萬曆四年，居正開始推動一條編法。為用語便利起見，有時也稱為條編法。研究賦稅的人，常時談到條編，認為這是明代賦稅方法的改進。在大體上，這句話是不錯的，其實還有稍許的不同。賦稅是賦稅，條編法隻是徭役方法的改進。明代認定人民有替國家服役的義務。這項義務分為兩種。一種是力差，這是當真為國家做事。府、州、縣有銀庫，看守銀庫的稱為庫丁；各驛有廩給庫，看守的也稱為庫丁。也許有人認為這是好差使，但是銀有銀耗，糧食也有糧耗，一切的虧折，都責成庫丁包賠，便成為最大的苦差。庫丁總算在社會上保持相當的身分，還有人充分。其餘看門的有門皂，阿河的有防夫，管囚犯的有禁子，維持治安的有弓兵，他們在社會上的地位更加低落，大家隻得另行雇人代充。雇人的是鄉間的老農，被雇的是城市的地痞，於是被雇的人不時下鄉，向老農們討索工食，“雇員”壓迫“雇主”，成為老農的禍害。以上是力差。
其次還有銀差。州、縣官要用柴薪，柴薪派在民眾身上；要養馬，馬草、馬豆也派在民眾身上。儒學是教官和廩、增、附生講學的場所，他們吃的是國家的廩米，但是齋夫、膳夫這些差使，派在民眾身上。當然這不是直接要民眾做事，隻是要民眾出錢，所以稱為銀差。州、縣官是替國家辦事的，儒學的教諭、訓導，和這一批廩、增、附生們是研究聖經賢傳的，但是他們第一還得先替自己辦事，建築私人經濟的基礎。誰能不替自己打算呢？在官員們審查和編製銀差的時候，各人都得盡先挑選殷實而沒有勢力的富戶，替本衙門辦差。被官員瞧得起的民眾，實際成為官員手下的肥羊、大豬，聽候宰割，而不肖的官員們，其實隻是穿靴戴帽的強盜，審查編製隻是盜匪們請財神的手續。這是所謂銀差。（見《圖書集成？食貨典》一五一卷《劉光濟差役疏》。）
力差、銀差成為民眾極大的痛苦，於是國家推行均徭法。各縣把民眾分為十甲，每年由一甲承當本縣的一切徭役。在理論上這是最公平的了，從第一甲到第十甲，周而複始，輪流當差，還有什麼不平的？但是在審編的時候，這十甲民眾的經濟能力，未必能夠編配平允，每年的徭役，也是時常變動。經濟能力和經濟負擔不能支配得當，便成為甚大的不平。其次，一甲以內，各戶的經濟能力不同，社會地位又不同，因此在支配擔負的方麵，更發生種種的歧視。還有一點，在不當差的九年中，民眾因為不受政治的壓迫，樂得生活稍為優裕一點，當然談不上積蓄；但是到了當差這一年，一切的苦難都來了，官員的壓迫，廩、增、附的壓迫，地痞的壓迫，都落到民眾頭上，這一年便是他們典妻鬻子、傾家蕩產的一年。政治的不良，製度的不良，一齊造成最大的人禍。
隆慶初年，江西巡撫劉光濟上《差役疏》，曆指均徭之弊六點：
每歲徭銀，原有定額，而各甲丁糧，多則派銀數少而徭輕，少則派銀數多而役重，其弊一也。所編之差，有正銀一兩而止納一兩者，此必勢豪夤緣者得之；有加至一倍以至數十倍者，此必平民下戶無勢力者當之。此患在不均，其弊二也。北方則門丁事產肆者兼論，南方則偏論田糧，糧多差重則棄本逐末，以致田日賤而民日貧，其弊三也。糧多殷實之家，平日則花分詭寄以圖輕差，及至審編，則營求賄囑以脫重差，其弊四也。歲歲審編，公門如市，官吏開賄賂之門，裏胥恣索騙之計，其弊五也。丁糧剩利歸於官，小民不蒙輕減之惠，其弊六也。有此六弊，小民困累已極。且應直之年，役重費繁，力不能勝，大抵人情皆安於目前，既不能積十年之費以待一年之輸，是以一年當差，即九年未得蘇息，而傾家蕩產者相比也。
在這個情形之下，才提到改革。第一個提倡的是浙江巡按禦史龐尚鵬。他主張把往年編某為某役的辦法，完全停止，重行核定有丁無糧者，編為下戶；有丁有糧者，編為中戶；糧多丁少，和丁糧俱多者，編為上戶。在這個計劃下麵，一縣差役，完全由州、縣官募人充當。力差按照工食之費，量為增減；銀差按照交納之費，略加銀耗；一縣的總數決定以後，按照丁、糧比例，完全派到丁、糧裏麵，隨同完納。這就是一條編法。嘉靖四十五年，尚鵬在浙江曾經推行過這個辦法。周如鬥在江西巡撫任內，也奏請推行條編，但是不久如鬥死了，到隆慶初年，由繼任江西巡撫劉光濟再行奏請，隆慶四年，在江西全省推行。（萬曆本《明會典》卷二十。）是年十月，龐尚鵬為福建巡撫，奏請推行一條編法。（《明紀》卷三十九。）所以條編法的推行，是從南方的浙江、江西、福建開始的。
條編當然有條編的利弊。隆慶元年戶部尚書葛守禮便曾經揭出“吏書夤緣不奸，增減灑派，弊端百出”守禮是當時有名的大臣，他的議論，當然有相當的價值，但是他隻看到條編的陰影。從大體方麵講，條編是一個極大的進步。徐希明曾經說起：“丁糧差重者派銀亦重，差輕者派銀亦輕，輕重均派於眾，未嚐獨利獨累於一人，雖善於規避者無所用其計，巧於營為者無所施其術。”（《平賦役序》見《圖書集成？食貨典》一五一卷。）因此條編的推行，固然由於官吏的提倡，同時也出於當時人民的要求。徐希明看到湖廣茶陵推行條編以後，攸縣人民便要求推行條編，正是一個實例。不過我們應當記得，條編於小民有利，便不免隕害許多人既得的權利。希明不曾說過嗎？“大抵此法至公至平，但便於小民而不便於貪黑之官府，便於貧乏而不便於作奸之富家，便於裏遞而不便於造弊之吏胥。”希明親眼看到降慶、萬曆間的情形，這是他的結論。
居正不是條編的發明者，對於條編的推行，他不會感到發明家的那種母愛的熱忱。而且實行條編，對於居正個人，也許未必有什麼利益。他是當時的首輔，即使不實行，誰能把力差、銀差派到首輔家中嗎？徭役派入丁糧，隻增加居正私人的負擔。但是居正代表當時的最高統治者，他必須從統治階級的整體利益出發。為了維護統治階級的長遠利益，必須設法緩和階級矛盾，因此，條編法的推行，正與統治階級有利，所以萬曆四年，居正推行條編，當然有他的理論根據。
龐尚鵬、劉光濟在浙江、福建、江西推行條編了，居正的計劃，要把它推行到全國。這便有些和王安石推行青苗相似，但是居正隻是慢慢地推行，從容地解釋，他一步一步地前進，不像安石那樣的急迫。讓我重說一遍罷，居正不是王安石，他隻是一個現實的大臣。
萬曆四年，居正先把條編推行到湖廣。他和湖廣巡按說起：
辱示江陵尹朱正色均差之議，其中綜理，精當詳密。此君初任，人皆以為刻核，仆獨愛其明作，今觀其所建立，必為良吏無疑矣。慰甚慰甚。一條編之法，近亦有稱其不便者，然仆以為行法在人，又貴因地，此法在南方頗便，既與民宜，因之可也。但須得良有司行之耳。（書牘八《答楚按院向明台》。）
果然有人提到條編的不便，他們甚至說條編便於士大夫而不便於小民。怎麼辯論呢？居正隻有由他。居正說：
條編之法，有極言其不便者，有極言其便者，有言利害半者。仆思政以人舉，法貴宜民，執此例彼，俱非通論，故近擬旨雲，“果宜於此，任從其便，如有不便，不必強行。”朝廷之意，但欲愛養元元，使之省便耳，未嚐為一切之政以困民也。若如公言，“徒利於士大夫而害於小民”，是豈上所以恤下厚民者乎？公既灼知其不便，自宜告於撫、按當事者，遵奉近旨罷之。若仆之於天下事，則不敢有一毫成心，可否興革，順天下之公而已。（書牘九《答少宰楊二山言條編》。）
這是萬曆五年的事。經過一年的推行，居正對於條編，更加感到興趣。萬曆五年，他不再說“法貴因地”，隻是說：“條編之法，近旨已盡事理，其中言不便，十之一二耳。法當宜民，政以人舉，民苟宜之，何分南北。”（書牘九《答總憲李漸庵言驛遞條編任怨》。）以後經過幾年的推行，到萬曆九年正月，再用詔旨通行全國，一條編法，遂成為通行的法製。
居正六個兒子，敬修、嗣修、懋修、簡修、允修、靜修，尤其是敬修、嗣修、懋修這三個，居正對於他們盼望更切。懋修的天資最好，居正曾和他說：“汝少而穎異，初學作文，便知門路，吾嚐以汝為千坦克駒。”（書牘十五《示季子懋修》。）居正看到當時有才學的人，便羅致給兒子們做朋友，他認為隻有這樣，才可以敦促他們上進。第一個羅致的沉懋學，後來萬曆五年丁醜科進士第一人；其次便是《牡丹亭》的作者湯顯祖，不料顯祖卻拒絕了，居正死後萬曆十一年癸未，顯祖才成進士。敬修是萬曆元年癸酉科舉人，次年甲戌科會試下第。據說居正因此大為生氣，甲戌科不選庶吉士，便是敬修下第的結果。萬曆四年丙子科鄉試，懋修失敗，（見《示季子懋修》。）所以五年丁醜科會試，隻有敬修、嗣修同到北京就試。這次敬修依舊落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔為一甲第二人及第。
嗣修登第的事，對於居正，當然是一種快慰。他在這一年和王之誥說起：“豚兒寡學，謬竊科名，其躐登上第，則出主上親拔，非仆庶幾所敢望也。”（書牘九《答司寇王西石》。）大致他聖於敬修、懋修的希望，還很熱切；對於這四子簡修，便冷淡了。以後簡修由武職出身，所以居正在給之誥信上又說：“簡兒叨授一職，遣歸完娶。”信上又提及他的父母和繼配王夫人，這時都在江陵。居正曾說“門巷闃然，殆同僧舍”，他在北京的寓居，真有些僧舍的意味。
嗣修登第，畢竟是一件不厭眾望的事。明代輔臣在位的時候，兒子會試及第，不止一次，但是除楊廷和當國，其子楊慎以會試第一人及第，群情翕服以外，其餘沒有一次不發生許多非議。尤其在居正當國十年之中，萬曆五年會試，嗣修第二人及第，萬曆八年會試，懋修第一人及第，敬修同時及第：兄弟三人先後及第，更引起不少的責難。萬曆十六年順天鄉試，輔臣天王錫爵之子王衡第一名中式，當時的風波又來了，大家指摘錫爵，錫爵恨極，次年會試，不許王衡就試，直到錫爵去位多年以後，萬曆二十九年會試，王衡始以第二人及第，這才證實王衡的才學，同時也表明錫爵的坦白。自此以後，輔臣當國的時候，其子不應會試，成為科舉製度的故事。
這裏的是非，本來一言難盡。明代的製度，對於大臣的兒子，有文蔭或武蔭。在大臣建功或是幾年任滿以後，照例可以蔭子。文蔭從蔭一子入國子監讀書起，以後補尚寶司丞，尚寶司卿，這算是一條路。武蔭從錦衣衛百戶、千戶起，以後補指揮同知、指揮僉事，這也是一條路。這兩條是怎樣的路呢？大學士的兒子不能補大學士，尚書的兒子不能補尚書。由蔭生升到大學士、尚書的，沒有看見一個。明朝一代，父、子大學士惟有陳以勤、於陛父子二人，但是於陛的大學士，是從鄉試、會試掙紮出來的，並不告以勤的庇蔭。惟有鄉試、會試才是出身的大路蔭生不但不是大路，甚至反是一件障礙。這是居正始終迫促敬修、嗣修、懋修由鄉試、會試出身的原因。居正自己曾經說過：
或言大臣子弟應舉，不當與寒士爭進取者，此論非也。自晉、唐以來，士人鹹重門第，王、謝子孫，與六朝相終始，至隋、唐設科取士，寒素乃得登用，而建宮要職，仍多用世家，大臣恩蔭，皆得至將相，如唐、盧、崔、鄭，累世宰相，有至八九人者。中唐以後，進士一科，最為榮重，而李德裕以其父蔭，為備身千牛；或勸之應舉，德裕言好驢馬不入行，後變為宰相。蓋世家子弟，自有登用之路，不借科目而後顯，是科舉大臣子弟一人，則退寒士一人矣。若本朝則立賢無方，惟才是用。高皇帝時，用人之途最廣，僧、道、皂隸，鹹得至九卿、牧、守，大臣蔭子，至八座、九卿者，不可縷數。宣德以後，獨重進士一科，雖鄉舉歲貢，莫敢與之抗衡，而大臣恩蔭，高者不過授五府幕僚，出典遠方郡守而止，即有卓犖奇偉之才，若不從科目出身，終不得登膴仕，為國家展采宣猷矣。豈古人所謂喬木世臣之義乎？故大臣子弟，不宜與寒士爭進之說，在前代則可，非所以論當今之務也。（文集十一《雜著》。）
《雜著》是居正隨時的雜錄，其中所載的事實，有年、月可稽者，最後為萬曆七年賜廣寒殿金錢四枚之事。因此不妨假定論世家子弟應舉一節，正為嗣修等諸人登第而作。居正《西陵何氏族譜序》（文集八。）曾言“采靈菌於糞壤，拔姬、薑於憔悴”，大致是仕宦未遂之作，現在他說“喬木世臣”，顯然是仕宦已遂之後的言論。居正對於國家是大臣，對於嗣修等是父親。是大臣便應當為國家求人才，是父親便隻能為兒子謀出路。也許在嗣修等幾次會試的時候，他把父子的關係看得太重一點罷。但是我們眼前看到有些國家，當國的人物正在不斷地替兒子爭取地位，那麼即是居正不免有一些舐犢之情，我們不妨認為這隻是人類社會共有的弱點。
萬曆五年五月，總督兩廣軍務右僉都禦史淩雲翼進攻羅旁瑤，對於少數民族，又來一次壓迫。羅旁在德慶的南麵，東西數百裏，都是瑤山。憲宗成化年間，韓雍經略兩廣的時候，曾經討平一部分，但是後來瑤人不斷起兵，成為兩廣的禍患。殷正茂提督兩廣軍務，又提議討伐羅旁。萬曆三年，正茂去職，雲翼繼任，於是這個責任，落到雲翼身上。萬曆四年，居正去信說：
羅盤、淥水之事，石汀公在任不能處，乃諉難於後人，誠為不恕。然此地不沾王化數十百年，義所當討，在公誠不宜使之跳梁於臥榻之前也。但須審圖而後動，動而必勝，勝而無損，乃為萬全。不然，又不如姑置之之為便也。（書牘八《答兩廣淩洋山計剿羅盤寇》。）
雲翼到任以後，從容布置，廣西總兵李錫、廣東總兵張元勳的軍隊都調齊了，萬曆五年進攻，不久就打一個勝仗，居正再去一信說到：
羅旁之役，聞已獲功萬餘，計所鹵獲，又當稱是，即有伏逸，諒亦無多。宜乘此勢，多方招徠，開其生路，隨宜處置，務絕後患，則一勞永逸之策也。（書牘九《答兩廣淩洋山》。）
這年五月，“大功告成”，雲翼在這次“戰功”裏，俘斬招降四萬二千八百餘人，確實是一個大役。雲翼上疏，主張開辟州、縣，招徠農墾，經過一度遲疑以後，居正接受這個建議。他說：
羅旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未盡，姑少遲建設，以俟人心之定，會新司馬（兵部尚書王崇古。）亦以此為言，遂以再議。近來彼中人來，皆言此地在四府之中，素稱沃壤，與廣右邊徼不同，且遠近之民，願受廛者眾，不設官建治，何以統之？是以知再議之為迂謬也。佇俟大疏至，即屬銓部選除矣。但聞願附籍者，多係遠縣之民，其中或有來曆不明，流浪無根，或賊黨詭名偽姓，若但務招徠，不加審別，蘭、棘並植，狼、羊同飼，將複為昔日之羅旁矣。竊以四方鄰近之人，亦自有就招者，彼風土既習，板籍有據，環數百裏之內，封壤相接，遷徙無難，且彼素被賊患，茹苦日久，今畀之以沃土，與之以安樂，亦所以償之也。其中徭賦務從輕省，法令不宜煩苛，使人懷定居，遠邇爭附，數年之後，可盡化為樂國矣。夫戡亂非難，已亂為難，當此重開再辟之時，即宜為長治久安之計，惟高明擇焉。（書牘九《答兩廣淩洋山計羅旁善後》。）
這是廣東羅定州（本為瀧水縣，萬曆五年升為羅定州，今羅定縣。）的來曆。羅定州新開二縣，東為東安縣，（今雲浮縣。）西為西寧縣。（今鬱南縣。）從此廣州、高州、肇慶、梧州四府交界的原野，又添了國家的新壤。
萬曆五年五月宮內文書官丘得用口傳聖旨：“慈慶、慈寧兩宮，著該衙門修理見新，隻做迎麵。”這隻是一件不重要的工程，而且是仁聖皇太後、慈聖皇太後的住所，談不到駁回，但是居正認為這是不急之務，立刻拒絕。在神宗尚在衝齡的時候，實際的政權，在皇太後手裏，然而居正顧不得，他認定大臣有大臣的身分。居正疏稱：
臣等再三商榷，未敢即便傳行。竊惟治國之道，節用為先，耗財之原，工作為大。然變有不容已者：或居處未寧，規製當備，或曆歲已久，敝壤當新，此事之不容已者也。於不容已者而已之，謂之陋；於其可已而不已，謂之侈，二者皆非也。恭惟慈慶、慈寧，乃兩官聖母常禦之所，若果規製有未備，敝壤所當新，則臣等仰體皇上竭情盡物之孝，不待聖諭之及，已即請旨修建矣。今查慈慶、慈寧，俱以萬曆二年興工，本年告完。當其落成之日，臣等嚐恭偕閱視，伏睹其巍崇隆固之規，彩絢輝煌之狀，竊謂天宮月宇，不是過矣！今未逾三年，壯麗如故，乃欲壞其已在，更加藻飾，是豈規製有未備乎？抑亦敗壞所當新乎？此事之可已者也。況昨該部、該科，屢以工役繁興、用度不給為言，已奉明旨，“以後不急工程，一切停止。”今無端又興此役，是明旨不信於人，而該部、科，必且紛紛執奏，徒彰朝廷之過舉，滋臣下之煩言耳。方今天下民窮財盡，國用屢空，加意撙節，猶恐不足，若浪費無已，後將何以繼之？臣等灼知兩官聖母，欲皇上祈天永命，積福愛民，亦必不以此為孝也。臣等備員輔導，凡可將順，豈敢抗違，但今事在可已，因此省一分，則百姓受一分之賜，使天下黎民，萬口同聲，祝聖母之萬壽，亦所以成皇上之大孝也。伏望聖慈，俯鑒愚忠，將前項工程，暫行停止，俟數年之後，稍有敝壞，然後重修未晚。臣等幹冒宸嚴，無任悚栗之至。（奏疏五《請停止內工疏》。）
這一個奏疏上去，文書官隨即口傳聖旨：“先生忠言，已奏上聖母，停止了。”皇太後和神宗對於居正，到了言聽計從的時候，居正認定自己的責任，所以不得不說。萬曆五年，整個國家的財政，已經有了良好的基礎，但是居正認為國防民生，都需要很大的經費，在有餘的時候，還要計劃怎樣輕徭薄賦，使百姓們得到實在的利益。他舍不得的把銖積寸累的資財，浪費在瓊樓玉宇上麵。他知道這次修理兩宮，是皇太後的意思，但是為了國家著想，他決定在皇太後麵前頂一下。
萬曆二年，《穆宗實錄》修完，神宗加恩居正，蔭一子做中書舍人，居正兩疏辭免。萬曆五年，《世宗實錄》修完，神宗因為居正是實錄館總裁，再行加恩，吩咐內閣擬敕，居正把加恩同官的敕書擬定奏上，但是沒有提到自已。神宗隨即著文書官丘得用口傳聖旨：
皇祖四十五年《實錄》，字字句句都是先生費心看改幾次，我盡知道，先生恩該首加，卻怎的不擬這敕？著令改擬了才行。
這一次居正的複疏裏，痛切地把自己的心境說清。他說：
臣以羈單寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，臨終親握臣手，屬以大事。及遭遇聖明，眷倚彌篤，寵以賓師之禮，委以心膂之托，渥恩殊錫，豈獨本朝所無，求之前史，亦所希覯。每自思惟，古之節士感遇知己，然諾相許，至於抉麵碎首而不辭，既已存亡死生矣，而猶不矜其能，不食其報，況君臣分義，有不可逃於天地之間者乎？用是盟心自矢，雖才薄力單，無能樹植鴻巨，以答殊眷，惟於國家之事，不論大小，不擇閑劇，凡力所能為，分所當為者，鹹願畢智竭力以圖之！嫌怨有所弗避，勞瘁有所弗辭，惟務程功集事，而不敢有一毫覬恩謀利之心，斯於臣子分義，庶乎少盡雲爾。故自皇上臨禦以來，所加於臣，文武祿蔭，不□四五矣，而臣皆未敢領。昨以九年任滿，皇上欲授臣以三公之官，給臣以五等之祿，臣亦懇疏陳辭，必得請而後已。豈敢異眾為高，以沽流俗之譽哉？蓋素所盟誓者至重，不敢自背其初心故也。近年以來，君臣之義不明，敬事之道不講，未有尺寸，即生希冀，希冀不得，輒懷望，若執左券而責報於上者，臣竊非之，每欲以身為率而未能也。今乃以楮筆供奉之役，即叨橫恩渥澤之私，則平日所以勸勉者，皆屬矯偽，人孰信之？此臣所以展轉思惟，有不能一日自安者也。臣聞人臣事君，無隱情，無二辭。今臣所言，皆已真吐肺腸，辭理俱竭，藉惟皇上複申前命，臣亦不過再執此辭，而章奏屢騰，言語煩瀆，非皇上以手足腹心待臣之義也。萬仰聖慈俯覽愚衷，特賜停寢，俾臣微誌獲伸，雖疏食沒齒，有餘榮矣。所有改敕一節，萬不敢擬，謹將原稿封進，伏乞聖裁施行。（奏疏五《纂修書成辭恩命疏》。）
經過這樣地剴切陳辭，神宗隻有俞允。
這一年神宗十五歲。皇帝和平常人不同，皇太後在這一年，已經替他定下王偉的女兒，準備舉行婚禮。中國的舊俗，婚禮便得選擇吉日，皇帝的事，自有欽天監負責。據欽天臨推測，十二月大利，又說一年之中，惟利十二月，其餘皆有礙。宮內文書官傳達皇太後聖旨，一切交給居正決定。居正又遇到一個小小的困難：要在萬曆五年十二月舉行婚禮，新郎隻有十五歲，新娘隻有十四歲，未免太早；要到六年十二月，中間停頓一年，未免太遲，惟恐皇太後和皇上都等不及；要在這兩個時期的中間，欽天監又認為月份不利。這便怎樣呢？但是居正卻輕易地解決了。他奏明皇太後，因為英宗、武宗、世宗都是十六歲成婚，所以應當是十六歲；他說他也知道要等待萬曆六年十二月，未免太遲，因此他認為最好是明年三四月，不遲不早，最為妥帖。欽天監不是說月份不利麼？居正說：“臣等竊惟帝王之禮，與士庶人不同。凡時日禁忌，皆世人俗尚，然亦有不盡然者。臣居正素性愚昧，不信陰陽選擇之說，凡有舉動，隻據事理之當為，時勢之可為者，即為之，未嚐拘泥時日，牽合趨避，然亦往往誤蒙天幸，動獲吉利。況皇上為天地百神之主，一舉一動，皆將奉職而受事焉，又豈陰陽小術可得而拘禁耶？”（奏疏五《奏請聖母裁定大婚日期疏》。）他奏明皇太後，一世隻要太後作主。隨後文書官口傳太後聖旨：“先生說的是，今定以明年三月。”這一次居正又得到一個小小的成功。
但是九月間，慈聖太後的難題來了。太後派司禮監太監孫得勝，口傳聖旨，今歲大喜，命內閣擬旨免行刑。明朝的製度，秋天有秋審，現在正是判罪執行的時期，眼看又要因為太後這一點婦人之仁，停頓下來。一切都和居正的主張根本背謬了。居正認為國家之亂，完全因為有心寬縱，以致不可收拾，所以他說：“天下之事以為無足慮，則有大可慮者。”（書牘六《與操江宋陽山》。）他認為“盜者必獲，獲而必誅，則人自不敢為矣。”（書牘八《答總憲吳公》。）萬曆五年，有人和他說起孔子的話：“苟子之不欲，雖賞之不竊。”在季康子愁到盜賊太多的時候，孔子不曾這樣說過嗎？居正反駁道：
蓋聞聖王殺以止殺，刑期無刑，不聞縱釋有罪以為仁也。“苟子之不欲，雖賞之竊”，此孔子箴病之言，是時魯失其政，寵賂滋彰，故言此以警之，非謂徒不欲可以弭之，無是理也。夫人之可以縱情恣意，有所欲而無不得者，莫逾於為盜；而秉耒持鋤，力田疾作，束縛以禮法，世之所至苦也。安於其所至苦，無所懼而自不為非者，惟夷、由、曾、史為然。今不曰“吾嚴刑明法之可以製欲禁邪也”，而徒以不欲率之，使民皆釋其所樂，而從其所至苦，是天下皆由、夷、曾、史而後可也。舜，不欲之君也；皋陶，不欲之相也。蠻夷猾夏，寇賊奸宄，猶不能無明刑作士以威之，況其餘乎？異日者有司之不敢捕盜也，以盜獲而未必誅也，不誅則彼且刃於上，以毒其仇而合其黨，故盜賊愈多，犯者愈眾。今則不然，明天子振提綱維於上，而執政者持直墨而彈之，法在必行，奸無所赦。論者乃不惟舜、皋之所以致理者，而獨用懦者姑息之說、衰委苟且之政以撓之，其無乃違明詔而詭國法乎？（書牘九《答憲長周鬆山言弭盜非全在不欲》）
現在的難題來了，慈聖太後固然要“暫免行刑”，明天子也不再“振提綱維”，怎麼辦呢？居正立即上疏。他說：
夫春生、秋殺，天道所以運行，雨露雪霜，萬物因之發育。若一歲之間，有春生而無秋殺，有雨露而無雪霜，則歲功不成而化理或滯矣。明王奉若天道，其刑賞予奪，皆奉天意以行事。《書》曰：“天命有德，五服五章哉；天討有罪，五刑五用哉。”若棄有德而不用，釋有罪而不誅，則刑、賞失中，慘、舒異用，非上天所以立君治民之意矣。臣等連日詳閱法司所開重犯招情，有殺祖父母、父母者，有毆死親兄及同居尊屬者，有殺一家非死罪三人者，有強盜劫財殺人者，有鬥毆逞凶，登時打死人命者。據其所犯，皆絕滅天理，傷敗彝倫，仁人之所痛惡，覆載之所不容者，天欲誅之，而皇上顧欲釋之，其無乃違上天之意乎……今聖母獨見犯罪者身被誅戮之可憫，而不知被彼所戕害者，皆含冤苦之氣，鬱而不散，上或蒸為妖氛之變，下或招致凶荒疫癘之災，則其為害，又不止一人一家受其荼毒而已。獨奈何不忍於有罪之凶惡，而反忍於無辜之良善乎？其用仁亦舛矣！況此等之人，節經法司評審，九卿大臣評鞫，皆已眾證明白，輸服無辭，縱使今年不決，將來亦無生理，不過遲延月日，監斃牢獄耳。然與其暗斃牢獄，人不及知。何如明正典刑，猶足以懲奸而伸法乎？法令不行，則犯者愈眾，年複一年，充滿囹圄，既費關防，又虧國典，其於政體，又大謬也。伏願皇上念上天之意不可違，祖宗之法不可廢毋惑於浮屠之說，毋流於姑息之愛，奏上聖母，仍將各犯照常行刑，以順天道。若聖心不忍盡殺，或仍照去年例，容臣等揀其情罪尤重者，量決數十人，餘姑牢固監侯，俟明年大婚吉典告成，然後概免一年，則春生秋殺，仁昭義肅，並行而不悖矣。（奏疏五《論決重囚疏》。）
這個奏疏上去以後，文書官口傳聖旨：“先生說的是，今年照舊行刑。”居正認定“殺以止殺”，惟有嚴厲執行法律，民生才可以安定，國家才得到保障。