努爾哈赤死後，阿巴亥悲痛欲絕，泣不成聲。她與群臣一起抬著努爾哈赤的靈柩回沈陽宮中。努爾哈赤屍骨未寒，爭奪汗位繼嗣的鬥爭卻已達到白熱化程度。
此時，除了代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極四大貝勒外，還有四小貝勒，他們是阿濟格、多爾袞、多鐸、濟爾哈朗。自那樁風流案之後，代善已無力爭奪嗣位了，倒是多爾袞三兄弟成了勁敵。多爾袞這時15歲，多鐸13歲，兩兄弟各領一旗，又有其37歲正當盛年的生母阿巴亥控製於上，實力強大，日後這汗位很有可能要落到那多爾袞的頭上。這自然為皇太極等人所懼，必定要排除這一後患。於是皇太極便用種種手段串通四大貝勒，在臨終遺命上大作文章。
在努爾哈赤駕崩的第二天，皇太極與代善、莽古爾泰3人來到後宮，由莽古爾泰向阿巴亥宣布了努爾哈赤的遺命，說阿巴亥心懷妒嫉，留之恐後為國亂，“俟吾終，必令殉之。”
阿巴亥抗爭不得，遂要求3個人一起發誓，保護她的兒子，然後沐浴盛裝，佩戴上努爾哈赤賞賜的珠玉，自縊而死。
太妃死後，多爾袞和多鐸年少失去依恃，無力爭汗位，代善等人早敗下陣來，於是皇太極繼嗣父汗以登大位。
皇太極稱阿巴亥不忘皇恩，殉葬死節，將她同先皇同柩裝殮，葬於沈陽東石咀頭山的福陵。當年向努爾哈赤告發阿巴亥和代善的那位德因澤和另一位庶妃阿濟根也一同殉葬。
順治初年，多爾袞攝政。於公元1650年追諡其生母阿巴亥為“孝烈恭敏獻哲仁和讚天儷聖武皇後”。順治八年，多爾袞得罪皇帝，阿巴亥遂被罷諡，連她的牌位也被“趕”出了太廟。
姓名：博爾濟吉特氏哲哲
生卒年：公元1599～1649年
籍貫：蒙古科爾沁
婚配：清太宗愛新覺羅·皇太極
封號：皇後
封後時間：公元1636年
諡號：孝端文皇後
博爾濟吉特氏，科爾沁蒙古貝勒（首領）莽古思之女，清太宗皇太極的結發之妻。端莊美麗，性情溫柔。當時因政治鬥爭的需要，努爾哈赤曾把自己的女兒嫁給科爾沁蒙古貝勒，科爾沁蒙古貝勒亦將自己的女兒嫁給皇太極，從而加強了滿蒙聯盟，壯大了滿蒙與明朝鬥爭的勢力。
公元1614年，哲哲出嫁那天，努爾哈赤命皇太極親自出迎。皇太極迎出很遠，在輝發扈爾奇山城，大宴親朋，舉行了婚禮。哲哲美麗端莊，性情溫柔，待人和善，婚後與皇太極生活得十分甜蜜，感情非常好。
公元1626年秋，努爾哈赤死去，經過激烈的爭奪，皇太極於當年九月繼承了汗位。哲哲被封為中宮大福晉。此後，哲哲的後母科爾沁太妃便常來盛京城看望女兒。每次嶽母來，皇太極都要親自迎送，並賞賜給許多金銀珠寶，綾羅綢緞。
公元1636年，盛京（今遼寧沈陽）城內張燈結彩，一片歡騰。後金大汗從這一天起改稱皇帝，年號崇德，改國號為清。
這位大清第一個皇帝登基之後，對他的後宮也進行了加封。盛京的後宮，包括清寧宮、關雎宮、永福宮、麟趾宮和衍慶宮，是後妃居住之處。皇太極有後妃15人，其中7人來自蒙古，這7人中又有3人來自科爾沁部，她們都姓博爾濟吉特氏，而且是姑侄兩輩。原來的中宮大福晉是科爾沁蒙古貝勒莽古思之女，名叫哲哲，現在被封為清寧宮皇後；她的大侄女海蘭珠是莽古思之子宰桑之女，現在被封為宸妃，居於關雎宮；小侄女布木布泰是海蘭珠的妹妹，現在封為莊妃，居於永福宮；其他兩宮來自蒙古阿霸垓部，一個為麟趾宮貴妃，一個為衍慶宮淑妃。
哲哲做了皇後的第二年，太妃又來到盛京城，皇太極設大宴歡迎。宴會後，皇太極追封已去世的嶽父莽古思為和碩福親王，封太妃為和碩福妃。
哲哲皇後恪守婦道，從不妒嫉，生活得平平安安。唯一的遺憾是她未能為皇太極生個兒子，因此，後來又把兩個侄女進奉給皇太極為妃。皇太極對她們十分寵幸，對她這個皇後不免有些冷落。她也不計較，始終恭順地侍候著皇太極，並且關心和照顧著諸宮妃嬪。