陳嘉庚一生熱心興辦華僑和家鄉的文化教育事業，辛亥革命後，他回到家鄉集美先後興辦了集美男子小學、集美女子小學、集美師範、集美男子中學、集美女子中學、集美水產航海學校、集美商業學校、集美農林學校、集美幼稚師範學校、集美國學專門學校共10所，另外還設立了幼稚園、醫院、圖書館、科學館、教育推廣部，統稱集美學校。1923年孫中山先生批準“承認集美為中國永久和平學村”，“集美學村”之名從此確定。這是當時全國惟一一個規模宏大、體係完整的“學村”。
五四運動爆發，更激發了陳嘉庚的愛國熱情，他來到廈門積極籌辦廈門大學，認捐開辦費100萬元，常年費共300萬元分12年付清。當時他的全部資產估值也不超過400萬元，可以說為辦大學他盡了最大的努力。廈門大學於1921年4月6日開學。這是當時全國惟一一所華僑獨資創辦的大學，可是，這距離陳嘉庚所設想的可以容納三四萬名學生的規模還相差很遠。因此，在建校兩年略有基礎之後，他就按原定計劃向南洋富僑開展募捐工作，其中有一位是糖業大王，資產在億元以上，一年可獲利二三千萬元，陳嘉庚親自寫信請其認捐500萬元作為廈大基金，或捐辦一個醫學係，以為紀念，竟然遭到拒絕。但他並不灰心，仍然為廈大的發展而奔波。接著又向萬隆、泗水兩位富僑募建廈大圖書館，也沒有結果。
為了替廈大、集美兩所學校籌措經費，陳嘉庚於1922年回到新加坡，整頓企業。最初三四年間，經營還很順利，年贏利都在百萬元以上。在他的大力資助下，廈門大學在教學、科研、基建、設備等方麵都獲得了巨大的進展。在建校10年間，院係設置由最初的師範、商學兩部擴展到文、理、法、商、教育5個學院和17個係。新建校舍40多座，3000餘間，麵積5至6萬平方米。增購圖書14.7萬餘冊，生物和人類學標本1.8萬餘件，還附有動物博物院、植物院、氣象台、物理機器廠、煤氣廠、製革廠等機構，備有充裕的機器、儀器和藥品以供教學試驗之用。還聘請了許多國內著名學者來校任教，形成了“麵向華僑、麵向南洋、注重實用、注重研究”的辦學特色，成為全國著名的大學之一。
可是，從1926年開始，由於日貨的傾銷和同行業的劇烈競爭，使陳嘉庚所經營的各項企業，連年虧損，入不敷出。規模最大的橡膠品製造廠，又因為他帶頭抵製日貨而被奸商雇人放火焚毀。使他在短短的三年間，資產損失460多萬元。而1929年到1931年間，世界經濟危機爆發，貨價暴跌，陳氏企業更是江河日下，一蹶不振。在這樣艱難的情況下，陳嘉庚仍舊竭力負擔廈大、集美兩校的經費。許多人勸他停止兩校經費來維持企業運轉，可是陳嘉庚卻說：“學校一旦停課關門，想要恢複就很難了。這樣不但耽誤年輕人的前途，還會給社會帶來巨大的負麵影響，在企業還能夠維持的時候，決不能停止辦學。”有一家外國壟斷公司以停止再為兩校提供經費作為條件提出合作，陳嘉庚斷然拒絕說：“不！企業可以收盤，學校決不能停辦！”但沒支撐多久，企業就難以維持下去了。最後被迫接受債權人的條件，1932年英國人的銀行團將陳嘉庚的所有企業改組為陳嘉庚股份有限公司，因為改稱股份製後，陳嘉庚就無權支付兩校的教育經費開支。為此，陳嘉庚拒絕再擔任董事經理。可是企業員工得知陳嘉庚不肯出任董事經理，就開始怠工。銀行團被迫不得不請陳嘉庚繼續留任，並請他開出條件。陳嘉庚堅持要月薪新加坡幣4000元，否則不能接受。當時正處於世界經濟不景氣時期，這月薪約等於今日的40萬元新幣。銀行團無奈，隻得接受他的條件。但在月終發薪金時，他卻囑咐銀行團把他的薪金彙給集美及廈大作為經費。銀行團驚訝不已說：“您把薪金彙給學校，那你靠什麼生活呢？”陳嘉庚說：“我的生活非常簡單，每個月隻需要幾十元就夠用了。”“那您的家庭也需要開支呀。”陳嘉庚說：“我的兒女都已經長大了，能夠照顧他們的母親了。”此外，他又通過捐款、借款、變賣校產種種方式千方百計地為兩校籌款，在他的熱情帶動下，許多華僑也紛紛捐資相助，使廈大得以支撐下去。不僅教職工待遇沒有降低，也未發生過當時教育界普遍存在的欠薪、扣發薪金等現象。這種情形一直維持到1934年陳嘉庚有限公司正式收盤為止。