鹹豐皇帝死後，僅有6歲的皇子載淳即皇帝位。他馬上尊封鈕祜祿氏為皇太後，上徽號為“慈安”；由於懿貴妃葉赫那拉氏是小皇帝的生母，所以也一並尊封為皇太後，上徽號為“慈禧”。稱慈安太後為“母後皇太後”，稱慈禧太後為“聖母皇太後”。兩宮太後居住的宮院，慈安太後居上首，坐東。慈禧太後居下首，坐西。後來她們共同垂簾聽政，同樣是慈安太後坐皇帝座上首（東麵），慈禧坐下首（西麵），所以慈安太後又稱東太後，慈禧太後則稱西太後。
勤儉自重巧斬佞監
辛酉政變之後，慈安、慈禧兩宮太後在養心殿共同垂簾聽政。開始的時候，由於慈安太後位居正宮，名位高於慈禧太後，因此慈禧也不敢太張狂，大權一度由慈安太後掌握著。那段時間裏，節儉自愛的政風很濃。現在，以她為主垂簾聽政時，注重節儉自然是順理成章的事。她常以東南太平天國未滅、國家正處多事之秋為由，駁回一些阿諛奉承的大臣奏請大興土木重修圓明園的奏折。
原圓明園管理大臣殷德以園務不能振興為一大憾事，他百般懇求兩宮皇太後，堅持要重新修複圓明園。而這時太平天國農民革命雖已失敗，但撚軍和西北回民的武裝鬥爭卻氣勢正盛。慈安太後素來崇尚節儉，根本就不同意大興土木的修園之舉；而慈禧太後此時正韜光養晦，密謀奪權，也就頗為顧忌朝野內外對她所作所為的議論，無心過多地遊樂。所以殷德的願望，無法實現，心中也深感不快。
北京城內有一個名叫李三的大富豪，他很有勢力，但人品卻很壞。李三勾結廣東商人李光照，投殷德所好，與殷德拉上了關係。他們在小皇帝載淳出外遊玩時前往參見，哄騙小皇帝答應重修圓明園。李三與李光照暗自高興，以為可借此次機會大撈一把。為了能取得慈禧太後的讚同，李光照前去用重金賄賂大太監安德海，安德海開口要價20萬兩白銀，討價還價一番後，最終以10萬兩白銀成交。不料李光照行賄之事竟然被恭親王奕等大臣偵知了，立即上報給了慈安太後，素以節儉著稱的鈕祜祿氏大怒，立即命令刑部官員逮捕李光照下獄。接著傳下懿旨，命逮捕奸商李光照，並追查行賄修園一案。後來，安德海雖因慈禧太後關照，度過了這一風波，但重修圓明園之事直到同治皇帝親政前，再也沒被提起過。
在玩弄權術方麵，慈安太後遠遠不是慈禧太後的對手。同治四年，恭親王奕遭到慈禧太後暗算，被革除了議政王的頭銜。從此以後，慈禧太後就完全把持了朝政，慈安太後的“聽政”，也就隻是作為一種陪襯、一個擺設而存在了。節儉的那套做法自然而然也就隨之消失了。
盡管如此，在誅殺安德海的問題上，慈安太後還是起了決定性的作用。大太監安德海是直隸南皮（今屬河北）人，人稱“小安子”。同治初年，他因受慈禧太後寵幸，開始幹預國政。穆宗載淳雖然尚未成年，但對安德海飛揚跋扈的一套非常不滿，經常為一些事訓斥安德海，而每次挨了訓，安德海都要向慈禧太後訴委屈，慈禧太後馬上便召載淳來指責一番，這樣反而更加深了小皇帝對安德海的仇恨。
為除掉安德海，載淳曾找慈安太後密商辦法，他們認為山東巡撫丁寶楨敢作敢為，因此在丁寶楨入京晉見時，令他俟機誅殺安德海，丁寶楨慨然允諾。公元1869年，即同治八年，慈禧太後命安德海往南方采辦宮中用物，安德海自然得意非常，他公然打著欽差大臣的旗號乘樓船沿運河南下，一路聲勢浩蕩，大肆招搖納賄。安德海進入山東德州地界之時，丁寶楨得知消息。他令總兵王正啟率兵追捕安德海，一直追到了泰安，王正啟才抓住了安德海，並馬上把他押送到濟南府。安德海不識時務，死到臨頭還叫囂道：“我是奉皇太後的命令外出，誰敢冒犯我，那是他以卵擊石自尋死路！”
逮住安德海後，丁寶楨便飛馬上奏朝廷。慈安太後得到報告，立即召見軍機大臣奕及內務府大臣等商議處置辦法。諸位大臣都說太監不得出都城之門乃是祖製，大清建國200多年來還從沒有敢違犯的，如有違犯者要堅決處死，絕對不可饒恕，安德海應就地正法。慈安太後果斷地以皇帝的名義降旨，在濟南殺掉了安德海。這是她一生中幹得最出色的事情。
縱虎成患終遭暗算
慈安太後為人寬厚仁愛，小皇帝載淳雖不是她親生的兒子，但她與載淳的關係和對他的關愛卻遠遠超過了載淳的生母慈禧太後。傳說曾經有這樣一個故事：載淳常常出宮遊玩，他總是從後門出入，路旁有個賣涼粉的小攤，感到口渴時，他就去喝涼粉，但從來不知道應當付錢。賣涼粉的見他舉止不凡，認為他一定是大官家的子弟，所以也不敢向他要錢。有一次小皇帝看到別人喝了涼粉都交錢，感到很奇怪，就問賣涼粉的小販。小販回答：“我全家就靠這小買賣吃飯，怎麼能不收錢呢？”載淳聽完，非常內疚地說：“那我吃喝你的就多了，我要多賞你一些。現在我寫個條子給你，你拿條子去取錢，行嗎？”小販很高興地說：“這當然可以！”於是小皇帝寫了一張紙條給賣涼粉的小販。小販不識字，拿著字條去問朋友，其友人指著字條驚異地說：“這是敕令廣儲司付給你白銀500兩啊！廣儲司在皇宮中，誰敢命令他們付錢呢？難道這個喝涼粉的人，就是當朝的皇帝？”小販一聽，哪敢去皇宮中取錢。朋友卻極力慫恿他去試一試，於是小販硬著頭皮就去了。官員知道後立即向慈安太後做了彙報，慈安太後說：“這真是胡鬧！雖然是小孩開玩笑，但皇宮怎能失信於百姓呢！”馬上命令照紙條上寫的數目付銀子。接著又召小皇帝來詢問這事，載淳毫不隱諱地都承認了，慈安太後聽完隻是笑了笑。表現了她寬厚仁愛的性格。