張謇辦了學校以後，卻又產生了一種想法：“竊恫夫學之不可以無征也。商羊萍實，聖人知之；後世經師大儒，義析毫毛，而或不能辨黍稷。”。1914年又有建國立博物苑之議，他不無感慨地表示：“縷縷此心，貫於一草一樹之微，而悠悠者世，不能無慮於數十百年之後，輯是品目，播諸中外，明是辛苦，一世所積，薪得仁人君子，矜惜而珍存之。”
1915年他為實踐普及科學的設想，在南通農校舉辦了一次以棉作為主的農業展覽會。對棉花播種適期、栽培密度、土壤及肥料成分、摘心整枝等等，以及不同作法對勞力資本的投入比較其經濟效果，除陳列出棉花品種、病蟲害識別和防治技術外，尚有中外原棉所紡出之棉紗對比，以及小麥（穀類）、牧草、花卉、果品、蔬菜等等。另外還設有農具館，陳列各種農具並一一進行解說，觀眾十分踴躍。
1915年張謇根據他的事業與形勢發展的要求，還在南通建立了軍山氣象台。他在《軍山氣象台報告書的序言》中指出：“為看陰晴燥濕風雷雨雪預測之驗……測候之用至廣，歐美各國，皆國家之主……豈私人財力所能充……惟是我國政變疊起，人事之救不遑，而奚暇於天？下走不自量……比者承乏農商，曾令各省設觀測公所矣，卒以費絀，甫張而旋弛，然則茲台其千百具之嚆知歟？抑碩果歟？未可知也。”
張謇對教育事業也有全麵考慮和安排，他除上述南通大學外，還曾創建女子師範、商業中學、盲啞學校、女紅傳習所、保姆傳習所（幼兒師範）、銀行傳習所，政治講習所，鍍鎳講習所、國文專修科、伶工學社（戲劇學校）以及圖書館、印書局等等。為辦這些教育文化事業的錢每年不下26—27萬元。
提倡科學籌組農（學）會
1895年張謇加入強學會，同年，他撰寫了《農會議》，具體建議有五：農會辦處宜分，議處宜合，合處惟上海宜。宜有總會，宜有會督，宜有學堂一區。宜延歐西化學師一人，東洋農師一人，蠶師一人，翻譯一人。宜有田四五十畝，其費由各府廳州縣農會分集。
（農會）宜就各府廳州縣舉願為此事、能為此事者一人為會長；又各舉願為此事、能為此事者二三人為會員（相當於副職）。
凡定章程、籌出入（經費）刻書報，皆會督（總會長）之事，會督、會長、會員有無公費（工資待遇）各處自議。
督撫（總督、巡撫）或地方官，有保護農會之特權。此權止在有益農會與有妨農會之事用之。
會員之事有三：辨土質、考物產、籌貲本（經費）。
張謇這個建議，較之當時譚嗣同執筆起草的上海《農學會會友辦事章程》有較大差距，主要的是張謇主張農（學）會靠官，而譚嗣同（或可代表康、梁維新人士）則大聲疾呼：“大哉學會乎，新謂無變法之名，而有變法之實者，此也！”
1897年張謇還給光緒皇帝上了一份《請興農會奏》重點闡明：“凡有國家者，立國之本不在兵也……在乎工與農，而農為尤要……考之泰西各國，近百年來講求農學，務臻便利”，接著引用西方報刊資料統計，加以說明。隨後表示：“臣查英國從前設立務農會，其君主特須詔旨，許以自由權……美國農會，大旨與此相同，收效尤盛。”然後筆鋒一轉，“中國有誌學農者，頗不乏人，近日上海設立農學會，專譯東西洋農報農書，未始非農政大興之兆。臣擬請皇上各省專派一人，主持其事”。這份奏折很長，講了許多引用西方農法，以興中土農業的道理。末尾提出：“如有山澤閑地，江海荒灘，一律撥歸農會，或試辦新法……或仍用舊法……或集公司，或借官款……”看來張謇當時構想中的農會或農學會，近乎現在農業開發的經濟實體，是他心目中一種民辦官助，既是農業生產，又搞科研、推廣的組織。
1898年清政府見諸行動的，有光緒下詔“兼采中西各法”振興農學，建立京師大學堂農科，以及首批派遣留學生赴歐美、日本學農。此外，戊戌之後，幾乎所有的各種學會，全都被查禁。唯農學會允許繼續存在，所刊《農學報》亦繼續出版。到1910年，在張謇的倡導下，又重組了全國農務總會。
1911年他在該會主辦之《農務聯合會雜誌序》中指出：“宣統二年，江寧勸業會之設，各行省之以農產會者、殆數十百種，由是士大夫合謀設研究會。會竟，懼其自此而終不通，由是複謀設聯合會”。至於辦這份雜誌的宗旨：“傳田父野老終身辛苦不能自達之閱曆，為農科學子口耳相授短於實習之導師”。