國難深重，與6歲的皇太子載淳似乎並沒有直接的關係。然後，隨著1861年8月年僅31歲的鹹豐帝的病死，曆史的責任一下就落在了這個尚不明事理的幼童身上。
皇帝由一個6歲的兒童來擔任，毫無疑問少不了輔佐之人，即皇權的實際操縱者。它召喚著有責任心的人挺身而出，誘使著有野心的人鋌而走險。鹹豐十一年，大清朝上演了一出將皇帝玩弄於股掌的皇權之爭。
鹹豐去世後，清廷主要有三股政治勢力在角逐皇權：一是鹹豐遺詔的親信勢力“顧命八大臣”，如怡親王載垣、鄭親王端華和戶部尚書肅順等，他們被認為是當然的同治帝的輔佐大臣；二是舊有的皇族勢力，即鹹豐帝的兄弟們，以道光帝第六子恭親王奕為首，他們原來有機會像鹹豐一樣稱帝，在此權力更替之際，認為有機可乘；第三，後宮勢力，即兩宮皇太後，包括東宮皇太後慈安和西宮皇太後慈禧，兩個有野心的女人利用對同治的監護權，也參與了對皇權控製的角逐。從鹹豐咽氣開始，三股勢力就開始了較量。
顧命大臣和後宮勢力率先交火。西太後慈禧首先發難，她指使人上疏請皇太後“垂簾聽政”，顧命大臣們以本朝沒有先例為由，嚴詞拒絕。雙方在朝廷上公開爭吵，慈禧以懷裏的孩子相要挾，嚇得小皇帝哇哇大哭，還尿了慈禧的褲子。慈禧見勢不妙，決定調動各方麵力量對抗顧命八大臣。她首先與皇太後慈安結成同盟，商定由二人共同垂簾聽政，各有職掌。然後她加緊與在北京的以奕為首的皇族勢力勾結，利用他們在朝廷中的舊有影響和勢力，並爭取到在北京握有兵權的勝保的支持。奕火速趕到承德與兩太後秘談，並返回北京布置政變事宜。慈禧還是不放心，她自己抄小道提前返回北京再加布置。11月2日，慈禧遂以同治皇帝的名義發布詔書，解除“顧命八大臣”的職務。幾天後，載垣、端華和肅順3人被處死，其他5人治罪。同時，廢除掉原確定的第二年為“祺祥”的年號，改為“同治”。慈禧發動的政變，被稱為“祺祥政變”或“辛酉政變”（這一年是農曆的辛酉年）由慈安太後和慈禧太後垂簾聽政。慈安為人比較忠厚慈祥，朝野大事主要由慈禧決斷。從此，大清國的曆史進入了長達半個世紀的後妃專製時代，家國天下悉數出於“一簾幽夢”。
養心殿東暖閣垂簾聽政處
“祺祥政變”無正義與非正義可言，無進步與倒退而論，這是一場純粹的國家最高權力的爭奪戰。無論是哪一方獲勝，他們麵對的都是一個內憂外患的爛攤子，麵臨的首要問題都是重新塑造一個太平祥和的大清國。隻不過，中華帝國的命運最後交在了一個權力欲極強的女人手裏，她也試圖革新政治、興利除弊、安邦定國。然而，當時的中國麵臨的矛盾比此前任何一個時期都要複雜，絕非一人之力可以扭轉。慈禧太後又是一個權欲極勝的女人，在執政期進一步加強了專製和獨裁，把專製主義中央集權玩弄到登峰造極的地步，這顯然是在開曆史的倒車。頗具謀略手腕的慈禧，為了守住自己的權力和地位，幾乎把自己的心智都化為權術，出爾反爾，猶豫不決，損失國家和人民利益，把中華民族推向更加多災多難境地。
危局大局已定
慈禧太後和奕以宮廷政變的形式奪得皇帝控製權之後，既要給自己的“奪權”行為正名，樹立“正人立朝”的形象，又要解決內憂外患問題，平寇禦侮，富國強兵，所以，他們提升了一批較為精明能幹的官員，重用了一批才學過人的理學思想家。此後一段時間，清廷不僅漸次鎮壓了全國各地的農民起義，暫時擺脫了被推翻的命運，又辦洋務、興教育，協調了與西方列強的關係，不僅社會局勢較為穩定，還出現了社會經濟複蘇的跡象，封建士大夫豔稱這一時期為“同治中興”。
這一時期的同治皇帝並沒有參與國家政務的處理，他的主要責任是看書學習。作為中興事業最重要的開創者，在京有恭親王奕，在地方有受到重用的曾國藩、左宗棠、李鴻章等人。