曹氏被迫退居深宮，趙曙正式親政，怪圈打破，避免了兩人關係進一步惡化的危險，趙曙緊接著把曹氏的住所定名為慈壽宮，意思是希望這位慈愛的母後能夠永遠長壽，並且把曹氏的弟弟已官任宣徵北院使、保平節度使的曹佾，加封為同平章事兼中書令，使他享有“使相”這一極其榮耀的官銜。可是長期形成的感情裂痕僅靠這一二個虛名是不能完全彌合的。事實上，趙曙仍對曹氏心存餘恨，就連曹氏所應享受的物質待遇，他都要施加這樣那樣的限製。在此之前，皇太後若需要什麼物品，包括日用器具，隻須憑事先加蓋了皇帝禦用之寶的空白文書直接到諸司庫務索要，諸司庫務就會立即供應，過後再由三司複奏皇帝就可以了。但如今臨到曹氏時，趙曙卻偏偏明文規定，必須首先由曹氏宮中的使臣把她需要的物品項目記錄下來，送到有關諸司庫務，再由這些部門另外書寫榜文奏報皇帝，等到皇帝同意，蓋上禦寶之後，才可供應實物，平白使手續變得繁瑣起來。這條規定雖經司馬光上書反對，但趙曙一直維持不改。事實證明曹氏以往的擔心不是沒有道理的，凡此種種不能不使她更加憤懣心煩。兩人的感情依舊冰凍三尺，碰到一些重大問題時，還會很自然地出現新的裂痕。
趙曙是作為趙禎的過繼兒子被立為皇子的，論理隻有趙禎和曹氏才是他的皇父母，而對於他的生父淄安朗王趙允讓，隻能按宗族輩分稱皇伯。然而對趙曙來說，真正有感情的還是其親生父母，他認為自己當了皇帝，就該父因子貴，生父不應仍然處在皇伯和王的地位上。治平二年（1065年）四月，詔令禮官及待製以上的官員討論應如何尊奉淄王。此詔一下，朝廷之上立刻紛爭鼎沸，掀起了一場轟動一時的政治風波。宰執大臣韓琦、歐陽修認為自古無稱父為伯之理，趙允讓應稱“皇考”，持此觀點的人我們可稱之為“皇考派”；司馬光、王珪等人則以“為人後者為人子，不得顧私親”為理由，認為趙允讓隻能稱“皇伯”，形成了“皇伯派”。兩派爭論激烈，聲震九重。曹氏聞知，也坐不住了，她想：稱趙允讓為皇考，這不是明擺著要排斥先帝和我獨一無二的地位嗎？果真這樣，那自己更無容身之處了，是可忍孰不可忍！她當即寫了一封手書，痛斥韓琦、歐陽修。太後的懿旨畢竟還是有相當分量的，趙曙迫於壓力，隻得宣布暫停討論。
當曹氏與趙曙的關係雪上加霜的時候，曹氏與趙頊之間卻嫌隙盡釋，春風和煦。在受到韓維教訓之後，趙頊就經常到慈壽宮看望曹氏，也許隻有在這時，慈愛的微笑才會回到曹氏的臉上。一次，趙頊身著全副盔甲，英姿颯爽來到慈壽宮，問曹氏：“娘娘，我穿這副盔甲好不？”曹氏笑著說：“你穿戎裝確實好看，可是，假若連你都要披掛上陣，那國家豈不危險了嗎？”趙頊乖乖地把盔甲脫下，祖孫倆又有說有笑談起了別的。
公元1067年，即治平四年正月初八日，趙曙因病逝世，20歲的趙頊繼位，是為神宗。孫兒當皇帝，曹氏得到的不僅僅是地位更加崇高，更重要的是心境出現了根本性的好轉。初十日，她被尊為太皇太後，居住的慈壽宮也改名為慶壽宮。趙頊仿佛是在用自己的溫情去彌補父親的冷漠似的，對待曹氏極其孝敬，凡是能讓曹氏愉悅的事，他無所不做。曹氏對趙頊的慈愛也是無微不至，有時趙頊退朝稍晚，她都要站在寢宮門外等候，甚至親手端飯給趙頊吃。有一年清明節，趙頊陪曹氏閑聊，偶爾說起好像無人能製做珠子鞍轡了。趙頊雖是言者無意，曹氏卻銘記在心，不幾天就私下令人繪成圖樣，從內庫中要來一副玉飾鞍轡送到後苑加工，裝飾上珠璣，送給了趙頊。趙頊非常感動，立即喚人牽來心愛的坐騎小烏馬，在福寧殿前親試。為了答謝曹氏，他親手設計了一乘小轎，製做得極其精致小巧，通體用珠玉黃金裝飾，進呈給曹氏說：“娘娘試乘此小轎，去涼殿散心。”
於是載著曹氏前往涼殿，他與高太後步行著攙扶左右，曹氏下轎後，感慨萬千，動情地說：“官家、太後親自扶輦，當初我在曹家做女兒時，哪敢想到會有今天的盛事！”滿麵春風，心裏比炎熱的天氣還要溫暖。她去世後，大臣王存獻的挽詞中說的“珠鎔錫禦恩猶在，玉輦空扶事已空”，就是指的這兩件事。
按照宋朝傳統的禮製，外戚家的男子是不能進內宮謁見太後或者皇後的，隨著曹氏年事日高，她的弟弟曹佾也成了老人，趙頊多次提出讓曹佾進宮與曹氏敘敘親情，曹氏都不肯答應。一天，曹佾向趙頊奏事，趙頊又提出這一要求，曹氏才勉強應允，趙頊便領著曹佾來到了慶壽宮。陪著坐了一會兒，寒暄幾句，趙頊想讓他姐弟倆單獨在一塊好好聊聊，便先站起身來，曹氏卻對曹佾說：“這不是你應該逗留的地方。”忙不迭地把他打發出去。曹氏這樣做並不是不念弟弟的親情，而是不想讓自己破壞祖宗確立的任何一項規矩。正由於她始終抱定“祖宗之法不可輕改”的政治信條，也就決定了她對趙頊的所作所為並不是事事都滿意、時時都愉悅的。