在對華政策上，他反對建立汪精衛政權，認為這樣一來就會刺激重慶國民黨政權，逼其走上絕死抗戰的道路。他反對日本人在占領區內擔任各級官員，而主張以華製華，要給中國人以“尊嚴”。他提出“討蔣愛民”的口號，不斷分化抗日勢力。當時他了解到日本軍隊發生了強奸案，軍法官以證據不足和對方未告發為由替犯罪的軍人辯護，他勃然大怒，以戰爭期間哪有弱勢的被害人敢告發為由嚴懲了罪犯。1939年夏季，岡村寧次完成了他的研究成果，製定了對中國第五、第九兩戰區施以政、戰謀略的方案和指導大綱。其核心思想是：以政治、軍事和派遣特務等各種手段，策反雜牌軍，孤立以黃埔軍校少壯係為主的中央軍，然後殲滅中央軍。其計劃要領是：一、對第五戰區的敵軍（指中國軍隊），置重點於策動廣西、四川軍隊反叛，借此使全戰區走向崩潰；其次對該戰區的中央軍及其旁係軍加以影響，也要不失良機進行工作。二、對第九戰區之敵（指中國軍隊），可對四川軍及遊擊旁係軍施以懷柔工作，對其他軍隊（直係軍以外）進行積極的謀略宣傳，引導其喪失戰爭意誌和走向投降、逃亡……三、任務分擔：第6師團對楊森軍策反工作；第33師團對王陵基軍策反工作；軍特務部擔任對五戰區的四川軍的策反謀略工作，為此應接受有關師團長的援助。在大力開展策反工作的同時，岡村寧次又製定了《江南作戰指導大綱》，將第九戰區的中央軍列為武漢日軍的打擊重點。大綱的中心意圖是：以奇襲手段，盡量在短期內殲滅中央軍。
接著在5月和9月他又發動了對中國第五戰區的襄東進擊戰（隨棗會戰）和對第九戰區的湘贛會戰（第一次長沙會戰）。襄東進擊戰他3個師團一個騎兵旅團麵對李宗仁20個軍30萬人，湘贛會戰他4個師團對薛嶽52個師。共同的特點是，在寬大的正麵上長途奔襲，窮追猛打，以消滅對方骨幹兵團為目標（在江北是湯恩伯軍團，在江南是關麟征集團），不以占領地域為目標，速進速退。均因作戰兵力不足和作戰地域限製而沒能完成任務。這表明日本軍隊已經陷入了他們最害怕的持久戰中。
岡村因此對大本營總參謀部的限製擴大作戰地域的方針大為不滿，也不認為板垣征四郎的誘降會有作用，他上書日本軍部和日本政府：“敵軍抗日勢力之中樞既不在於中國四億民眾，亦不在於政府要人之意誌，更不在於包括若幹地方雜牌軍在內之200萬抗日敵軍，而隻在於以蔣介石為中心、以黃埔軍官學校係統的青年軍官為主體的中央直係軍隊的抗日意誌。隻要該軍存在，迅速和平解決有如緣木求魚。”他要求大舉增兵一逞，但由於他的上書和日本的大方針有衝突，他被調離前線，回日本當軍事參議官，做了一年冷板凳。
1941年4月，岡村寧次被授予大將軍銜。不久，被天皇欽點出任華北方麵軍司令，當時，華北方麵軍人員24.5萬名，馬匹5.2萬頭，重炮740門，汽車8000輛，各種彈藥和糧秣備有一月有餘，是日本最大的一個戰略集團。他在北京郊外的翠明莊，集中一段時間分析了前任失誤的原因，認為：華北方麵軍曆來高度分散部署兵力，平均每3平方公裏才2個人。由於缺乏確切定期的肅正目標，常常變成靜止的防禦。日軍如不主動討伐、則中共方麵也不進犯。乍看起來，相安無事，宛如締結了互不侵犯條約。但在雙方共存期間，中共卻在民眾中秘密進行工作，充實其力量，一旦時機成熟，即可一舉轉向進攻。百團大戰就是例證。因此，日軍施策的目標，應是采取主動進攻的有計劃的措施，要劃分地域，限定時間鞏固治安地區，隱蔽準治安地區的兵力，有計劃進入治安地區，並以剩餘的兵力向未治安地區挺進，使之向準治安區發展。最終目標是把華北1億民眾拉到日方。按照這樣步驟去做，既不宜急於求成，也不可坐失時機，必須要有針對性的戰法。岡村寧次稱，八路軍如附骨之蛆，藥勁兒一過便又迅速生長，因此決不能放鬆對八路軍的打壓。他計劃用三年時間把日軍實際控製地區由10%提升到70%。他判斷是否是治安區的標準很簡單，從中國姑娘的眼神可以看出當地的治安情況的好壞，第一、絕對見不到姑娘的蹤影。係懼怕日本兵的佐證——“治安不好”。第二、對我們的汽車、卡車感到稀奇而遠遠地從窗口眺望——“治安稍好”。第三、在上項情況下，走出家門口眺望，中國姑娘神態自若地走在有日本兵往來的街道上——“治安良好”。