孫希旦金榜題名後，被朝廷授予翰林院編修，不久又擔任武英殿分校官兼國史三通館纂修官，所幹的還是老本行。白天他在館閣裏校勘宋朝王應麟所撰的《玉海》，晚上回家還得挑燈夜戰，通宵達旦地厘定契丹、金國兩誌。而且能者多勞，有時還得為館閣同事和弟子們作講解，幫助他們釋疑解惑，真是又忙碌又辛苦，而孫希旦卻樂此不疲、毫無怨言。等到《四庫全書》以及《契丹國誌》、《金國誌》都順利完成後，他卻因積勞成疾，不幸英年早逝，終年四十九歲。彌留之際，他曾口占《七絕》一首：
人禽相去隻幾稀，物欲橫流天理微。
病裏靜思半生事，茫茫四十九年非。
孫希旦為人耿直，為官清廉，為國任事更是鞠躬盡瘁、死而後已。平生不苟權勢、不貪富貴、不求車馬衣冠之好，潔身自愛、甘守清貧。他臥病期間，國史館仍按月送來俸銀，他堅決不受，理由是已告病假，不能再拿公家錢。他回鄉丁憂，朝廷照舊發給俸祿，他亦力辭不收。溫州知府和瑞安知縣聞訊，帶部屬趕往碧山桐田垟吊唁。當一班地方官吏見到堂堂探花出身、在京師為官多年的孫希旦，老家的祖屋竟是如此破舊，都不免為之唏噓，紛紛提議由官府撥銀為其改建新宅。孫希旦一一謝絕，說萬難從命。對於一些官員和鄉親送來的厚禮，也一概予以拒收。
對自己幾近苛刻的孫希旦，對他人卻毫不吝嗇。他一生恤貧濟困，急公好義，朋友鄉親一旦有難，往往傾囊相助。他早年家境貧寒，讀書和應試費用，曾得到浦北山下唐家的資助。出仕後，他念念不忘唐家恩德，竭盡全力幫助唐姓子弟讀書上進，後來唐家果然出了好幾個學者名人。孫希旦自己就是一位博學之士，四書五經無不精通，天文地理無不知曉。他常以“一物不知，儒者之恥”自期許，一生博覽群書，終日手不釋卷。他寫的詩歌清遠飄逸有王維、孟浩然之遺風。《瑞安詩徵》載有他的詩作三十二首，至今讀來仍生純樸清新之感。瑞安市文物館珍藏著他的一副對聯，筆法蒼勁挺秀，雄健雅致，可謂字如其人。
幾百度風雨春秋，當年孫希旦讀書的探花樓，早已樓宇圮毀，湮沒日久。直至2000年新世紀來臨之際，瑞安中學擇址陶峰山下建造新校園，該樓遺址恰在其中。古聖賢讀書處，今學子求知地，這是天緣之合，實為文脈延綿。如今，一座利用遺址中陶尖山、鵝掌岩和大榕樹等自然景觀，仿效明清時代建築風格的樓宇拔地而起。新建的探花樓還包括藏書閣、彙文堂、延暉榭、墨香軒、六藝亭、省身亭、樹人亭、行知廊、碑廊等，為千年古縣瑞安再添一處名勝風景。
先賢孫希旦，若九泉之下有知，也一定會為此備感欣慰的！