抗戰勝利後，各校遷回集美。這時校舍瘡痍滿目，破爛不堪，陳嘉庚又為籌款修複校舍煞費苦心。當時學校負責人要接受美國“救濟物資”修複部分校舍，他嚴詞拒絕。從1946年起，學校又經曆了三年解放戰爭的艱苦時期。1949年解放前夕，國民黨軍隊進駐集美，學校被迫延期開學，校舍及教學設備被破壞。盡管解放戰爭時期學校遭受嚴重摧殘，但是一直沒有停辦，終於堅持到了解放。
陳嘉庚克服一切困難、堅毅頑強的辦學精神，在社會上，尤其是在廣大華僑中產生了廣泛而深刻的影響。不少華僑在他們各自的家鄉也創辦了許多學校，使華僑興辦教育事業蔚然成風。閩南一些規模較大的學校，如國光中學和小學、荷山中學和小學等，都是受陳嘉庚的鼓勵和影響而建立起來的。
解放後，廈門大學回到了人民的懷抱，陳嘉庚慶幸廈大的新生，十分關心廈大的建設和發展。他認為廈大應該辦成東南亞地區一所知名的大學，還要培養華僑學生。他擁護黨的教育方針，對國家的教育措施和學校的校務都采取信任、支持的態度。他自己則專心考慮學校的建築計劃，請人繪製圖樣，親自審查研究，並大量投資建築校舍。從1951年到1954年，由他經手籌措建築的就達59095平方米。這些建築中有大禮堂、圖書館、生物館、物理館、化學館、教工宿舍、學生宿舍、遊泳池、大操場等等。尤其是聳立在海濱大操場看台上方的以大禮堂為中心的五座大樓，構成了壯麗的景色和宏偉的氣勢。
至於集美學校，解放後，在人民政府的支持幫助下，經費問題不複存在。解放初期，政府各有關部門不但在教學上負責掌握全麵的領導，而且對學校的經費、儀器設備費，還給予部分補助，1956年開始實行全部負責。此外，還撥了七百九十八萬餘元，在陳嘉庚親自主持下進行重修和擴建。以八十高齡的陳嘉庚，每天扶杖步行數華裏，巡視各處工地。後來在北京臥病時，還通過書信、電報、電話來指導工程的運作。
陳嘉庚一心要把集美這個著名的學村建設成為美麗的適合於學習的文化區和風景區。解放前先後建立的電燈廠、自來水廠、科學館、圖書館、醫院等，解放後在黨和人民政府的關懷、支持下，都有了很大的改進和發展，還新建了福南大會堂和自來水池、自來水塔等。1950年，他在集美半島南端一大片海灘上築堤圍墾，建成三個毗連的海水淡水魚池，池邊蓋了各式各樣的民族形式的涼亭。每年端午節，就在池中舉行龍舟競賽，平時則作為同學課餘劃船遊覽的場所。又在東南海濱開辟遊泳池兩個。東海濱原有鼇頭小島，建有“集美解放紀念碑”，陳嘉庚又把這裏建成別具一格的“鼇園”，內有數百幅內容豐富多彩的精致的石刻浮雕。經過這些精心的規劃建築，集美學村呈現了一幅如童話中仙境般美妙的圖畫。
陳嘉庚在長期辦學的實踐中，形成了他的教育思想：第一，他提倡女子教育，反對重男輕女。大力倡辦女子學校，讓女子能上學，這在當時的曆史條件下，開了風氣之先，是難能可貴的；第二，強調優待貧寒子弟，獎勵師範生。他反對辦學分貧富，盡力幫助貧寒子弟上學。同時，他非常注意師範生的培養，嚴格選擇和物色師資人才，對於好的加以獎勵；第三，講究教學質量，注意全麵發展。陳嘉庚從辦學開始，就一直注意“德、智、體三育並重”，強調全麵發展；第四，主張“沒有好教師，就沒有好學校”，強調要確立教師在學校的主導地位，他認為要辦好學校，關鍵在於領導和教師，“千軍易得，一將難求”，要提高教學質量，很重要的一條就是“要選教師”，因此，他十分重視選擇校長和教師；第五，為了振興實業，培養生產技術人才，倡辦職業技術教育；第六，要求普及教育，並訂下同安“十年普及教育計劃”，設立同安教育會和教育推廣部。他為教育事業奮鬥了一生。