阿巴亥跟從努爾哈赤的20多年，正是努爾哈赤勢力發展的關鍵時期。她跟隨努爾哈赤從費阿拉到赫圖阿拉，又到界凡，她看著努爾哈赤滅輝發，並烏拉，創八旗，征服東海女真，降服薩哈連部；她看著努爾哈赤在赫圖阿拉創立“後金”政權，稱大汗。她也看著努爾哈赤興師攻明，取得薩爾滸大戰的勝利。
薩爾滸大捷後，努爾哈赤在這裏修築了薩爾滸山城，將太妃及親眷接到這裏。他又率軍隊攻取遼陽、沈陽去了。
公元1621年，後金攻占明遼東的首府遼陽，努爾哈赤遂將都城遷到這裏。太妃也同諸福晉一起，在眾貝勒的迎接下來到遼陽，踏著蘆葦席上鋪設的紅地毯走進後金汗的宮門。
4年後，努爾哈赤又決定遷都沈陽。當時的沈陽比遼陽城小一半。但是它的地理位置卻更為重要。努爾哈赤認為它是“形勝之地”，便於控製整個東北地區，因而決定遷都於此。
努爾哈赤遷都後，沈陽被稱為盛京。公元1625年，開始改建沈陽城，興修沈陽宮殿。
阿巴亥跟隨努爾哈赤從費阿拉到沈陽城，宮殿一天天宏偉豪華，地盤一天天擴大，後金政權也一天天強盛起來。然而，在這漫長的曆程中，圍繞著汗位權力的鬥爭也是激烈而殘酷的，努爾哈赤為強化和擴大汗權，不惜幽弟殺子，骨肉相殘，他的弟弟舒爾哈赤和長子褚英就死在他的手上。連這位最受努爾哈赤寵愛的太妃，最終也成為汗位爭奪的犧牲品。
長子褚英被囚死後，圍繞後金“建儲”問題的明爭暗鬥更為激烈了。鬥爭主要在大貝勒代善和四貝勒皇太極之間展開。這時候，四大貝勒（代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極）中隻有代善與皇太極二人最有希望成為汗位的繼承人。在削平諸部、奪取遼沈一係列戰爭中，他們跟隨父汗東征西討，立下的戰功最多。這二人相比，以序齒論，褚英死後，代善居長，皇太極為弟；以武力論，代善獨擁二旗，為皇太極所不及。且代善待人寬，深得眾人之心，皇太極則威嚴色厲，為人畏憚。努爾哈赤有意讓代善協助執掌國政。他曾對嬪妃們說：“俟我百年之後，我的諸幼子和大福晉就要交給大阿哥（即大貝勒代善）收養。”這就暗示出他日後要將汗位傳給代善。皇太極不甘心汗位被別人占去，他想方設法，要與代善爭個高低。
爭奪汗位的另一個潛在威脅，就是太妃阿巴亥的兒子們。阿巴亥是努爾哈赤晚年最寵愛的太妃，這位30出頭的少婦，更加明豔動人，努爾哈赤英雄暮年，兒女情長，從心裏喜歡她。還特命阿巴亥陪他同桌進餐，隻有她見了他可以不行大禮，隻有她可以在貝勒們議事時坐在他的身旁。子以母貴，阿巴亥的3個兒子自然為努爾哈赤所特別喜愛。尤其是多爾袞和多鐸，生得最像他們的父親，當時多爾袞雖隻有十幾歲年齡，卻多次跟隨父汗出征，表現出非凡的勇敢和才智。努爾哈赤更是視之為掌上明珠。如此受寵愛而年輕有心計的母親，如此受寵愛又才智過人的兒子，雖然年紀還小，在皇太極看來無疑是他爭奪汗位的潛在威脅。
公元1620年年初的一天，小福晉德因澤向努爾哈赤告發，說大福晉多次備佳肴送給大貝勒代善，大貝勒受而食之。她還送佳肴給四貝勒皇太極，四貝勒沒有吃。還有大福晉一天二、三次派人到大貝勒家去，像是商量什麼要緊的事。又說，大福晉有二、三次深夜出宮院。努爾哈赤派人調查，結果告發屬實。並且進一步揭發大福晉在諸貝勒大臣舉行宴會的時候，濃妝豔抹，與大貝勒眉來眼去。諸貝勒大臣早已心懷不滿，卻因懼怕大貝勒和大福晉而不敢向努爾哈赤報告。努爾哈赤聽了，極為震怒，但他不願這等家醜張揚出去，也不願加罪於兒子，便借口大福晉竊藏皇帛，迫令大歸，此後，小福晉德因澤因告發有功，取代了阿巴亥在餐桌上的位置。代善則被停止了臨朝攝政的權力，又被削奪了一旗。
德因澤的告密是皇太極指使的，他利用代善與太妃的陰私，一箭雙雕，既使太妃被廢，使多爾袞失了父寵，又使大貝勒代善聲名狼藉，失去了努爾哈赤的信任，為他以後奪取汗位邁出了重要的一步。
然而，一年後，阿巴亥又被複立為太妃。努爾哈赤對她的感情的確是太深了。他不能沒有她。且多爾袞、多鐸都被封為貝勒，分別領有正白、鑲白二旗。這樣爭奪汗位的鬥爭還將演出更加慘烈的一幕。
公元1626年正月，努爾哈赤在寧遠城下被袁崇煥打得慘敗，這是他起兵以來受到的最重大的挫折。他自己也被火炮擊成重傷，眾將士哭號著用紅布將他包裹著抬下陣來。此後他心情十分沮喪，陷入終日焦躁、痛苦之中，食不甘味，寢不安眠，憂鬱不舒，積憤成疾。他創傷未愈，癰疽突發，不得不於七月二十三日到清河湯泉沐養。但到了八月，病勢危重，便乘船順太子河而下，準備返回沈陽。這時，他感覺自己已經不行了，便派人召太妃來迎。太妃在距沈陽40裏的靉雞堡迎駕。八月十一日，68歲的努爾哈赤就在這裏死去。