萬曆三年遼東大捷，遼東巡撫張學顏還沒有奏報的時候，巡按禦史劉台的捷奏先到北京。從程序上說，這是一種手續的錯誤。然而不僅是錯誤，這是越權。巡按既可越權，巡撫便可卸責，對於封疆大事，當然發生不良的影響。從“綜核名實”的立場看來，這是一個不能容許的錯誤。因此居正擬旨嚴加申斥。居正記得就在這一年，三邊總督石茂華，曾因禦史督戰太急，魯莽進兵，以致受到不小的挫敗。自己還曾去信告誡過：“今之時政，與先年異。公受分陝之寄，凡事當守便宜，謀定而後發，亦不必汲汲求解於群議也。”（書牘七《答陝西督撫石毅庵》。）居正認定邊疆督、撫，不應受禦史的牽掣。
劉台也有劉台的看法。遼東巡按禦史固然是禦史，但是張學顏是右副都禦史，巡撫遼東地方，也是禦史。明代官製的演變，形成監察權高於一切的狀態。地方長官文的有布政使司左布政、右布政；武的有都指揮使司都指揮使，以及鎮守衝要的總兵官：這是最初的官製，但是後來添了巡按以及巡撫和總督。巡按、督、撫雖然各有疆域，但是他們隻是都察院的官，不是地方官。他們的官階不一定高，但是地方官不能不受他們的節製，這是監察的權威。劉台看到同是代表監察權的中央官，為什麼一個可以調度軍隊，一個連報捷都不可呢？所以他的捷奏還是發出去。
但是在法製上，巡按和巡撫究竟不同。英宗正統四年巡按禦史出巡事宜有這樣的規定：“總兵、鎮守官受朝廷委任以防奸禦侮，凡調度軍馬，區劃邊務，風憲官皆無得幹預。”所以巡按不得過問軍事，曾有明文的規定。遼東巡撫的全銜是“巡撫遼東地方，讚理軍務”，因此調度軍隊，正是巡撫的職權。一切都有法製的依據。明代巡撫和巡按的職權最容易混淆，居正對於這一點，時時感覺到有糾正的必要。萬曆九年他說過：
竊謂撫、按職掌不同，政體亦異。振舉綱維，察舉奸弊，摘發幽隱，繩糾貪殘，如疾風迅雷，一過而不留者，巡按之職也。措處錢糧，調停賦役，整飭武備，撫安軍民，如高山大河，奠潤一方而無壅者，巡撫之職也。近來撫、按諸君，不思各舉其職，每致混雜，下司觀望，不知所守，以故實惠不流。至於直指使者，往往舍其本職，而侵越巡撫之事，違道以幹譽，徇情以養交，此大謬也。（書牘十三《答蘇鬆巡按曾公士楚言撫按職掌不同》。）
居正認為封疆大吏，不應受到牽掣，在法製有成規，在事理有根據，不能不認為正確。假如我們想到萬曆四十七年，楊鎬經略遼東，因為受到兵科給事中趙興邦紅旗督戰的迫蹙，以致倉皇進兵，造成遼東空前大敗的事實，我們更不能不承認居正的主張。
劉台經過這一次嚴旨申斥，充滿怨憤，就在萬曆四年正月上疏彈劾居正。這是居正當國以來所受的第一次打擊，也是他平生所受的最大的打擊。原疏如次：
臣聞進言者皆望陛下以堯、舜，而不聞責輔臣以□、□。何者？陛下有納諫之明，而輔臣無容言之量也。高皇帝鑒前代之失，不設丞相，事歸部、院，勢不相攝而職易稱。文皇帝始置內閣，參預機務，其時官階未峻，無專肆之萌。二百年來，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大學士張居正偃然以相自處，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。諫官因事論及，必曰，“吾守祖宗法！”臣請即以祖宗法正之。
祖宗朝，非開國元勳，生不公，死不王。成國公朱希忠，生非有奇功也，居正違祖訓，贈以王爵。給事中陳吾德一言而外遷，郎中陳有年一爭而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，緣例陳乞，將無底極。祖宗之法若是乎？
祖宗朝，用內閣、塚宰，必由廷難。今居正私薦用張四維、張瀚。四維在翰林，被論者數矣，其始去也，不任教習庶吉士也。四維之為人也，居正知之熟矣，知之而顧用之，夫亦以四維善機取，多憑借，自念親老，旦暮不測，二三年間謀起複，任四維其身後托乎！瀚生平無善狀，巡撫陝西，贓賄狼藉，及驟列銓衡，唯諾若簿吏，官缺必請命。所援引者非楚人親戚知識，則親戚所援引也，非宦楚受恩私，則恩故之黨助也。瀚惟日取四方小吏，權其賄賂，而其他則徒擁虛名。聞居正貽南京都禦史趙錦書，“台諫無議及塚宰”：則居正之協製在朝言矣，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，詔令不便，部臣猶訾閣擬之不審。今得一嚴旨，居正輒曰：“我力調劑，故止是”；得一溫旨，居正又曰：“我力請而後得之。”由是畏居正者甚於畏陛下，感居正者甚於感陛下。威福自己，目無朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陳，部、院題複，撫、按奏行，未聞閣臣有舉劾也。居正令撫、按考成章奏，每具二冊，一送內閣，一送六科：撫按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。閣臣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居正創為是說，欲脅製科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？
至於按臣回道考察，苟非有大敗類者，常不舉行，蓋不欲重挫抑之。近日禦史俞一貫以不聽指授，調之南京，由是巡方短氣，莫敢展布。所憚獨科臣耳。居正於科臣，既啖之以遷轉之速，又恐之以考成之遲，誰肯舍其便利，而盡死言事哉？往年趙參魯以諫遷，猶曰外任也；餘懋學以諫罷，猶曰禁錮也；今傅應禎則謫戍矣，又以應禎故，而及徐貞明、喬岩、李禎矣。摧折言官，仇視正士，祖宗之法如是乎？
至若為固寵計，則獻白蓮、白燕，致詔旨責讓，傳笑四方矣；規利田宅，則誣遼王以重罪而奪其府地，今武岡王又得罪矣；為子弟謀舉鄉試，則許禦史舒鼇以京堂，布政施堯臣以巡撫矣；起大第於江陵，費至十萬，製擬宮禁，遣錦衣官校監治，鄉郡之脂膏盡矣；惡黃州生儒議其子弟幸售，則假縣令他事，窮治無遺矣；編修李維楨偶談及其豪富，不旋踵即外斥矣。蓋居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在邊鄙。不然，輔政未幾，即富甲全楚，何由致之？宮室、輿馬、姬妾、奉禦，同於王者，又何由致之？在朝臣工，莫不憤歎，而無敢為陛下明言者，積威之劫也。
臣舉進士，居正為總裁；臣任部曹，居正薦改禦史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢訟言攻之者，君臣誼重，則私恩有不得而顧也。願陛下察臣愚悃，抑損相權，毋俾僨事誤國，臣死且不朽。
劉台的奏疏上去了，居正想起明朝開國二百餘年，從來沒有門生彈劾座主的故事，偏偏自己在隆慶五年所取的進士，竟對自己提出彈劾，這是一個異常的刺激。三四年來，當國的甘辛，劉台不一定明白，但是劉台既請皇上抑損相權，自己以後怎樣辦事？最使居正痛心的，是劉台所提出的幾點，不一定是對的，然而也不一定全無根據。是劉台的誣蔑呢，還是他的不能體諒？自己的門生，一手提拔的人，還不能體諒，以後又怎樣辦事？自己是大臣，當然談不到和劉台辯駁，他和神宗說：依法，巡按禦史不得報軍功；去年遼東大捷，劉台違製妄奏，法應降謫，彼時臣僅請旨戒飭，劉台已經憤憤不已。後來禦史傅應禎妄言下獄，請旨窮詰黨與，當時並不知道劉台和傅應禎同鄉親近，從中主持，因此劉台妄自驚疑，全不顧忌，對臣泄恨。二百年來，沒有門生彈劾座主的故事，如今臣惟有一去以謝劉台。
神宗看到居正跪在禦座前麵，眼淚簌簌地直下，隻有自己扶他起來，和他說：先生起，朕當責台以謝先生。
居正仍是具奏請求致仕，神宗下旨慰留道：卿赤忠為國，不獨簡在朕心，實天地祖宗所共降監，彼讒邪小人，已有旨重處，卿宜以朕為念，速出輔理，勿介浮言。
皇上的恩意很顯然了，但是居正還是感覺到辦事的困難，他再疏乞休道：
臣捧讀恩綸，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死報矣。今皇上聖學，尚未大成；諸凡嘉禮，尚未克舉；朝廷庶事，尚未盡康；海內黎元，尚未鹹若；是臣之所以圖報先帝者，未盡其萬一也，臣豈敢以去？古之聖賢豪傑，負才德而不遇時者多矣，今幸遇神聖天縱不世出之主，所謂千載一時也，臣又豈可言去？皇上寵臣以賓師不名之禮，待臣以手足腹心之托，相親相倚，依然藹然，無論分義當盡，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去為請者，非得已也！蓋臣之所處者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣為擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也則福也。自今以往，將使臣易其塗轍，勉為巽順以悅下耶，則無以於負國之罪；將使臣守其故轍，益竭公忠以事上耶，則無以逃於專擅之機。況今讒邪之黨，實繁有徒，背公行私，習弊已久，臣一日不去，則此輩一日不便，一年不去，則此輩一年不便。若使臣之所行者，即其近似而議之，則事事皆可以為作威，事事皆可以為作福，讒日嘩於耳，雖皇上聖明，萬萬不為之投杼，而使臣常負疑謗於其身，亦豈臣節之所宜乎？此臣之所以輾轉反側，而不能不惕於衷也。伏望皇上憐臣之誌，矜臣之愚，特賜罷歸，以解群議。博求廊廟山林之間，必有才全德備之士，既有益於國而又無惡於眾者，在皇上任之而已。臣屢瀆宸嚴，無任戰栗隕越之至。（奏疏四《被言乞休疏》。）
神宗隨即再下聖旨：
卿精誠可貫天日，雖負重處危，鬼神猶當護佑，讒邪陰計，豈能上幹天道。朕亦知卿貞心不貳，決非眾口所動搖，已遣司禮監隨堂官往諭朕意，卿宜即出視事，勉先帝顧托，勿複再辭。
這是正月二十六日的事。神宗還不放心，再差司禮監太監孫隆前往慰留，並隆手諭：
諭元輔：先帝以朕幼小，付托先生。先生盡赤忠以輔佐朕，不辭勞，不避怨，不居功，皇天後土祖宗必共鑒知。獨此畜物，為黨喪心，狂發悖言，動搖杜稷，自有祖宗法度。先生不必介意，隻思帝顧命，朕所倚任，保安社稷為重，即出輔理。朕實慻慻佇望。特賜燒割一份、手盒二副、長春酒十瓶，用示眷懷，先生其欽承之，慎勿再辭。
在這個情形之下，居正沒有再辭的理由，他隻有重行出來輔理國事。居正對於政治，有自己的理想和抱負，政權是貫徹這個理想和抱負的工具，他決不輕易放棄政權。在他認定神宗對於自己的信任，不但沒有動搖，而且更加堅定的時候，他慨然地說：
夫事惟求諸理之至當，心豈必於人之盡知。況臣區區之愚，既特孚於昭鑒，則諸呶呶之口，誠無足為重輕。謹當仰體聖懷，益殫赤悃，冰霜自保，雖嫌怨以奚辭，社稷是圖，何發膚之敢惜。（奏疏四《謝恩疏》。）
政權在自己手中，居正準備繼續貫徹自己的主張。“你們諒解也好，不諒解也好，我的行為，自然有我的標準。”他想。
神宗說起對於劉台，自有祖宗法度，果然派文書官丘得用，口傳聖旨：“劉台這廝，讒言亂政，著打一百充軍，擬票來行。”擬旨是內閣的職務，但是交付廷杖，究竟有些困難。居正具疏論救，其結果劉台免去廷杖，隻得“除名為民”的處分。這一點，當時頗有人認為是居正的寬宏。但是居正卻堅決地否認，他說：
古之聖賢所遇之時不同，而處之之道亦異。《易？大過》曰：“棟橈。”《彖》曰：“剛過乎中。”當大過之時，為大過之事，未免有剛過之病；然不如是，不足以定傾而安國。棟橈而本末弱矣。伊、周當大過之時，為大過之事，而商、周之業賴之以存，雖剛而不失為中地。仆以一豎儒，擁十餘齡幼主，而立於天下臣民之上，威德未建，人有玩心。況自嘉、隆以來，議論滋多，國事靡定，紀綱倒植，名實混淆。自仆當事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，開眾正之路，杜群枉之門，一切以尊主庇民、振舉頹廢為務，天下始知有君也。而疾之者乃倡為異說，欲以抑損主威，搖亂朝政，故不得不重處一二人，以定國是，以一人心，蓋所謂剛過乎中，處大過之時者也。而丈乃以為失士心，誤矣。吾但欲安國家，定社稷耳，怨仇何足恤乎……仆今所處何時也？主上舉艱臣之任，付之於眇然之身，今權貴戚，奉法遵令，俯首貼耳而不敢肆，狡夷強虜，獻琛修貢，厥角稽首而惟恐後者，獨以仆攝持之耳，其出處去就，所係豈淺淺哉？彼讒人者不畏不愧，職為亂階，且其蓄意甚深，不謀甚狡，上不及主上，旁不及中貴，而獨刃於仆之身，又無所汙蔑，而獨曰“專擅、專擅”雲雲，欲以竦動幼主，陰間左右，而疑我於上耳。賴天地宗廟之靈，默啟宸衷，益堅信任。不然，天下之事，豈不為之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寢不安席，以痛恨於忌者，蓋大舜疾讒說之殄行，孔子惡利口之覆邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。離明允斷，誠理法之正，而仆所以懇懇救之者，蓋以仰答之恩，下明臣節耳，非欲為沽名之事也。（書牘八《答奉常陸五台論治體用剛》。）
同期中，居正又有上徐階書，（書牘十五《上師相徐存齋十九》。）答胡邦奇書。（書牘八《答廉憲胡公邦奇》。）他說：“顓蒙之見，果於自信，但知竭忠捐軀，可以報國，更不思身。”（《上存齋》。）他又說：“蓋仆素以至誠待人，絕不虞人之傷己。至於近日之事，則反噬出於門牆，怨敵發於知厚，又適出常理之外。”（《答胡邦奇》）經過三四年的政局，居正對於自己，充滿了自信，他認定惟有自己，才能擔當國家的大任，因此從居正看來，攻擊居正，便是攻擊國家；摧毀居正，便是摧毀國家。這是必然的邏輯。居正說：“其出處去就，所係豈淺淺哉？”自信力的擴大，已經達到驚人的地位。但是倘使把居正當國十年的政局，和萬曆十年以後直到明末的政局比較，我們不能不承認居正見地的正確。
居正對於劉台的怨憤，真是深刻萬分。救止廷杖的事，隻是政治手腕的運用，他不願意給一般人以強烈的刺激，所以劉台幸免廷杖的處分。萬曆八年，張學顏為戶部尚書，揭發劉如在遼東受賄的事實，再經過遼東巡按於應昌、江西巡撫王宗載的徹查，劉台終於得到流戍潯州的處分。嫌疑的陰影，又投射到居正身上，居正說：“古雲，‘寧人負我，無我負人’，況冤親平等，悉歸幻妾，今轉盼之間，已成陳跡矣，何足掛之懷抱乎？”（《答胡邦奇》。）說雖說得淡泊，但是事實上居正不是一個淡泊的人。孔子說過：“以直報怨。”什麼是“以直報怨”呢？《禮記？表記》又記孔子之說：“以德報德，則民有所勸；以怨報怨，則民有所懲”。“直”隻是應得的價值，因此“以怨報怨”和“以直報怨”，適成為同義的語句。也許居正認為劉台隻得到他應得的價值罷！從近代的政治風度看來，不能不算是可以惋惜的事。
劉台攻擊居正的貪汙，不是沒有根據的誣蔑。居正當國以說，曾說：“仆自當事以來，閉門卻掃，士大夫公言之外，不交一談。”（書牘五《答司馬王繼津》。）又說：“仆近來用人處事，一秉公心，謬持愚見，旁人無所關其說，士大夫公見之外，不延一客，公談之外，不交一語，即有一二親故，間一過從，不過相與道舊故、遣客懷而已，無一語及於時政。”（書牘五《答王部郎中劉公伯燮言用人毀譽。）居正對於自己的生活，不算沒有把握。在操守方麵，正因為居正對於政權的熱中，我們更不可想象他對於貸利的淡泊。在言論自由的時期，一旦貪汙有據，經人指摘，往往不但成為終身的玷辱，而且會引起政權的動搖。這是一個熱中政權的人所不願意的。然而明代腐化的空氣，已經彌漫了，腐化的勢力，侵蝕一切，籠罩一切，何況一個全權在握的首輔，更易成為腐化勢力的對象。北京隻是居正的寓所，他的家在江陵；居正可以潔身自好，但是居正有仆役，有同族，有兒子，有弟弟，還有父親。腐化的勢力，在北京找不到對象，便會找到江陵。居正也許還能管束子弟，他能管束父親嗎？尤其張文明那一副放蕩不羈的形態，更不會給一個十幾年不曾見麵的兒子以說話的機會。
明朝的政治，充滿無數腐化的因素。現代認為不應存在的事實，在當時隻是一種習慣。最痛苦的是在未經指摘的時候，盡管認為習慣，但是一經指摘以後，立刻又成為貪汙。因此從事政治生活的人，隨時隨地，都受著物質的誘惑，也就隨時隨地，會蒙到仇敵的指摘。這是政治生活的創傷。隆慶六年，湖廣巡撫、巡按提議為居正建坊。大學士建坊，在明代隻是一個尋常的事，但是建坊的工料，一切又落到湖廣民眾身上。居正極力辭免，他說：“敝郡連年水旱，民不聊生，乃又重之以工役，使萬姓慻慻，口詛祝而心谘怨，將使仆為榮乎？辱乎？”不建坊也可以，他們便準備照工料折價，送給張家，這可算是異想天開，不過居正並不覺得離奇，他隻說：
若欲給與折價，尤不敢當。家有薄田數畝，足為俯仰之資，仆又時時以其祿入，奉上老親，擊鮮為賓客費，家不患貧。而諸公所饋，銖兩皆民膏也，仆何功以堪之，何德以享之？頃已有書懇控二公，恐未見諒。願公再以鄙意固請，必望停寢，乃見真愛。若不可止，如向者麵瀆雲雲，準作廢府納價，貯庫作數，仆亦受惠多矣。仆雖無德於鄉人，而亦懼叢怨以重吾過。諸公誠愛我者，宜視其所無者而與之，奈何益其所有以滋毒於仆？恃公道誼骨肉之愛，故敢瀝竭肝膽，直露其愚。若謂仆心或欲之，而姑飾辭以沽名，則所謂穿窬之徒，不可以列於君子之林矣。（書牘四《答荊州道府辭兩院建坊》。）
我們不能認居正為“穿窬之徒”，但是我們也沒有看到堅決的拒絕。他隻是不要建坊，不要折價，而希望以建坊之費，準作廢府納價。在運用的方麵，縱使不同，但是接受隻是接受，還不是同樣的民脂民膏？廢府即遼王府，隆慶二年遼王憲被廢以後，張家據為已有，直到隆慶六年，才想起納價的事。《明史紀事本末》卷六十一和《明史》原本，稱“居正攘以為第”，指此。居正曾孫張同奎對於此事的否認（見《張文忠公全集》附錄二《上六部稟貼》。），隻是沒有根據的說話，其後《明史》根據同奎的言論，重行刪訂，便上了一次大當。
建坊不僅是建坊，坊價送到張家，立刻修建第宅，建築工人由錦衣衛軍士包辦。這個原是明代的敝風，但是在這一點，似乎居正也不覺得離奇。他說：
新構蝸居，三院會計欲有所助。諸公厚意，豈不知感，但仆本心，原不敢以一椽一瓦勞費有司，故雖督造錦衣，亦止便差用借，誠恐驚擾地方也。今堤工方興，疲民無措，公私嗷嗷，困敝至此，豈複有餘羨為仆營私第乎？仆雖無德於鄉人，實不敢貽累以賈怨。且去歲諸公所賜坊價，已即給付工匠，即有不足，以後逐年賜賚，及俸入田租，陸續湊辦。需以二三年，可得苟完矣。若諸公創行此意，則官於楚者，必慕為之，是仆營私第以開賄門，其罪愈重。萬望俯諒鄙衷，亟停前命，俾仆無惡於鄉人，無累於清議，則百朋不為重，廣廈不為安也。（書牘五《與楚中撫台辭建第助工》。）
這是萬曆元年的事。這一座第宅的規模，著實不小。居正自言：“小宅，原擬賜金構一書舍耳。不意錦衣龐君遂摹京師第宅，大事興作，費至不貲。屢屢垂念，給與頻蕃，既乖本圖，複益罪過，郝怍之衷，口不能悉。”（書牘五《與楚撫趙汝泉言嚴家範禁請托》。）第宅之中，有堂有樓，神宗賜名為純忠堂、捧日樓，又頒禦筆大字二幅，對句一聯，禦前銀一千兩。（奏疏三《謝堂樓額名並賜金流》。大字二幅：一曰社稷之臣，一曰股肱之佐；聯曰正氣萬世，休光百年。見王世貞《首輔傳》卷七。）。這次建坊、建第的計劃，發動的是湖廣巡撫汪道昆，（書牘四《答楚撫院汪南明辭建坊》。）完成的是繼任巡撫趙賢（即汝泉。），恰恰做到“官於楚者，必慕為之”的地步，“給與頻蕃”，適成為“營私第以開賄門”的注腳。以後萬曆六年，有人提議替張家創山勝；（書牘十《答棘劉小魯言止創山勝事》）。萬曆八年，提議建三詔亭；（書牘十二《答湖廣巡按朱謹吾辭建亭》。）萬曆九年，提議重行建坊表宅，（書牘十三《答鄖陽巡撫楊本庵》。）而且一切動工進行，都不待居正的同意。所以無論居正是否默認，這一個賄門，在他當國的時期，永遠沒有關上。
賄門當然不僅在此。荊州江濱的沙灘出水，荊州府落得做人情，便攛掇張家出來報領。居正自己說起：“又昨王太常言，府中有一淤洲，公欲寒家人領，極知公厚意。但利之所在，人爭欲之，擅眾所利，則怨必叢積。家有薄田數畝，可免饑寒，老親高年，子弟駑劣，誠不願廣地積財以益其過也。”（書牘六《與荊南道府二公》。）居正的話沒有說錯，但是廣地積財的事，仍是不斷地進行。居正身後，福王常洵奏乞居正所沒產，（《明史》卷一二〇《福王常洵傳》。）恰恰證實居正積產的成績。
最直接的辦法，是把賄賂一直送到江陵張家。居正書牘裏，屢次提到。（書牘六《答總憲劉紫山》、書牘七《答劉虹川總憲》、書牘九《答向台長》、《答四川總兵劉草塘》、《答吳總憲》。）最闊綽的是兩廣的長官。萬曆七年，居正曾說：“自不待罪政府以至於今，所卻兩廣諸公之饋，寧止萬金，若隻照常領納，亦可作富家翁矣。”（書牘十一《答兩廣劉凝齋論嚴取與》。）大致古來兩廣一帶，腐化的空氣，特別濃厚，所以岑參看到朋友往廣東做官，仔細吩咐他：“此鄉多寶玉，慎勿厭清貧。”（《送張子尉南海》。）明朝的腐化空氣，本來很盛，最盛的還是廣東，（見《答劉凝齋書》）吏治的腐化，當然影響到人民的生活和地方的治安。兩廣動亂最多，這是一個最大的原因。
在賄賂的進行中，也有幾次特別的趣事。一位知縣的賄賂送來，居正拒絕了，知縣認為嫌少，便設法加添。經不起再來一次拒絕，他索性借上一條玉帶，一並獻上。居正複信說：
往者別時曾以守己愛民四字相規，故屢辱厚惠，俱不敢受，蓋恐自背平日相規之言，有虧執事守己之節。而執事乃屢卻不已，愈至愈厚，豈以區區為嫌少而加益耶？至於腰間之白，尤為殊異，顧此寶物，何處得來，恐非縣令所宜有也。謹仍璧諸使者。若假之他人，可令返趙。執事從此，亦宜思所以自勵焉。（書牘七《答傅諫議》。）
這僅是小小的告誡，還不嚴重。最離奇的是一位鄖陽巡撫。他在解任以後，到處活動，聲名已經不佳，偏偏又活動到居正門上來了。這是一件笨手笨腳的事，居正怎樣提出呢？他隻有開一次玩笑，說道已經給吏部提起，但是吏部因為空氣不利，隻有極力避嫌，不敢起用。說過以後，居正更重重地教訓一頓：
仆之求士，甚於士之求己，雖越在萬裏，沈於下僚，或身蒙訾垢，眾所指嫉，其人果賢，亦皆剔滌而簡拔之，其為賢者謀也，又工於自為謀。公聞之往來之人，豈不誠然乎哉？胡乃不以賢者自處，以待仆之求，而用市道相與，饋之以厚儀，要之以必從，而又委之於私家，陷之以難卻，則不知仆亦甚矣。古人言，非其義而與之，如之壑中，誠不意公之以仆為壑也！以公夙所抱負，又當盛年，固時所當用者，此後闔門養重，靜以俟之，弓旌之召，將不求而自至。若必欲如流俗所為，舍大道而由曲徑，棄道誼而用厚賄，仆不得已，必將言揚於廷，以明己之無私，則仆既陷於薄德，而公亦永絕向用之路矣，是彼此俱損也。恃在夙昔至契，敢直露其愚，惟公亮而宥之，幸甚。（書牘七《答劉虹川總憲》。）
這次居正的地位真是尷尬，所以隻有痛快地數責。所謂“委之於私家，陷之以難卻”，也許是指送到江陵張文明的手裏，但是這隻是懸想，沒有證明。
文明是一個放浪不羈的人，居正當國以後，當然增加文明的威風。萬曆初年禦史李頤前往廣西，路過江陵，看見文明氣焰太大了，和他頂撞一下，居正便取消李頤的禦史。居正不是不曉得文明的放恣。他說過：“老父高年，素懷坦率，家人仆輩，頗聞有憑勢淩鑠鄉裏、混擾有司者，皆不能製。”（書牘五《與楚撫趙汝泉言嚴家範禁請托》。）在“子為父隱”的社會中，居正隻能這樣說，但是文明的放恣，已經顯然。參與這一切的有居正的弟弟，有他的兒子敬修，也有他的族人子弟。萬曆二年，居正說過：“敝族家人，雖頗知奉法，然小小擾混，未必盡無，銜勒鈐製，不敢一日釋也。”（書牘六《答總憲廖春泉》）這裏透露族中的情態。至於仆役的橫肆。在書牘中看到的更不隻一處。
從這許多方麵看來，劉台所稱“居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在過鄙”，又稱居正“輔政未幾，即富甲全楚”，不是沒有根據的。但是這是明代的風氣。在腐化的空氣中，居正曾經和兩廣總督劉堯誨談起：
尊示謂稽察吏治，貴清其本源，誠為要論，顧積習之弊，亦有難變者。一方之本在撫按，天下之本在政府。不□當事以來，私宅不見一客，非公事不通私書，門巷闃然，殆同僧舍，雖親戚故舊，交際常禮，一切屏絕，此四方之人所共見聞，非矯偽也。屢擬嚴旨，獎廉飭貪，欲庶幾以身帥眾，共成羔羊素絲之風，而終不可易。乃苞苴之使，未嚐絕也；鑽刺之門，未嚐謬也，雖飧荼茹堇，徒自若耳，何裨於治理耶？雖然，不謬固不敢以人之難化，而遂懈其率之之心也，早夜檢點，惟以正己格物之道，有所未盡是懼，亦望公俯同此心，堅持雅操，積誠以動之，有冥頑弗率，重懲勿貸，至於中傷毀排，則朝廷自有公論，可勿恤矣。（書牘十一《答兩廣劉凝齋論嚴取與》。）
人是畢竟不免受環境支配的。假如居正不生在腐化的空氣中，或即生在這個空氣之中，而沒有那樣的父親，也許他在“正己格物”的方麵，會有更大的成績。
居正當國以來，整頓財政，到現在已經有了相當的成就。在他整頓的時候，追比田賦積欠，每年帶征三成。納稅的百姓，看到增加三成，當然認為負擔太重。萬曆三年，居正的門生，禦史傅應禎疏稱：“小民一歲之入，僅足給一歲，無遺力以償負也。近乃定輸不及額者，按、撫聽糾，郡、縣聽調，諸臣畏譴，督促倍嚴，致流離接踵，怨谘愁歎，上徹於天。”這是一種讜論。在應禎上疏的時候，居正當然有許多不快，但是到了萬曆四年，他知道財政方麵，已經穩定，同時他也看清賦稅方麵，有改革的必要。七月居正疏稱：