臣等又查得隆慶六年六月詔書一款，自嘉靖四十三年、四十四年、四十五年，並隆慶元年錢糧，除金花銀不計外，其餘悉從蠲免，其二年、三年、四年，各量免十分之三。至於淮安、徐州以水旱，廣東惠、潮二府以兵傷，則並隆慶二年、三年，亦從蠲免，恩至渥矣。乃該地方猶不能追納，至萬曆二年，戶部乃議於拖欠七分之中，每年止帶征三分而民猶以為苦。何也？蓋緣各有司官不能約己省事，無名之征求過多，以致民力殫竭，反不能完公家之賦。其勢豪大戶，侵欺積猾，皆畏縱而不敢問，反將下戶貧民，責令包賠。近來因行考成之法，有司官懼於降罰，遂不分緩爭，一概嚴刑追並，其甚者又以資貪吏之囊橐，以致百姓號嗷嗷，愁歎盈閭，鹹謂朝廷催科太急，不得安生。夫出賦稅以供上者，下之義也；憐其窮困，量行蠲免者，上之恩也；於必不可免之中，又為之委曲調處，是又恩之恩也。今乃不知感戴而反歸過於上，則有司官不能奉行之過也。然愚民難以戶曉，損上乃可益下，頃賴皇上力行節儉，用度漸紓，又以北虜納款，邊費稍省，似宜曲垂寬恤，以厚下安民。合無敕下戶部，查各項錢糧，除見年應征者，分毫不免外，其先年拖欠帶征者，除金花銀遵詔書仍舊帶征外，其餘七分之中，通查年月久、近，地方饒、瘠，再行減免分數，如果貧瘠不能完者，悉與蠲除，以蘇民困。至於漕運糧米，先年亦有改折之例，今查京、通倉米，足支七八年，而太倉銀庫，所積尚少，合無比照先年事例，將萬曆五年漕糧，量行改折十分之三，分派糧多及災傷地方征納。夫糧重折輕，既足以寬民力，而銀庫所入，又借以少充，是足國裕民，一舉而兩得矣。臣等待罪輔弼，日夜思所以佐皇上，布德元元，輯寧邦本，計無便於此者。伏乞聖明采納施行，生民幸甚。（奏疏五《請擇有司蠲逋賦以安民生疏》。）
疏中所稱，除豁免積欠以外，還有漕糧改折的事。糧是實物的征收，因為北京、通州一帶存糧已足，所以居正提議在漕糧定額太重和災荒的地方，折價收銀，減輕人民的痛苦，同時也增加銀兩的存儲。這一年積糧足支七八年，積銀四百餘萬（《明史紀事本末》卷六十一。）國家財政，遂造成不可動搖的基礎。
萬曆四年，在水利方麵，也有相當的成績。當時管理水道的大臣，一位是河道總督，一位是漕運總督。漕督本來是管漕糧的，但是水道發生問題，漕船便無從北上，所以對於黃河和運河水利，都不容過問。二月間漕運總督吳桂芳疏稱：
淮、揚二郡，洪潦奔衝，災民號泣，所在淒然，蓋濱海汊港，歲久道湮，入海止恃雲梯一徑，致海擁橫沙，河流泛溢，而鹽、安、高、寶，不複可收拾矣。國家轉運，惟知急漕而不暇急民，故朝廷設官，亦主治河而不知治海。臣請另設水利僉事一員，專疏海道，而以淮安管河通判，改為水利同知，令其審度地宜，講求捷徑，如草灣及老黃河皆可趨海，何必專事雲梯？
雲梯關是當時黃河入海的海口，老黃河、草灣都在附近，是黃河屢次決口的所在。桂芳主張多開黃河入海之道，黃水去了，淮水隨同出海，高郵、寶應的水患，便可減輕。多開海口，不是整理黃河的根本大計，但是在當時淮、揚一帶民生痛苦的時候，不能不算救時的方法。居正沒有治河的經驗，但是他有治河的決心。在他看到吳桂芳的奏疏的時候，他決定發動整個的力量，做桂芳的後盾。他說：
淮、揚之民，歲苦昏墊，朝廷未嚐一日忘，顧莫有任其事者。茲讀大疏，明白洞徹，底績可期。夫治水之道，未有不先下流者。年來但講治水，不求治海，雖費何益？但海口之淤，當必有因，似宜祖水必趨之路，決其淤，疏其窒，雖棄地勿惜，礙眾勿顧，庶幾有成也。設官及留餉諸事，一一如教，屬所司複允，惟公堅定而力圖之。（書牘八《答河道吳自湖》。按題銜誤。）
得到居正支撐以後，桂芳便開始做疏浚草灣的工作。這時議論來了，大家惟恐草灣一開，對於漕運發生問題。居正再給桂芳一度支持，他說：
淮、揚之民，方苦昏墊，被發纓冠而救之，猶恐不及，豈能豫憂運道之難處耶？今且拯此一方之民，從容講求平江遺跡，為國家經久之圖。今內外儲積，幸已漸裕，法紀漸張，根本漸固，此等事他日自有賢者任之，公毋慮也。（書牘八《答河道吳公桂芳》。按題銜誤。）
在疏浚黃河入海水道的當中，桂芳曾經有一個大膽的提議，他認為要救上遊的水災，惟有犧牲安東縣城（今漣水縣。），他請求交工部議覆，疏中說道：
語雲，“救一路哭，不當複計一家哭”。今淮、揚、鳳、泗、邳、徐，不啻一路矣。安東自眾流彙圍以來，獨文廟縣衙，僅存椽瓦，已不成邑，即使全河趨之，亦不過一家哭耳。況勢又不得不然耶？創始為作事所難，獨任乃人情共忌，乞下所司議。
工部尚書郭朝賓覆奏：“委一垂陷之安東，以拯全淮之胥溺，漕臣言可聽。”上諭立即俞允。（《明神宗實錄》雲“報曰可”。《明史？河渠誌》言帝不欲棄安東而命開草灣如所請者，誤。）居正對於國家大事，隻有果斷，沒有推諉；隻有全力的推進，沒有兩可的遊移。在這個情形之下，桂芳當然可以放手辦事。萬曆四年七月，草灣功成；八月工部覆奏。上諭賞吳桂芳銀幣，居正去信說：
海口疏通，淮、揚之間，觀聲雷動，從此人得平土而居，翳誰之力與？以此知天下無不可為之事。“人存政舉”，非虛語也。比者暫行薄賚，俟元圭既告之日，仍當有殊錫焉。（書牘八《答河道吳自湖言蠲積逋疏海口》。按題銜誤。）
草灣功成以後，桂芳便進行修築高郵湖堤的工作。但是在工作進行的當中，淮水衝下來了，興化、泰州一帶，又是一片汪洋。居正說：
高郵堤工聞已告成，乃久未完報者，想以大工甫就，新水暴漲，慮有變態，欲俟其堅定，乃完報耳。但微聞興、泰之間，河塘潰決，複成巨浸，未審何以拯之？河流既自複故道，當無俟開浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多屬河道衙門，然公欲為國家萬年之計，救淮、揚目前之急，想當視為一家，同心共濟也。議定，幸即疏聞，此既關係來歲漕計，自不容不預圖也。年來方內安，庶幾小康，獨河漕一事，時往來於懷，而當事諸公亦既殫厥心力矣，乃竟不獲底於平成，豈所謂可能者人，不可能者天耶？奈何！（書牘九《答河道吳自湖》。按題銜誤。）
桂芳提議挽淮入河，牽涉到河道總督傅希摯身上來。居正再給希摯去信：“河、漕意見不同，此中亦聞之。竊謂河、漕如左右手，當同心協力，以期共濟。如所見必不能合，亦宜各陳，以俟宸斷，不宜默默而已。國之大事，不妨公議。事君無隱，豈為失忠厚之道耶？”（書牘九《答河漕傅後川》。按題銜誤。）這是萬曆五年的事。但是希摯和桂芳的主張，絕對不能融洽，到萬曆六年初，居正不得不出以斷然的處置，這是後話。關於淮水的問題，自從至元二十年，黃河改道以來，黃河奪了淮水出海的水道，在黃河水落的時候，黃、淮並流，一切沒有妨礙；但是到了黃河水盛的時候，淮水被逼，倒灌運河，再加以高郵、寶應諸湖的激蕩，遂成淮、揚一帶的大禍。因此在萬曆五年便有兩派不同的主張：一派主張挽淮入河，吳桂芳便是其中的一個，萬曆六年潘季馴總理河漕，徹底貫徹這個主張；一派如給事中湯聘尹等，主張縱淮入江，他們要黃、淮分背而行，黃河不再妨礙淮河，淮、揚地方，便有相當的安全。在地方言地方，這個不失為一種有力的主張，但是黃、淮兩條水道，中間不能沒有運河。假如沒有運河，四百萬漕糧，怎樣北上？假如保留運河，即使築堤設閘，如何能使黃河在洪水期不致倒灌入運，重新破壞淮河的水道？居正真有些茫然了。他聽了淮、揚京官的主張，也認為縱淮入江，是一個方法。他立刻告給桂芳，但是他還是說：“但仆自來未經此地，不悉其曲折，獨以意度如此，謾呈以備采擇。”（書牘九《答河道吳自湖計分淮導河策》。按題銜誤。）桂芳當然是明白情形的，他看到黃河洪水已退，淮水歸流，便據實見告，根本打消縱淮入江之議。居正取消自己的動議，隻提出治水的苦心。他說：
辱翰示，知淮已歸流，水勢漸退，慰甚。河患自古記之，有非人力所能勝者，但仆今謬當大任，一聞愁歎哀號之聲，痛心疾首，雖智力短淺，濟時無策，然不忍坐視民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已會河，則導江之說，無煩再議。（書牘九《答河道吳自湖》。按題銜誤。）
居正的負責和虛心，在這一次裏，完全表現出來。他不是水利專家，但是他能任用專家，並且發動政治的力量，做專家的後盾，因為不是專家，所以他的主張，不一定正確，但是在他發現錯誤以後，他立刻修正，這正是他的優點。關於黃、淮水利的事，萬曆六年，潘季馴提出他的定律。他說：“淮清、河濁，淮弱、河強。河水一鬥，沙居其六，伏秋則居其八，非極湍急，必至停滯。當借淮之清，以刷河之濁，築高堰束淮入清口，以敵河之強。使二水並流，則海口自浚，即桂芳所開草灣，亦可不複修治。”到季馴手裏，理論方麵有了根據，事業方麵也有了成績，這才不愧為水利專家，而任用季馴的，也是居正。
萬曆四年十月，居正因九年考滿，奉旨加特進左柱國，升太傅，支伯爵俸。一切當然隻是循例的升轉，但是居正四賜恩命，中間還曾一度奉到神宗手詔：
諭元輔，先生親受先帝遺囑，輔朕衝年。今四海升平，四夷賓服，實賴先生匡弼之功。先生精忠大勳，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列聖，必垂鑒知，陰祐先生子孫，世世與國鹹休也。茲曆九年考績，特於常典外，賜銀二百兩，坐蟒、蟒衣各一襲，歲加祿米一百石，薄示褒眷，先生其欽承之，勿辭。（奏疏五《三辭恩命疏》。）
最後居正還是堅決地辭卻，他說：
緣臣前歲以遼東大捷，荷蒙聖恩，欲加升蔭，臣具疏辭免，中間引古俠士酬報知己之義，以及人臣敬事後食之心，每欲事過所受，功浮於食，犬馬之誠，於是乃安。自今凡非分之恩，逾格之賞，無複濫及，庶大義克盡，微誌獲伸等因，已荷聖明俯垂矜允，又特加綸獎，風勵臣工，是臣之微忱，既已仰孚於聖鑒，臣之愚忠，又已盟心而自許矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮於食之心，而非分之恩，逾格之賞，又複濫及，則臣向之所以陳辭者，不過矯飾之虛言，而皇上之所以許臣者，亦未為相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避煩瀆，瀝血陳誠，必望聖慈，特垂俞允。倘微誌終伸，即通侯之爵未為榮，萬鍾之樂不為富矣。臣屢冒天威，無任戰栗隕越之至。（奏疏五《三辭恩命疏》）
經過這樣地懇切陳辭，神宗準予辭免太傅及伯爵俸，其餘特囑接受。這一次居正的奏疏，令人聯想到諸葛亮《與李嚴書》。諸葛亮的大誌，是輔佐後主，討平曹魏，在大功沒有完成的時候，李嚴認為諸葛亮宜受九錫，封王。諸葛亮和他說道：“吾與足下相知久矣，可不複相解。足下方誨以光國，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本東方下士，誤用於先帝，位極人臣，祿賜百億，今討賊未效，知己未答，而方寵齊、晉，坐自貴大，非其義也。若滅魏斬睿，帝還故居，與諸子並升，雖十命可受，況於九耶？”（《三國誌？李嚴傳注》。）居正的屢辭恩命，也許不是模仿諸葛亮，但是也許竟是模仿。他們同樣地輔佐幼主，同樣地有絕大的抱負。在抱負沒有實現以前，他們同樣地拒絕過分的恩賜。假如居正竟是模仿諸葛亮，畢竟他找到一個絕好的榜樣。正因為自己力辭厚賞，始可以督促一般政府官吏的上進。在這一點，更發生政治的作用。居正曾因為宣府巡撫吳兌請求恩賜部屬，和他說起：
辱翰示，一一領悉，即囑本兵為之區處。但有功必敘，有勞必酬者，朝廷厚下之仁；敬事後食，先勞後祿者，人臣自靖之義。若銖銖兩兩，計功程勞，以責望於上，似非所謂懷仁義以事君者也。仆以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不遑食，夕不遑皇，形神俱瘁，心力並竭，於國家豈無尺寸效效？然自受事以來，力辭四萌，獨守舊官，每一蒙恩，輒夔夔栗栗，不能自寧，非矯也，誠以國恩難報，而臣子雖鞠躬盡瘁，不過自盡其所當為，本無功之可言也。公所欲為諸君處者，自見鼓舞用人之道；而區區所雲，似亦為人臣之所當知也。冒昧吐瀝，惟高明采之。（書牘七《答督撫吳環洲言敬事後食之義》。）
在萬曆四年、五年的中間，國家大事須提及者尚有邊防和條編。
實際講，到了這個時候，邊防的局勢已經大定。韃靼首領俺答已經歸順了，因此北方減少了一個最大的威脅。固然俺答部下不是沒有些少侵擾，但是對於小小的出入，居正隻是抱定耐煩的宗旨。他認為即在本國，不時還有“盜賊”突發，對於韃靼武士的小騷擾，他有時竟是置之不問，不過大棒還在手中，他準備隨時出擊，因此宣大北邊，永遠得到安寧。一切的勝著，都在把握之中。他和宣大總督方逢時說：
往時廟堂無定見，一聞浪語，即為之動搖，譬之低棋，隨敵向往，應手即下。今則不然，吾審勢已定，窺敵觀變，或無事而自補，或棄子而求先，此今日之局麵也。諸公當事者，宜審計焉。（書牘八《與總督方金湖以弈諭處置邊事》。）
但是盡管勝算在握，他對於俺答還是主張待之以誠。為什麼待之以誠？因為俺答已經不是明朝的敵人，所以居正主張開誠布公。山西的窮民，逃到韃靼去了。山西巡撫崔鏞和居正說，要向俺答討回；他還預備萬一俺答拒絕送回的時候，種種的對策。居正隻和他說：“蓋今之虜情，與昔不同。昔未臣服，故可用計處，今既為一家，又當待之以信，諭之以理。”居正提出怎樣派人向俺答討回；他要通事對俺答說：“王如曉事，宜將此人及其黨與，執送軍門。朝廷必鑒王之誠款，和好益堅，賜賚愈厚。何為納此無用之人，聽其妖妄之說，而壞已成之功，失永久之利哉？”居正又說：
彼聞此言，勢必聽從。即彼不從，我常持此以責讓之，使曲在彼，則我之威信，亦無所失。量此幺麼幹得甚事！今板升之人如此輩者，何啻千萬，即索之而不得，亦惡足為輕重乎？彼雖犬羊，亦不可欺。用術以求之，或未必得，而彼反持此以誑我矣。（書牘八答《答山西崔巡撫計納叛招降之策》。）
居正對於俺答，完全是一邊開誠，一邊布置，因此在威德兼濟的形態下麵，俺答和明朝，永遠處在和平相安的地位。至於他對整個韃靼的形勢，還是抱定分化的政策。他和方逢時說：“大約虜情，隻要渙之，無令得合而已。”（書牘《答薊遼總督方金湖》。）萬曆四年，俺答和察罕鬧反了，居正便說：“近聞虜酋與察罕，構隙日深，此正吾用奇之日，使之禍結而不可解，則薊遼之間，可以安枕，而西鎮之貢市愈堅矣。宜多方以間之，他日奇功偉績，必為公所收矣。”（書牘《答方金湖》。）總之韃靼部落愈加分散，每部分的力量便愈加薄弱，而對於朝廷的依賴便愈加深刻。這是這一個時期中居正對外的政策。在執行這個政策的時候，他甚至吩咐沿邊督撫，遇到俺答和其他部落發生戰禍的時候，給他假道的便宜。（見書牘九《答甘肅巡撫侯掖川計套虜》。）
居正感到棘手的，還是遼東。這方麵的土蠻和明王朝處在敵對的地位，他們隨時可以聯絡俺答的部下，但是在韃靼可以並成大幫，進擊遼東的時候，薊鎮和遼東，因為三衛所隔，始終不能嗬成一氣，這是地形上的劣勢。因此萬曆四五年間，居正的目光，完全集中到遼東。他在隆慶初年注重薊鎮，隆慶中年注重宣大，現在注重遼東，一切都是時局的結果。在注意到遼東的時候，遼東巡撫張學顏、遼東總兵李成梁，都成為心目中的人物。他和學顏說：
辱示虜情，俱悉。公所以應之者，誠為得策矣。今全虜之禍，鹹中於遼，連歲彼雖被創，我之士馬，物故亦不少矣。彼既憤恥，必欲一逞，今秋之事，殊為可虞。昨已屬意本嶽，於貴鎮兵食，比他鎮尤當留意。臨期若的知虜賊所向，當令薊人助守寧前，使公等得專備東方。如犯寧前，則東西夾擊。再一創之，則彼破膽而不敢東窺矣。公幸時時喻意李帥，大將貴能勇能怯，見可知難，乃可以建大功，勉之慎之。為國任事之臣，仆視之如子弟，既獎率之，又寶愛之，惟恐傷也。惟公垂亮焉。（書牘八《答總督張心齋計戰守邊將》。按題銜誤。）
居正對於韃靼的政策，有利誘，也有威脅。在鬥爭的狀態中，朝廷有的是大將和邊牆，進可以攻，退可以守；這是威脅。朝廷有的是韃靼日常生活必需的物資，在和平的狀態下，可以互市；韃靼以剩餘的馬匹，換取必需的物資，博得絕大的利益；這是利誘。俺答和河套韃靼在這個狀態中屈服了。但是遼東邊外的土蠻采取一種和俺答相反的政策。他們也要開市，但是不肯屈服。他們有弓矢和其他的武器，要憑他們的武力，壓迫朝廷開市。這不是居正受得了。為什麼要開源節流，練兵籌餉呢？居正不但準備抵抗，而且準備隨時出擊。這是他對付土蠻的政策，也就是他重用李成梁由來。不過他對於武人，盡管重視，隻是親如子弟，和思宗以後那種尊如父兄的態度，根本上便不同。在尊如父兄的時代，便談不上指揮；當一國的武人不聽指揮的時候，這個國家已經走上亡國的路線。
居正對付土蠻的主張，在萬曆五年上半年他給張學顏的信裏可以看到：
西虜俺答之求貢，自嘉靖十六七年始矣，我畏之而下敢許。然當其時，廟堂失策，製禦乖方，雖許之，固未如今日之款順也。比以那吉來隆，歸之以禮，彼遂感恩慕義，執我叛人，複申前款，我乃因而許之，蓋機緣湊合，名義正大。故當時紛紛之議，皆以為不可許，仆獨以為可，皆以盟約為不久，仆獨保其無他，平麵度彼既感吾放麂之恩，而又適愜其平生之願，芳餌入口，不能自脫。夫事美成在久，惡成不及改。今東虜於我，非有平生懇款之素也，非有那吉納降之事也，非有執叛謝過之誠也，侵盜我內地，虔劉我人民，其迫脅無禮如此，堂堂天朝，何畏於彼而曲徇之乎！且西虜以求之懇而後得之，故每自挾以為重：今若輕許於東，則彼亦將忽而狎視之，他日且別有請乞以厚要於我，啟釁渝盟，必自此始，是威褻於東而惠竭於西也。故在今日，宜且故難之，以深鉤其欲，而益堅西虜之心。異日者，東虜之敢大舉深入，以西虜為之助也。今東虜有求而不獲，則西虜以我之重之地，亦挾厚賞以自重，必不從東虜矣。虜不得西虜之助，則嫌隙愈構而其勢愈孤而吾以全力製之，縱彼侵盜，必不能為大患；是吾一舉而樹德於西，耀威於東，計無便於此者矣。昔人雲：“自非聖人，外寧必有內憂。”今主上衝年，國家幸而無事，宴安鴆毒，將發於不虞，盍姑釋此以為外懼乎？仆懷此意，未敢語人，茲因詢及，敢略陳其概。雖然，遼人病矣。語曰：“頭痛治頭，足痛治足。”今虜禍方中於遼，遼以一鎮當全虜之勢，病在足之時矣。不急治之，且將為一身憂！遼人素稱忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言戰。一戰而勝，則東虜之氣挫，而西虜之好益堅，此數世之利也，願公熟慮之。（書牘九《與張心齋計不許東虜款貢》。）
萬曆三年，部院曾有一些變更。六月都察院左都禦史葛守禮致仕，以陳瓚為左都禦史；九月禮部尚書萬士和致仕，以馬自強為禮部尚書；刑部尚書王之誥致仕，以王崇古為刑部尚書。老成凋謝，是一件無可奈何的事，但是居正的地位，已經穩定，這些變更，對於政局不發生重大的影響。但是萬曆五年，卻發生一件與兵部有關的變更。四月，兵部尚書譚綸死了，改刑部尚書王崇古為兵部尚書，以戎政尚書劉應節為刑部尚書。譚綸是一位威名卓著的督撫，調任兵部尚書以後，因為居正負的責任太多了，似乎沒有多大的成就。但是他這一死，引起一點小小的波瀾。自從明代注意邊防，著重薊遼和宣大方麵以後，薊遼和宣大隱隱成為兩上係統的對立。這個決然不會有近代直係、皖係，或是日本長閥、薩閥那樣嚴重，而且相差的程度，還是非常之遠，但是隱隱約約地有一些淡微的影子。這個當然不是國家之福，眼光銳利的政治家，便應當立即把這個影子衝淡。薊遼出身的譚綸死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同時更調薊遼順天巡撫王一鶚為宣府巡撫，起用致仕的陳道基為順天巡撫。居正給一鶚說：
宣、薊唇齒之勢，異時兩鎮視如秦、越，虜禍中於薊，則宣人安枕，雖得虜情，不以實告。今移公於宣者，所以為薊也。撫鎮協和，文武輯睦，邊境之利也，而好事者反以此為忌，往者南中之謗，未必不自此中啟之。去歲微聞閱視君（指閱視大臣郜光先，見書牘八。）亦有此言。今去公於薊者，所以全公也。近日薊台有缺，每從司道中進，以其習於薊事也，而好事者亦用此為忌，每言薊中之任，皆取總兵所欲者而用之。昨見公移鎮，輒私語曰，代者必某人也，是總兵所喜者也。斯言也，不惟不利於總兵，且不利於司道也，故出其不意，而遠求於林下之人。乃陳公又仆素所援用者，其人達於事理，不吐不茹，蕭規曹隨，必獲同心之濟。故用陳公，則公雖去，猶未去也。仆十餘年來，經營薊事，心力俱竭，今一更置詞，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陳其概。新本兵雖頗不悅於薊人，然亦非故作異同者，況今大事，皆仆麵奉宸斷而行，渠安能逞其私意，輒有所更張乎？頃聞外間雲雲，仆即以曉之，渠亦深省。恐彼中將吏，未達此意，或懷疑懼，願公譬諭之也。（書牘九《答宣大王巡撫言薊邊要務》。）
自從隆慶二年，譚綸、戚繼光二人改調薊遼以後，他們成為北方的重鎮。居正始終對於薊鎮極力維護，所以假如薊遼成為一個係統，那麼這個係統的後麵，便有居正的影子。居正生前，對於一切攻擊繼光的人，都的出嚴正的論駁，因此居正身後，對於居正、繼光不滿的人，甚至質問兩人相結，“意欲何為，莫非要造反？”（書牘十二《答總兵戚南塘授擊土蠻之策》懋修注。）當然這是妄說。居正的心理，隻是為的國家。然而他對於繼光的愛護，委實有些使人嫉妒。萬曆四年郜光先巡邊，繼光又托譚綸提出總理和閱視大臣見麵的禮節問題，居正一邊吩咐光先，一邊和繼光說：
竊意念日，當以欽命為重，不在兵銜之有無。謙以自處，見者自然悅而敬之。其差去郜公，當預為足下先容，必加優禮，決不以庸眾相待也。（書牘八《答總兵戚南塘》。）
這一個短簡後麵，流露無限的好意：“親之如子弟”，居正自己也說過。郜光先去了以後，對於數年以來，薊鎮沒有邊功這一點提出了，他也說到南兵調北，沒有存在的理由。也許他不能認識居正當日的用心，所以有這一番議論。居正隻有和他說：
大抵薊鎮之勢，與他鎮不同，其論功伐，亦當有異蓋此地原非邊鎮，切近陵寢，故在他鎮，以戰為守，此地以守為守；在他鎮以能殺賊為功，而此地以賊不入為功，其勢居然也。至於調用南兵一節，實出於萬不得已。蓋因往時議者，鹹極言延、寧邊兵入衛之苦，為之罷減四枝。薊鎮分區而守，罷一枝則一區失守，又不可棄地與賊，於是譚總督、戚總兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所練習者，可頂所罷之數，因以教練火器，整理車營，故不得已而用之。今若以為虛費而無用，即當罷之，則宜思戍守不可缺人，或仍複入衛邊兵，或與本鎮地方抽換。不然，陵、京重地，寧敢忽視之乎？此中事體，其說甚長，統俟麵悉。（書牘八《答閱邊郜文川言戰守功伐》。）
當時主持議論的人，已經忘去南兵的作用了。他們隻覺得在太平的時期，北方的軍隊同樣能擺邊，那麼要南兵做什麼？議論多了，連居正也無法遏止，他甚至說：“人嚐笑南兵無用，徒靡厚餉。今若乘其人犯，一戰而勝，則群喙自息，而虜亦寢謀。”（書牘九《答宣大王巡撫言薊邊要務》。）但是當時的人，卻忘去在繼光初到薊鎮的時候，北方的兵士不守軍令，後來看到在大雨如注的當中，浙兵三千，從早晨到下竿立在雨地下麵，一動也沒有動，這才知道軍令的嚴肅。薊鎮的安定，一切都從訓練著手，這三千南兵，便是當時的模範軍。時代推演得真快，這已是將近十年的事了。大家看到南兵無用，認為薊鎮不能打仗；得空的時候，大家還得到薊門走一趟，再不然，便介紹幾個山人去拜訪戚總兵。凡是京城來的人，戚總兵隻得竭誠招待，有吃有喝，甚至還要陪著做一兩首詩，提倡風雅；臨到告別的時候，當然再是一大筆程儀。有什麼辦法呢？繼光隻有敷衍他們。
苦心維持繼光的，隻有居正。在薊遼和宣大這兩個係統對立的時候，居正甚至特別維護宣大，措以減輕一般人對於薊遼的嫉視。宣大的督、撫大多是宣大出身的人，但是萬曆五年，林下的陳道基起用為順天巡撫了；同年兵部左侍郎梁夢龍調任薊遼總督，萬曆九年，宣大總督吳兌調任薊遼總督。這是為的什麼？居正曾經指出好事者“每言薊中之任，皆取總兵所欲者而用之。”隻有這樣，才能免去無味的議論，才算是真正愛護戚繼光。一切都是為的國家。在大眾指摘繼光的時候，居正說：“若舉全鎮防守之功，委無所損；數年以來，一矢不驚，內外安堵，此其功寧可誣乎？貓以辟鼠為上品，山有虎豹，藜藿不采，又不以搏噬為能也。”這是居正的見地。