1932年，為了轉移九·一八事變後國際社會對東北的關注，他派遣田中隆吉和川島芳子挑起了一·二八事變，出兵中國上海。熟悉上海情況的岡村寧次於2月26日被任命為上海派遣軍副參謀長。3月6日晨，姍姍來遲的岡村寧次抵達上海，但淞滬戰事已基本結束了。4月1日，他轉任為臨時軍事調查委員長，同時晉升為陸軍少將，時年48歲，他任軍事調查委員長的主要職責就是粉飾日軍侵略上海的行動。5月5日，中日雙方經過談判達成停戰協定。盡管日軍取得了在上海的種種特權，但岡村寧次還是對協定的內容並不完全滿意，認為對中國“讓步”太多。
1932年8月19日，岡村寧次有了新的“用武之地”，他奉命轉赴東北，出任關東軍副參謀長。岡村寧次來關東軍就任後，麵臨所謂“匪患猖獗”的困難局麵。他口裏的“土匪”，其實是指我東北各地的抗日軍民。因而岡村寧次將“治安”問題列為首要任務。為此，岡村寧次先給軍部打報告，要求增派援軍，然後通過“滿洲國”政權加強所謂“法製”建設和地方武裝建設，收買土匪、招募偽軍，建立所謂“謀略部隊”為日軍作炮灰。
1932年9月，日偽統治者發布了由岡村寧次等人參與炮製的《治安警察法》，隨後又頒行《暫行懲治叛徒法》和《暫行懲治盜匪法》，把義勇軍汙蔑為“叛徒”、“盜匪”，可以格殺勿論。隨著增援部隊的到來，在實權人物岡村寧次的指揮下，關東軍50000人馬以“步步為營，重點突破”的作戰方針，分地域逐次展開，向義勇軍發動了規模空前的大“掃蕩”。1933年春，在以武藤、小磯和岡村為首的關東軍的瘋狂圍剿下，東三省的各部義勇軍，除少數堅持鬥爭外，絕大部分先後被剿垮，無數義勇軍戰士為反抗侵略獻出了寶貴生命。
1933年5月30日，岡村寧次作為日本關東軍代表與何應欽派去的代表熊斌在塘沽舉行正式停戰談判。這次談判實際是日本帝國主義將事先擬好的侵略條件強加於中國、強迫中國接受的一個儀式而已。最後，岡村寧次終於拿到了令他滿意的《塘沽停戰協定》。岡村寧次代表日本所簽訂的這個協定，其實質在於強迫中國方麵承認長城一線為日軍占領線，這等於認可華北平津地區是第二個“滿洲國”。同時非武裝區的確定，為日軍進一步擴大侵略打開了通路。
1938年6月，時任第二師團長的岡村寧次接到軍部調令，組建第十一軍，並任該軍司令官，負責攻略武漢地區。6月12日，由台灣人為主組建的波田支隊攻占安慶，接著在海空軍配合下突破馬當要塞，沿路打垮十幾個雜牌師，7月26日占領九江，完成了戰役序幕。8月1日，岡村寧次正式下達進攻命令。當時，他手裏有3個師團一個旅團，還有2個師團在增援中。他決心以波田支隊鎮守，以第6師團沿長江北岸而上攻武漢，集中2個師團沿南潯線攻取南昌，然後西進大迂回至嶽陽，切斷合圍陳誠第六戰區的27個軍。但是他的算盤打錯了，先是101師團被中國軍隊引誘偏離了進攻主線，一頭紮進西部山地和中國軍隊拚起了消耗，接著準備迂回薛嶽兵團後方的106師團又因為迷路而被中國軍隊包圍，傷亡慘重。岡村用增援的2個師團解圍後，不得不重新修訂自己的作戰計劃，放棄了大迂回戰略，改用第6、第9、第27共3個師團的強大兵力沿江而上，在海空軍的支援下，突破田家鎮要塞，擊退沿途的張發奎、李品仙兩兵團，終於在10月26日搶先衝入武昌。
1939年4月，他搶在中國軍隊發動四月攻勢之前，發動了以奪取南昌為目標的南昌會戰。麵對羅卓英集團的10個軍20萬人和橫在進軍道路上的三條寬闊的河流，他不惜違抗總參謀長閑院宮載仁親王元帥的意誌，力主用101、106兩個連吃敗仗的軟弱師團作主力，具體戰術上他在3公裏寬的突破口上集中了250門重炮，並集中了130輛坦克在空軍的掩護下作為先鋒單獨突破，結果七天就占領了南昌。