陳嘉庚對於僑居地的華僑教育事業也很熱心。當他初到新加坡的時候，海外僑胞子弟華文教育還隻有落後的私塾。早在1910年，他就在新加坡倡辦道南小學，這是他致力於教育事業的開始，也是海外僑胞新式華文教育的先聲。接著，他陸續興辦和支持興辦了崇福女學、愛同小學、水產航海學校、南僑師範、南僑女中等學校。1919年，鑒於新加坡還沒有一所完善的華僑中學，就邀集當地華僑人士，倡辦規模較大的新加坡華僑中學，這也是全南洋的第一間華文中學。
陳嘉庚辦學，純粹出於他的強烈的愛國主義思想；既非利用辦學作為營業上的宣傳，也不是依靠學校進行政治上的活動。當然，陳嘉庚實際上是一位明辨大是大非、跟著時代不斷前進的政治活動家。他的辦學，完全是為了祖國的進步和富強，是順應時代潮流的。
在開始辦學的時候，如覓地建設校舍，延聘校長、教師等等，遇到不少困難，陳嘉庚躬操力作，多方設法加以克服。在籌辦廈門大學的時候，他親自選擇校址，參加校舍設計，多方物色聘請校長及主要教師等。現在三麵環山，一麵臨海，風景優美，場地開闊，以鄭成功演武場舊址為中心的有曆史意義的校址，就是他親自選定的。在校舍設計方麵，現在仍然是全校中心的“群賢”、“集美”、“同安”、“囊螢”、“映雪”五座大樓采取“一”字形排列，就是他當時考慮到學校日後的發展，而修改了上海美國工程師設計的結果。此外，他還托人從國外買來許多圖書儀器，甚至做家具用的木材也是他從南洋買來的紅木。
集美師範和其他各校開辦的時候，師資十分缺乏，本省很難延聘。1917年興建校舍時，陳嘉庚就函托上海江蘇第二師範校長代聘校長和教師。1918年，又特地托江蘇教育會副會長黃炎培代為物色各校校長和教師。1919年，水產航海學校成立。當時，中國水產航海及漁撈師資奇缺，陳嘉庚親自函請上海吳淞水產學校選派學生前往日本留學，一切費用都由他負責。當時陳嘉庚對學生說：“我國沿海線很長，國防及海產都很重要，希望你們認真學習。”由於他注意選擇校長和教員，加上經費充足，幾年內集美學校不斷發展，在社會上漸漸有了名氣，1923-1924年間，當時的南北政府都正式承認集美是“和平學村”，爭得了不駐紮軍隊和免納田賦及各種苛捐雜稅的待遇，為學校進一步發展提供有利條件。
學校初具規模後，正碰上1929年至1932年資本主義世界經濟危機的風暴，在危機和日本帝國主義傾銷的雙重襲擊下，陳嘉庚的企業一蹶不振，每況愈下，維持廈大和集美學校的經費日見困難。1930年，一些親友勸他停辦學校或縮小學校規模，他堅決不肯，說：“兩校如關門，自己誤青年之罪小，影響社會之罪大。一經停課關門，則恢複難望。”1932年，當他的企業陷於極度困難時，外國某壟斷集團要把他的企業作為附庸公司而加以“照顧”，提出以停止維持廈集兩校為條件。他斷然拒絕，說：“寧使企業收盤，絕不停辦學校。”後來，他的企業因失敗而收盤，他在1937年不得已把廈大移交給國民黨政府接辦，改為“國立”；但仍多方籌措經費，維持集美各校的原有規模。
抗日戰爭爆發，集美校舍遭日寇飛機大炮轟炸，毀塌大半，而南洋彙款又極度困難。1942年，陳嘉庚逃難印尼，僑彙斷絕，但仍沒有使學校停辦。一方麵，在逃難前通過各種辦法繼續彙入辦學經費；另一方麵，各學校分別遷至安溪、南安、大田等地後，盡量節省開支。抗戰時期，教師更難請，為了能請到好教師，保證教學質量，學校仍然做到實際工資不低於公立學校，以保障教師的基本生活費用。教師們在陳嘉庚辦學精神的感召下，為了幫助學校克服困難，自願降低工資。這樣，終於渡過了八年抗戰的難關。
抗戰期間，陳嘉庚在政治思想和政治態度上獲得了極大的進步。1940年，他率領南僑總會組織的“回國慰勞視察團”回祖國慰勞抗戰軍民，實地的考察使他看清了蔣介石集團貪汙腐敗、禍國殃民的真相，對中國共產黨和毛主席領導的解放區無限敬佩和向往。從此，他把中華民族的希望寄托在中國共產黨身上，一直堅定地擁護共產黨的領導。