年輕的趙頊在渴望改革方麵比父親趙曙氣性更急，當皇子時，他就多次與老師韓維等人談論天下大事和變法圖強、改變國家貧弱不振局麵的抱負，即位不久就著手裁減宗室冗費，開始了局部的改革，熙寧二年（1069年）任命享有盛名的變法派大臣王安石為參知政事，翌年升為宰相。在熙寧二年至元豐八年（1085年）這16年間，趙頊和王安石對財政、經濟、軍事和官僚機構諸方麵，進行了全麵的整頓和改革，展開了一場轟轟烈烈的變法運動。與曆史上的所有改革一樣，這次變法也不是一帆風順而是在驚濤駭浪衝擊下進行的。自改革之日起，主張和支持變法者形成了以王安石為首的變法派，史冊上稱之為“新黨”；反對改革者則結合成反變法派，亦即史冊上所謂的“舊黨”。在熙寧二年至九年（1076年）王安石主持變法期間，新舊兩黨圍繞青苗法、募役法、市易法等，先後掀起了兩次鬥爭浪潮，變法派雖然勉強擋住了反對派的猛烈進攻，維持了改革的繼續進行，但力量卻遭到嚴重削弱，使得王安石兩次被罷相，最終離開了朝廷。而每次驚心動魄的鬥爭浪潮中，無不閃現曹氏的身影。
對於變法，曹氏早就打心眼裏不讚成，但或許一則由於趙頊待她孝敬備至，使她不忍心輕易撕破兩人間的脈脈溫情；二則由於對以往的不幸經曆記憶猶新，創傷未複，擔心在新的一輪政治鬥爭中再次遭到朝臣的暗算，所以在變法開始的幾年裏，她並沒有將不讚成的態度公開表露出來。然而曹氏終歸是曹氏，敢做敢為、勇於諫諍的性格，決定了她是不會對身邊發生的劇變漠然處之、不聞不問的。當變法的深入開展激起了舊黨們愈益激烈的反對的時候，特別是變法觸犯了與她保持千絲萬縷聯係的豪強和貴族世家們的切身利益的時候，她便本能地卷入了鬥爭的漩渦，扮演了興風作浪、推波助瀾的角色。
公元1071年，即熙寧四年九月，朝廷舉行祭祀明堂大典。這種活動舊例是要實行大赦的，前幾天，趙頊與趙顥來見曹氏，曹氏說：“天氣晴和，在這樣的好日子裏舉行典禮，真是大慶。”趙頊說：“確實。”曹氏突然話題一轉說：“我當年若聽說民間有什麼疾苦，必定告訴仁宗，仁宗常乘大赦之機落實，今天也應該這樣。”趙頊說：“現在民間倒沒有什麼疾苦。”曹氏說：“怎麼沒有？我就聽說百姓苦於青苗、助役錢，何不趁大赦之際罷去？”趙頊回答：“這是為了利民，不是困苦他們。”曹氏不甘心，又把矛頭指向了王安石，企圖采取釜底抽薪的辦法達到廢除新法的目的，便說：“王安石誠然有才學，但怨恨他的人很多，官家若真想保全他，不如暫時把他放為外任，可以過兩年再召回來嘛。”趙頊說：“群臣之中，隻有王安石能挺身為國，這樣的人十分難得，怎好趕他出朝？”趙顥從旁插話：“太皇太後說的都是至理名言，陛下不可不思。”方才與曹氏應答之間，趙頊就已寸步不讓，隻因礙於情麵，不好過分頂撞曹氏，眼下弟弟又來幫腔，他便再也憋不住了，向著趙顥勃然怒道：“難道是我壞了天下嗎？你來管吧！”趙顥嚇得眼淚都流了出來，委屈地說：“何至於這樣說呢？”曹氏碰了一鼻子灰，更是滿臉的不自在，三個人不歡而散。
新黨在第一個回合的鬥爭中取得勝利之後，在商業領域裏實行了市易法，即由政府出資在汴京等城市設置市易司，大量收儲各種滯銷貨物，待市場短缺時賒銷給商人販賣，一年後加息二分收回貸款。同時，取消首都汴京原先實行的宮廷及官府所需物品、人工都向各工商業行戶勒派的辦法，改為工商業行戶根據獲利多少按月或按季繳納“免行錢”，免除他們對官府的供應。市易法、免行法不僅限製了大商人操縱物價壟斷市場，剝奪了官府、宦官恣意勒索的特權，而且觸犯了與曹氏等人有特殊關係的兩個大人物——趙頊向皇後之父向經、曹氏弟弟曹佾的利益。向經一直控製著一批行戶，向他無償供應各種物品，實施免行法後，向經無法從中漁利了，竟厚著臉皮寫信訓斥市易司。曹佾家修建房屋，所需木料也直接向商人索要，分文不給。曹氏慶壽宮的宦官為了挑起事端，居然無中生有地以曹佾家仆人的名義偽造了一份狀文，誣告市易司強買曹佾早已定購的木料。於是，在與大商人有密切聯係的官僚士大夫向變法發起新的進攻的同時，向經、曹佾等人的怨言也在宦官們添油加醋之後傳進了曹氏及高太後、向皇後的耳朵，更激起了她們對變法的憎恨。宮內宮外反對勢力聯合掀起的第二次鬥爭浪潮，也就顯得尤為洶湧澎湃。曹氏和高太後甚至對著趙頊抹眼淌淚，說王安石變亂天下，河北等地的大旱已使百姓流離，喪失民心，市易法的實施更使京城民怨沸騰，可能會釀成暴亂。麵對母後的眼淚，趙頊彷徨不安，大大動搖了，不幾天王安石就被解除了宰相職務。