈禧與慈安在養心殿東暖閣垂簾聽政。廢棄載垣擬定的年號“祺祥”改為“同治”，以示兩宮皇太後與小皇帝一同治理朝政。因為這一年是辛酉年，曆史上稱為“辛酉政變”；又由於這次政變發生在北京，外國人多稱為“北京政變。”這次政變，開始了慈禧長達48年的黑暗統治，在慈禧一生中占有極其重要的位置。此時，名義上為兩宮太後聽政，但慈安僅是陪襯與擺設，實際朝政大權全由慈禧一人操縱，慈禧已成了不掛名的女皇。朝臣對她雖不呼“吾皇萬歲”，然卻又把她神化於皇上之上，稱她為“老佛爺”。這一年，慈禧才27歲。
再度垂簾罔顧國憂
慈禧垂簾聽政後，對外進一步投靠列強，滿足外國侵略者的無理要求；對內聯合各方麵的反動勢力，瘋狂鎮壓太平天國革命和少數民族起義。為了鞏固自己的地位，慈禧采取各種陰謀手段，培植親信，排斥異己，逐漸在朝廷裏形成了自己的勢力範圍，成為不可冒犯的大獨裁者。
公元1873年，即同治十二年，同治皇帝已經18歲了。依照祖製，慈禧應該把政權交給皇帝，這叫做“還政”。對此，慈禧盡管十萬分不願意，卻也毫無辦法。偏偏同治皇帝不爭氣，由於慈禧多方幹預他的私生活，在後妃之間製造諸種矛盾，賭氣之下不再親近後妃，竟讓太監領著，微服化裝到花街柳巷去尋歡作樂，結果染上了重病，同治十三年十二月便一命嗚呼。慈禧與同治皇帝沒有多少母子情誼。同治給慈安請安，還留下說一會兒話。等到了自己的親生母親那裏，反而連一句話也沒有，母子關係越來越糟。在慈禧眼裏，權力比兒子重要。同治皇帝長到14歲時，按照前朝慣例，就應該接掌政權（即親政），可是慈禧根本不提這碼事。直到同治皇帝17歲時，慈禧才不得不答應次年還政。但是多年來，慈禧的黨羽已遍布朝廷內外，同治皇帝即使掌握了政權，實際上也當不了多大的家。對於這一點，同治皇帝心裏自然也很明白。同治皇帝在執政前後，也曾與慈禧發生過幾次衝突，表示了他的不滿，但最終也沒起什麼作用。
同治皇帝死了，但他沒有留下孩子。按照規矩，可以選一個年長一些的晚輩，繼承皇位。但是那樣一來，慈禧就成了太皇太後（祖母輩），就不便於再繼續聽政。於是同治帝一斷氣，慈禧立即派親信太監和士兵把守宮廷內外，然後召集親王大臣進宮舉行會議，提出繼承皇位問題。慈安提出立恭王奕的兒子載徵為帝，奕害怕慈禧猜疑，提出立溥倫為帝。慈禧當然不會同意，駁回了兩位提議人以後，自己提出立載淳的堂弟載湉來繼承皇位，慈禧做出這種安排，可謂煞費心機：首先，載湉與同治皇帝載淳是同輩人，慈禧仍可以以皇太後的身份聽政；其次，載湉年方4歲，不能理政，慈禧至少可以再控製十幾年政權；再次，載湉不僅是鹹豐皇帝的親侄子，還是慈禧的親外甥，便於控製。那些王公大臣，心裏都明白，可嘴上誰敢說個“不”字。同治十三年（1875年）十二月底，載湉繼承皇位，改元光緒。不到兩天，慈禧便表示：“皇帝雖然有了，但年齡太小，現在時事艱難，萬機待理，不得已，還要實行垂簾聽政。”於是兩宮太後再次垂簾聽政。