1884年5月15日，岡村寧次出生在日本東京四名阪町街區的一個沒落武士家庭。由於日本孕婦在胎兒隆起後有束腰的習慣，加之不足月份，所以他出生時很瘦弱。他的父母岡村寧永夫婦此前生過一個兒子，卻夭折了，他們擔心這個孩子仍然活不下來。在給這個孩子起名時，寧永取自己名字裏的“寧”字，再加一個表示順序的“次”字，就是岡村寧次。
傳說這個家族的祖先是明初的開國第一名將徐達，明亡才流落日本，所以從岡村寧次4歲開始，寧永夫婦就教他認一些簡單的漢字，並規定他每日作息時間和識字進度。1890年3月，岡村寧次入阪町小學，開始了長達8年的小學時代。1897年，13歲的岡村寧次小學畢業，考進了著名的東京專門學校(1902年更名為早稻田大學)的附設中學部。由於該校當時的收費較高，所以岡村寧次僅僅在此讀了一年多一點的時間，後轉入東京陸軍幼年學校。1898年9月，岡村寧次身穿草綠色軍裝參加了入學典禮，從此邁出了他軍人生涯的第一步。
1904年，岡村寧次以優異的成績從陸士畢業。同年2月，日俄戰爭爆發。被分配到麻布步兵第一聯隊擔任補充部隊小隊副的岡村寧次，懷著為天皇建功立勳的迫切心情，恨不得馬上馳騁疆場。在岡村寧次的一再請戰下，上司終於批準了他的請求，於翌年4月將岡村寧次從補充部隊轉到步兵第四十九聯隊，作為新編第十三師團的一個小隊長參加庫頁島戰役。
1914年8月，被上司調到參謀本部外國戰史處工作。同年7月，第一次世界大戰在歐洲爆發，日本乘機奪取了德國在華勢力範圍——山東青島。1915年2月，日軍參謀本部為編纂日德戰爭作戰史，派岡村寧次等人赴青島搜集資料，由此岡村寧次第一次踏上了中國的土地。
岡村寧次赴青島不久，被時任黎元洪大總統顧問的日本陸軍中將青木宣純調至北京做助手，主要負責對外聯絡、文牘書案之類的工作。這樣，岡村寧次在北京青木顧問處一幹就是4年多。1919年7月，岡村寧次終於返回日本。他的新職務是陸軍軍事調查部新聞班的少佐班員，主要從事溝通軍隊與國民之間的“感情”和處理軍方對國內民眾的宣傳事務。在新的職位上，岡村寧次不遺餘力地為爭取陸軍的所謂“生存權”和“發展權”搖旗呐喊。
1921年作為巡回武官赴歐美考察，在東久邇稔彥引見下參拜了皇太子裕仁，並替裕仁搜羅駐外武官作為黨羽，同年10月27日在德國與永田鐵山、小畑敏四郎結成“巴登巴登盟約”，立誓打倒軍隊中的長州閥元老田中義一等陸軍中堅人物勢力，擁立太子即位，這就是日本史上著名的三羽鳥之盟。這一天被日本史學家視為昭和軍閥的誕生日，其實，巴登巴登聚會還有第4個人——東條英機。盡管他後來出任日本戰時首相，可是在巴登巴登他隻是替永田鐵山點煙和站在蒸汽浴室門口放哨的小嘍羅。除了在巴登巴登這4人之外，“三羽烏”從不屬於長州藩、且才華出眾的同事中又選出7人。這就是駐柏林武官梅津美治郎；駐伯爾尼武官山下奉文；駐哥本哈根武官中村小太郎；駐巴黎武官中島今朝吾；駐科隆武官下村定；駐哈爾賓鬆井石根、北京武官磯穀廉介。這11人就都是日本賴以發動第二次世界大戰的昭和軍閥的核心骨幹。在紀律嚴明的日本軍界，這幾個人為什麼有這麼大的能量，因為他們背後陰影裏是那個在日本神一樣存在的昭和天皇。這就不難解釋日本一係列所謂的“下克上”事件為什麼沒有受到懲罰的原因所在。當被稱為太陽鳥的“三羽烏”從巴登巴登騰空離去之時，他們那張開的黑色翅膀，將籠罩整個東亞大地。
1923年9月1日，日本關東地區發生7.9級的大地震。9月3日，日本政府為抗震救災和維持秩序，遂成立關東戒嚴司令部。剛晉升為中佐的岡村寧次被臨調該司令部宣傳情報部，負責戒嚴期間的新聞檢查。岡村寧次並不滿足於宣傳工作。經過頻頻活動後，他如願以償地得到了參謀本部上海駐華武官的調令。
岡村在諜報武官任上，幹得風風火火，頗有“實績”，在上海紡織工人罷工，日本廠家槍殺顧正紅事件發生後，他巧妙地利用英帝國主義分子打頭陣，製造“五卅慘案”和“沙基慘案”，使中國民眾的反帝矛頭一下子集中於英國。結果，1925年度日本對華出口總額，非但沒有受五卅反帝愛國運動的影響而跌落，反而較上一年增長了12％。岡村在瓦解和破壞五卅運動過程中表現出來的“出色”的情報、謀略及交涉協調能力，給參謀本部和外務省官員們留下了深刻的印象，並深得他們的賞識。所以，後來遇到像談判“塘沽協定”、“上海事變”停戰協定之類的軍事外交問題，陸軍本部總是指定他來主持。在江浙戰爭爆發時，他把軍事間諜派到雙方的軍中去當顧問，自己成了戰爭的總導演，想打就打，想停就停，以此檢驗雙方軍隊的作戰實力。後來隻是在福建的孫傳芳部突然出兵，奇襲盧永祥才打亂了他的計劃。他便去當孫傳芳的顧問，看著這隻小小的軍隊迅速膨脹成為五省聯軍，又被北伐的國民革命軍擊敗，在一片混亂中，他偷盜了孫傳芳的軍用地圖躲進了日本長江艦隊，又被獎勵了一大筆資金。這期間他公而忘私，家庭屢遭不幸，先是他的次子武正在上海得了猩紅熱，不幸夭折。不久其妻子理枝也在東京病逝。他回國不久，為了阻止國民革命軍的二次北伐，日本陸軍悍然出兵濟南，到1927年8月15日，岡村寧次終於接到了大佐聯隊長的任命，但這次虎頭蛇尾的出兵濟南除了證明日本軍隊的殘暴外沒有任何作用，國際上的一片反對聲使他還沒有踏上大陸就準備打道回家了。