1941年，岡村寧次調集數萬日軍，開始對中國軍隊進行殘酷的大“掃蕩”。這時八路軍陷入很被動的局麵，喪失了一半根據地和人口，平原富庶地帶全部變成遊擊區，總兵力由40萬減至30萬。太行山上的前方總部被日軍特種部隊突襲，參謀長左權戰死。彭德懷後來曾深有感觸地對部下們說：“岡村寧次是一個比多田駿更為毒辣、更為老練的對手。他有很多本事，能實事求是，細致周密。每次進攻，他都要調查半年之久，做準備工作。沒有內線發動配合‘維持’他不進行‘蠶食’。他不出風頭，不多講話，對部下不粗暴，你從他的講話裏看不出他的動向來。他經常廣泛收集我們的東西，研究我們的東西，是曆來華北日軍司令官中最厲害的一個。”由於日本在太平洋戰場陷入困境，華北的日軍不斷被抽調，八路軍終於堅持了下來。
1944年，日軍計劃打通大陸交通線，責成華北方麵軍提出方案，這雖然不是岡村所主張的西安-成都作戰，但他還是認真作了準備，其實他早在1941年秋就在黃河南岸奪得了一個橋頭堡作為突破口，並不惜代價保持了兩年之久。鑒於中國軍第一戰區40萬眾分為蔣鼎文和湯恩伯兩個集團，而華北日軍140個大隊隻能動用一半約12萬人。他預計先消滅作為機動兵力的湯集團，然後再消滅以洛陽為中心的蔣鼎文守土部隊。針對湯恩伯喜歡打運動戰，而且喜歡趁日軍退卻時集中兵力突擊一翼的習慣，岡村命令內蒙的戰車第三師團秘密南下，部署在戰線後方，準備在湯恩伯反攻的時候給他當頭一棒。結果戰場形勢發展完全符合他的預計，湯的反攻剛剛顯出模樣就被打垮了。岡村也由守土的華北方麵軍司令調任進行大規模機動作戰的第六方麵軍司令。在到達武漢上任的時候，他驚訝地發現華南的製空權已經被中美空軍所奪去，武漢的軍用倉庫都被炸掉，連他要去廣州都要繞道台灣，他冒險在夜間從南昌去廣州視察，但他的下任岡部直三郎飛這條航線的時候就被擊傷。在進行桂柳作戰的時候，由於11軍司令橫山勇不執行命令，為爭功搶先占領了柳州，破壞了他的大包圍聚殲中國軍隊的計劃，他以鐵腕整頓軍紀，把11軍從軍長到師長到作戰參謀一個不留全部撤換，顯示了他的雷霆手段。
由於岡村寧次在侵華戰爭中，為日本帝國立下赫赫戰功，1944年11月，日本政府升任他為日本中國派遣軍總司令官。正當岡村寧次一心要帶領八十萬侵華日軍準備進行“玉碎”決戰時，1945年8月12日，岡村寧次收到了東京大本營密電，此文的核心內容透露了準備接受投降的實情，岡村寧次看了這封電報感到“真是晴天霹靂”。岡村寧次立即向陸軍大臣和參謀總長發了電報，要求拒絕《波茨坦公告》，繼續作戰，岡村寧次對於發動和進行侵略戰爭的熱情可謂“矢誌不移”。8月15日10時10分，岡村寧次接到了東京發來的關於“天皇陛下已決定接受《波茨坦公告》”的陸第68號密電。他心中頓時明白了，戰敗投降已成定局，除謹遵詔命外恐別無他策了。11時過後，中國派遣軍總司令部兩千餘名日軍官兵，按平時遙拜天皇的隊形，在南京市鼓樓廣場東麵集合，聆聽天皇親自播講的投降詔書。
日軍大本營在下達投降命令的同時，給了岡村本人一個密令，要他考慮率部向中國共產黨投降，促成國共內戰，以利於日本複興，岡村沒有機械執行這個命令，他故意向何應欽建議，保留50萬日軍幫國民黨守衛華北，這個建議由於太過荒唐同樣被蔣介石否決了，但他卻因此被蔣介石看重。1945年11月6日，國民政府在光複後的南京設立“戰爭罪犯處理委員會”。當月，中國共產黨在延安公布戰犯名單，岡村寧次被列為第一號戰犯。遠東國際軍事法庭曾於1946年8月、10月兩次發出傳票，要求當時的中國政府將岡村寧次押送到東京審判。可岡村寧次在哪裏呢？他在南京鼓樓以西金銀街4號一座幽靜的別墅裏正忙著寫書！他先後寫出了《毛澤東的兵法及對付辦法》、《圍點打援是共軍的作戰特點》、《從敵對立場看中國軍隊》、《以集中兵力對集中兵力殲滅共軍》、《剿共指南》等書。
這是在給誰寫呢？不言而喻。
對這個侵華日軍的總頭目長期逍遙法外且久無音訊，中國國內各界輿論紛紛向政府提出質問。起初，國民黨政府一直以“此人目前仍任聯絡部長官，遣返僑、俘工作尚未結束，何時對其拘留審理，當局正在研究中”予以搪塞。
1948年6月，雖然這時遠東國際軍事法庭仍未按原預定時間解散，但國民黨當局以“岡村並未參加日本侵華的中央係統組織，其行為僅與在中國戰場上發生的事實有關，因此不須送往東京處理”為由，仍決定在國內審判岡村寧次。
據日本政府防衛廳編輯的《岡村寧次大將資料》一書中岡村寧次的回憶，最初主張岡村應免罪的是何應欽和陳誠，而後來主張最力的是湯恩伯。岡村在自己的回憶錄說：“（1948年）11月30日，湯恩伯軍參謀龍佐良少將來訪透露，日前，湯將軍麵謁蔣總統，力陳岡村、鬆井太久郎在停戰時有功，應令鬆井立即歸國，對岡村應判無罪，蔣大致同意。”