此後，雖然王安石一度恢複了相位，新法的基本麵也得以維持，但由於趙頊對變法的態度已越來越不如當初堅決，對曹氏的反對意見便開始覺得順耳了。趙頊曾有意發動一場恢複燕薊故土的戰爭，在與大臣商議之後，又到慶壽宮向曹氏稟報。曹氏問：“糧草、犒餉準備好了嗎？兵馬士卒訓練精了嗎？”趙頊說：“都已布署下去了。”曹氏說：“事關重大，可要慎重考慮。那點疆土，收回來，得到的不過是舉朝慶賀而已；萬一失利，則關係到生靈江山的存亡。切不可輕舉妄動。果真可行，那太祖、太宗早就收複了，何須等到今天？”趙頊說了句：“敢不受教！”立即取消了開戰的計劃。
政治上的矛盾漸趨緩和，祖孫二人的感情也愈益親密。元豐元年（1078年）正月，年逾花甲的曹氏患上了牙病，牙床鼓得老高，半邊臉龐也腫了許多，根本無法進食。趙頊十分焦急，詔令天下各地訪求牙科名醫進京治療。閏正月十五，為了讓曹氏高興，還特地命令再次在宮中搭設露台張燈結彩，過第二個元宵節。曹氏心裏歡喜，放開量連飲了數杯。
轉眼到了公元1079年初秋，清爽的西風剛剛開始驅散蒸騰的暑氣，曹氏卻添上了一種稱作“水疾”的新病。年邁的病體更需要靜心調治，然而朝廷上新近發生的一樁案件，卻使她無論如何也靜不下心來。
熙寧九年十月，王安石再度罷相後，圍繞變法在統治集團內部進行的一場嚴肅的政治鬥爭，逐漸演變成了排斥異己相互傾軋的權力鬥爭。元豐二年四月，擔任湖州（今浙江吳興）知州的蘇軾，在一道謝表中對時政發了兩句牢騷，立即招致了部分朝官的彈劾，禦史中丞李定說他包藏禍心，謗訕皇上。監察禦史裏行舒亶則從蘇軾詩詞中摘抄出隻言片語，說朝廷每行一項新法，他都寫詩惡毒攻擊，實行青苗法，蘇軾說“贏得兒童語音好，一年強半在城中”。以明法課試群吏，就說“讀書萬卷不讀律，致君堯舜知無術”。興修水利，他說“東海若知明主意，應教斥鹵變桑田”。嚴禁私鹽，他說“豈是聞韶解忘味，爾來三月食無鹽”。認為蘇軾愚弄朝廷，還把詩詞鏤版刻石，傳播中外，造成很壞影響，應該開刀問斬，以謝天下。趙頊遂命禦史台派人把蘇軾拘捕入京審問。禦史們來勢洶洶，蘇軾嚇得幾次想自殺，許多大臣也都以為他必死無疑了。享有天下奇才盛名的大文豪，隻因發了兩句牢騷，寫了幾首詩詞就被逮捕下獄，眼看要殺，這可是自古以來少有的大冤案，頓時在朝廷上激起了軒然大波。正直朝臣紛紛營救，就連退居金陵的王安石也上書說：“哪有盛世而殺才士的？”曹氏聞知，更是萬分焦慮，顧不上老病交加，支撐著找到趙頊說：“我記得當年仁宗皇帝錄取蘇軾兄弟為進士時，曾高興地說：‘我為子孫找到了兩個宰相。’現在卻聽說蘇軾因作詩被逮下獄，會不會是仇人中傷他呢？即使他寫詩真的有罪，其罪過也大不到那裏去。文人詠詩，本是常情，若一定毛舉細故羅織成罪，也不是愛惜人才之道，我已病成這個樣子，不能再因冤濫不慎，有傷中和，你應深思詳察才是。”趙頊聽罷，感動得流下了眼淚。最後，判蘇軾免於死罪，貶為黃州（今湖北黃岡）團練副使。