就像變法改革因遭到舊黨的頑強反對進行得不一帆風順一樣，廢除新法的活動在變法派成員們的抵製下，同樣進行得不一帆風順。長期與變法派鬥爭的實踐，使高氏和司馬光等人深深懂得了這樣一個道理：政權上每放棄一塊陣地，變法改革就會邁進一步；政權上隻要保留一個角落，就能或多或少地阻礙變法的進展。新法是與變法派緊密聯係在一起的，而當時變法派首領蔡確、章惇、韓縝仍身居相位，要想進一步廢除新法，除了積聚、擴大自己的勢力之外，還必須不遺餘力地排擠打擊變法派，從而把全部政權攫取在自己手中。為了達到這一目的，高氏決定加強舊黨在禦史台、諫院中的力量，她在把王岩裏、劉摯、孫覺等人分別任命為監察禦史、侍禦史、諫議大夫之後，又在元豐八年十月，不經過諫官須由知製誥以上官員薦舉，然後由宰執大臣進奏的正規程序，直接下令任命唐淑向為左司諫，朱光庭為右正言。蘇轍為右司諫。宋代的禦史台、諫院（合稱台諫）職掌糾察百官、肅正綱紀，它控製言路，權力氣勢幾與宰相抗衡，而且有“風聞奏事”的特權，即不一定需要真憑實據，隻要抓住道聽途說的傳聞，就可以用來彈劾大臣，這一職能無疑大大強化了皇權，而使宰相的權力更受牽製。一班舊黨的幹將被接連安插進台諫之後，對變法派的參劾頓時掀起了更高的聲浪。
果然，司馬光一當宰相，立即加快了廢新法的步伐，同時也加緊了對新黨的排擠。正月時，司馬光連上兩道奏章，要求廢免役法恢複差役法，他挖空心思說盡了免役法的壞的漏洞和弄虛作假的伎倆，被任知樞密院事的變法派首領章惇一一捉住，敲點出來。司馬光老羞成怒，與章惇把官司打到了高氏簾前，章惇自恃有理，對司馬光冷諷熱嘲，大加挖苦，甚至說將來我豈能陪著你挨刀吃劍。原來對章惇就反感的高氏這下子更火冒三丈，立即部署台諫上章討伐。王岩裏說：“章惇輕佻浮薄，奸險凶悍，寡廉鮮恥，無大臣之禮，平常動不動說些詼諧下流的市井俚語，侮辱同事，今於簾前爭役法，又出言不遜。淩上侮下，敗群亂眾，大概是見陛下用司馬光做相，眼紅忌妒，心懷怨恨，請求痛貶以謝天下。”閏二月二十三日，章惇被貶至汝州（河南臨汝）。一個月後，韓縝也被貶到潁昌府。
高氏和司馬光等排擠新黨是為了給廢新法掃清障礙。到元祐三年底，新法已廢黜淨盡，新黨分子也基本上全部掃地出朝，有的被貶為地方官，有的被逐出政府，趕回老家閑住，有的被“編管”到偏遠州縣，失去遷居自由，高氏卻仍不放鬆對他們的迫害打擊。被“安置”到建州的原是王安石主要助手的呂惠卿後來曾說：“我被貶的9年間，連一口冷水都不敢喝，惟恐生病，讓那些好事之徒抓住把柄，說我是因悲戚愁歎得病的。”如果說呂惠卿不敢喝涼水是由於他自身恐懼緊張導致的話，那麼蔡確貶死於嶺南則完全是高氏一手造成的。