問題立刻提出了，皇後當然尊為皇太後，但是皇貴妃也要稱皇太後！這個還不要緊，以往還可以對一位皇太後加上尊號，以示分別，但是現在辦不到了。居正疏稱：
仰稽我祖宗舊典，惟天順八年憲宗皇帝尊嫡母為慈懿皇太後，生母皇貴妃為皇太後，則與今日事體，正為相同，但於嫡母特加二字，而於生母止稱皇太後，則尊尊親親之別也。然今恩德之隆，既為無間，則尊崇之禮，豈宜有殊？且臣居正恭命麵諭，欲兼隆重其禮，各官仰體孝思，亦皆樂為將順。今擬兩宮尊號，於皇太後之上，各加二字，並示尊崇，庶於祖製無愆，而於聖心亦慰。（奏疏二《看祥禮部議兩宮尊號疏》。）
就這樣決定了，皇後陳氏尊稱仁聖皇太後，皇貴妃李氏尊稱茲聖皇太後，一切透露居正遷就事實的心理。居正是一個幹練的政治人才，但是他在政治方麵所受的訓練，還是世宗嘉靖年間的訓練，對於皇室，永遠是那樣誠惶誠恐，有時竟不免有些阿諛附和。萬曆元年翰林院產生白燕，居正把它和內閣所開並蒂蓮花一並進獻。神宗隨即下一道手諭：
白燕、蓮花俱進獻聖母，甚是喜悅，卻獨產翰林院中，先開於密勿之地，上天正假此以見先生為社稷祥瑞，花中君子。朕賴先生啟沃，固不敢顛縱，何德之有！（奏疏三《謝宸翰疏》。）
《明史？餘懋學傳》（《明史》卷二三五。）稱居正進《白燕頌》、《白蓮頌》。《白蓮頌》不可考，《白燕頌》大致即是《白燕曲》：
白燕飛，兩兩玉交輝，生商傳帝命，送喜傍慈闈。有時紅藥階前過，帶得清香拂繡幃。（詩四《白燕曲》四首之一。）
這是一篇貢諛慈聖太後的詩句。詩集中如《恭頌母德詩》：
猗歟我聖母，世德宜重光，
扶天致升平，毓聖纂靈昌，
履盛彌勤恪，秉禮日矜莊。
內庭政無嘩，外家恩有常，
明達信如此，馬鄧豈足望？
（詩一。）
如《皇上祝聖母詩》：
女中頌德稱堯舜，膝下承歡有帝王。（詩四。）
文集中如《神母授圖萬年永賴頌》（文集二。）、《聖母圖讚》（文集二。）都是同樣的作品。居正受的訓練太久了，他自己無法擺脫這個形態，然而也正憑這種訓練，博得慈聖太後的好感。
馮保是司禮掌印太監，在內廷他隻是一個奴才，但是正因為掌握章奏的大權，他也成為居正的主人。馮保的大權，全靠慈聖太後，所以居正更不能不結好太後，借此減輕馮保的壓迫。李太後要做功德，建涿州二橋，馮保主持，居正便有一篇《敕建涿州二橋碑文》；李太後建承恩寺、海會寺、樂嶽廟、慈壽寺、萬壽寺，又是馮保主持，居正又是每一處來一篇碑文。（皆見文集四。）他甚至說：“臣以是益信佛氏之教，有以陰翊皇度，而我聖母慈光所燭，無遠弗被，其功德廣大，雖盡恒河沙數，不足以喻其萬分也。”（文集四《敕建五台山大寶塔寺記》。）
居正不是不曉得這是胡誑，但是他隻有胡誑。隆慶初年，江西龍虎山張真人的道號革去了；萬曆五年張國祥入京，透過馮保，走通李太後的路線，複封張真人，居正無可如何，隻說：“張真人事，委為過舉，初時發自慈闈，未敢驟諫。”。
居正對李太後是將順，對馮保是敷衍。正因為在太後方麵，居正也得到信任，所以在居正當國的十年之中，內閣和司禮監沒有任何的衝突。馮保不是一個安分守己的人，他在北郊郊祭的時候，甚至傳呼直人，北麵拈香。（見《明史》卷二一〇《鄒應龍傳》。）在當時委實有些駭人聽聞，但是居正不管，他隻要馮保不幹政，就滿足了；他曾說：
主上雖在衝年，天挺睿哲，宮府之事，無大無小，鹹虛己而屬之於仆，中貴人無敢以一毫幹預，此公在北時所親見也。仆雖不肖，而入養君德，出理庶務，鹹獨秉虛公以運之，中貴人無敢有一毫阻撓，此亦公在北時所親見也。（書牘六《與南台長言中貴不幹外政》。）
在大體上把握住了，居正在其他方麵都可以遷就。馮保引用錦衣指揮同知徐爵入宮，代閱章奏，擬詔旨；居正吩咐仆人遊七和徐爵結為兄弟，以資聯絡。徐爵、遊七，後來都成為炙手可熱的人物。馮保要在故鄉深州建坊，居正甚至吩咐保定巡撫孫丕揚代建。馮保自建生壙，居正便有一篇《馮公壽藏記》，稱為仁智忠遠。在記中他又說：
語曰：“人貌榮名，豈有既乎？”今以公建立，視古巷伯之倫何讓焉？誠由此永肩一心，始終弗替，雖與霄壤俱存可也，又奚俟於壽藏而後永乎？（文集九《司禮監太監馮公壽藏記》。）
這裏在推許以外，便有一層期望。他期望馮保繼續努力，永保令名。居正身後，他的兒子懋修收集居正遺著的時候說起：
懋修謹案先父之與馮司禮處也，亦官府相關，不得不然，謝世之後，言者用為罪端。今觀其於豫藏文，勉以令名，固非阿私賄結者……可見先父當主少之時，於左右侍近，其調處之術，可謂深矣。不然，以先父之嚴毅，使左右不服其調處，亦將奈之何哉！苦心國事者，自當有推諒其衷者矣。
居正當國的時候，他要應付三個重要的人物——李太後、馮保、神宗。從表麵看，當然是十歲的神宗，最容易應付了，但是事實上這是最大的困難。居正身後發生種種的波折，完全因為這一方麵的失敗。
神宗這時隻有十歲，無論高拱當時在內閣裏怎樣說的，“十歲太子”畢竟隻是“十歲孩子”。但是神宗年齡雖小，已經開始明了政治；他知道他是主人，然而他也知道在他沒有支配實際政治的時候，他還得受人支配，甚至對於他的支配者，還得博取應有的好感。在當國的十年之中，居正是首輔，是獨裁者，是皇帝的師傅，實際上他是神宗的支配者；神宗當然時時感到博取居正的好感的必要，但是同時他也知道他是居正的主人。他對於自己的地位，正感到一種不平，他甚至要希圖報複；所以他對於居正的好感，因為自卑心理的缺陷，日後突變為對於居正的惡感。居正是一個精明不過的人，但是正因為神宗年紀太小，一切都被瞞過了。假如曆史的重演可信，我們不妨說居正和明神宗的關係，很有一些與霍光和漢宣帝的關係類似，但是正因為重演不會是完全的重演，所以還有許許多多的不同。
穆宗和他的父親世宗全不一樣，但是神宗和他的祖父便有許多類似的地方。這是所謂“隔代遺傳”。世宗十六歲即位，享國四十五年，神宗十歲即位，享國四十八年；世宗是一個全權的統治者，神宗親政以後，也是如此；世宗自嘉靖二十年以後，不親朝政，神宗中年以後，也是怠於國政。在這些方麵，神宗正和他的祖父一樣；然而他也是李太後的兒子。他從母親那裏所得的是謹慎小心，是膽怯，是恭順，但是在政權到手的時候，他便知道怎樣運用。他一步不肯退讓，甚至因為滿足自己的欲望，他可以打破慣例，給對方以不必要的難堪。母親不是曾領導自已，在清晨的甬道上，走到嫡母皇後那裏去請安嗎？但是現在母親和嫡母還不是同樣的皇太後？這小小的心靈，正在遺傳的本能以外，又加上一些習得的經驗。
李太後對於神宗，正是一個最能幹、最負責任的母親。穆宗逝世以後，皇上所住的乾清宮，照理隻能由皇帝住了。仁聖太後本來是住在別宮的，現在退居慈慶宮；但是慈聖太後因為神宗年幼的關係，仍舊陪著兒子住在乾清宮，直到神宗大婚為止。平時她督責兒子讀書，在書沒有讀熟的時候，便罰在地下長跪。皇帝跪在地下，還像什麼皇帝，但是這是太後的懿旨，所以他還是跪下了。在講官們講書以後，神宗回到宮中，李太後又得下令複講。三、六、九這幾天，是早朝的日期，天亮還遠得很呢？一聽到五更柝、柝的聲音，李太後自己來了，把十歲的孩子，從睡夢朦朧中喊起，宮娥給洗過臉以後，便得趕緊坐上肩輿上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，“誰敢違背母親的意旨呢”？
居正在神宗即位以後，隨即請禦日講，他和呂調陽疏稱：
臣等謬以菲陋，職叨輔弼，伏思培養君德，開導聖學，乃當今第一要務。臣居正又親受先帝顧托，追惟憑幾之言，亦以講學親賢為囑，用敢冒昧上請。今一應大典禮，俱已次第修舉，時值秋涼，簡編可親。（奏疏二《乞崇聖學以隆聖治疏》。）
明代皇帝的教育，一種是經筵，一種是日講。經筵是最隆重的，每月逢二的日期舉行。照例盛暑和嚴寒的時候都停止經筵，用現代術語，就是放寒假、暑假。舉行經筵的時候，勳臣、大學士、六部尚書、都禦史、翰林學士等都要到齊，由翰林院春坊等官及國子監祭酒進講經史。一切的典禮很隆重，不過皇帝不禦經筵，自動放假的事，不是沒有。但是神宗的最初十年，談不到自動放假。由萬曆元年規定以後，每年春講以二月十二日起，至五月初二日止；秋講八月十二起，至十月初二日止，不必題請。簡單說，就是上學期九講，下學期九講，都有固定的日期。
神宗的經筵，雖自萬曆元年二月起，但是隆慶六年八月間，日講就開始了。日講在文華殿舉行，不用侍衛、侍儀、執事等官，隻用講讀官、內閣學士侍班。開始日講的功課，居正給神宗規定如次：
一、伏睹皇上在東宮講讀，《大學》至傳之五章，《尚書》至《堯典》之終篇。今各於每日接續講續，先讀《大學》十遍，次讀《尚書》十遍，講官各隨即進講畢，各退。
一、講讀畢，皇上進暖閣少憩，司禮監將各衙門章奏，進上禦覽，臣等退在西廂房伺候。皇上若有所諮問，乞即召臣等至禦前，將本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日開，國家政務，久之自然練熟。
一、覽本後，臣等率領正字官赤侍皇上，進字畢。若皇上不欲再進，暖閣少憩，臣等仍退至西廂房伺候。若皇上不進暖閣，臣等即率講官再進午講。（按正字官“掌繕寫、裝潢、詮其訛謬而調其音切”，見萬曆本《明會典》卷五十二。）
一、近午初時，進講《通鑒節要》，講官務將前代興亡事實，直解明白，講畢各退，皇上還宮一、每日各官講讀畢，或聖心於書義有疑，乞即下問，臣等再用俗說講解，務求明白。
一、每月三、六、九，視朝之日，暫免講讀。仍望皇上於官中有暇，將講讀過經書，從容溫飛。或看字體法帖，隨意寫字一幅，不拘多少，工夫不致間斷。
一、每日定以日出時，請皇上早膳畢，出禦講讀；午膳畢，還宮。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不輟講讀。本日若遇風雨，傳旨暫免。（奏疏二《擬日講儀注疏》。）
這是神宗的課程表。後來《通鑒節要》講完，續講《貞觀政要》。
神宗這時還不足十歲，但是居然擔負這樣繁重的課程。他對於張居正，真是十分親近和尊崇。在這一年，居正曾經屢次說到神宗和自己的關係：
所幸主上年雖幼衝，聰睿異常，又純心見任，既專且篤，即成王之於周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似覺穆清，自今而往，惟當益積悃誠，恒存兢業，恪循軌轍，按轡徐行耳。（書牘四《答兩廣殷石汀》。）
幸主上雖在衝年，已具大有為之度，近又日禦便殿講讀，因而商榷政事，從容造膝，動息必谘，仆亦得以罄竭忠悃，知無不言，言無不信。（書牘四《與王鑒川言虜王貢市》。）
近來朝政愈覺清泰，宮闈之內，藹然如春，肅然如冬。主上銳意學問，隆寒不輟，造膝諮訪，史不殫書。（書牘四《與河道萬巡撫論河漕兼及時政》。）
隆慶六年十二月，居正進《曆代帝鑒圖說》，自稱：
謹自堯舜以來，有天下之君，撮其善可為法者八十一事，惡可為戒者三十六事……每一事前，各繪為一圖，後錄傳記本文，而為之直解，附於其後，分為二冊，以辨淑慝。（奏疏三《進帝鑒圖說疏》。）
這是一種繪圖立說的故事書，對於不滿十歲的皇帝，不能不認為富有教育意義的著作。神宗在文華殿看到居正捧著這兩冊故事書，快活得站起來，忙教左右把《圖說》揭開，居正從旁指點講解。一次講到漢文帝勞軍細柳的故事，居正說：“皇上應當留意武備。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武備日弛，不可不及早講求。”神宗聽到，隻是一連地稱“是”。居正把自己整飭武備、抵禦外侮的主張，完全提出。
還有一次關於居正進講的事實，在萬曆四年二月二十九日。這一年神宗十四歲。神宗早些時在習字的時候，進講官寫好太祖的《大寶箴》作為影格，居正看見便說：“這一篇文章和君德治道，都很關切。皇上不僅是摹寫，還要能背誦；不僅是背誦，還要能講解。”
隨後居正進《大寶箴注解》一篇。二十九日神宗在文華殿，召居正到禦座麵前，自己站起來，高高地舉起《大寶箴》交給居正。居正站著，神宗把全文高聲背誦一遍。背誦以後，居正再行講解，關於《大寶箴》引用的故事，神宗全明白。最後講到“縱心乎湛然之域”一句，“這不過說人應當虛心處事，”神宗說。
居正拱起兩手稱賀說：“正是虛心兩字，可以解釋這一條的意義。人心所以不虛的原故，全是因為私意的混雜。水是最清的，混了泥沙以後，水便不清；鏡是最明的，蒙上灰塵以後，鏡便不明。皇上隻要涵養此心，除去私欲，和明鏡、止水一樣，自然好惡刑賞，無不公平，萬事都辦好了。”（奏疏十一《送起居館講〈大寶箴〉記事》。）
居正對於神宗，正和一位尊嚴的小學教師一樣，利用一切的機會，要把自己的學生，領上理想的境界。他看到小學生正在一步步地跟著自己邁進，心裏感覺到無限的喜悅。然而他忘去學生隻是一個人，是人便有人的無限的光精，同樣也有人的必然的缺陷。何況神宗是世宗的孫子，穆宗和李太後的兒子，在他的血管裏，正動蕩著倨傲、頹廢，和那委曲遷就，伺機圖逞的血液！
神宗在講官們的教導中，逐日成長了，但是小學教師的眼光裏，隻看到一個馴服聽話的學生。一次神宗朗誦論語的時候，失於檢點地竟把“色勃如也”讀作“色背如也。”在旁站著的居正厲聲說：“應當讀作‘勃’字。”這一下神宗真有些“勃如”，但是居正沒有看到。
性質倔強的人，遇到壓迫的時候，常會感到非常的煩悶，成人如此，小孩子也如此。有時小孩子受到父母和師長的壓迫以後，便對弟妹發作一番；再不然，看到小狗、小貓，也得踢一腳，這是方向的轉移，發作還是發作。神宗對於居正，真是恭敬到萬分，慈聖太後要他這樣，他能不恭敬嗎？還有司禮監馮保呢！這是管理宮內一切事務的人，慈聖太後都聽他的話，自己更得聽話了，神宗稱他“大伴”，連名字都不便提，正和隻稱居正為“先生”一樣。小小的心靈，對於“大伴”已是非常地悚敬，何況在文華殿的時候，連“大伴”也肅然地站在那裏，自已能不用心聽話嗎？居正講到國家大事，“大伴”又那樣耳提麵命地道：“先生‘是先帝托孤的忠臣，’先生說的話，皇上要得仔細聽啊！”於是居正麵上，又蒙上一重特有的莊嚴，神宗馴服得和小羊一樣。
但是神宗常時感到異常的煩悶。十歲的時候，慈慶宮後房毀了，禦史胡□疏請放歸後宮宮人，內稱“唐高不君，則天為虐”。神宗大怒，要他明白回奏，經過居正再三解釋，胡卿還得到斥逐為民，永不敘用的處分。十二歲的時候，內監張進醉酒放肆，言官交章彈劾，神宗勃然大怒，認為言臣幹涉宮內瑣事，完全是欺蔑皇上（書牘六《與南台長》）。十四歲的時候，看到奏疏中提到江洋大盜“縛王劫印”一句，神宗震怒非常，認為撫按處罰太輕。居正說：“蓋主上恒以衝年，惡人之欺己，故以失事為可，而以隱匿為深罪也。”（書牘八《答操江王少方》。）居正看到神宗因為自己年幼，常時痛恨諸人之相欺，但是居正沒有料到這和萬曆十年以後，神宗痛恨居正，是有同樣的心理根據。
經過隆慶六年的政變，居正所得的是國家的重任，同時他還得應付慈聖太後、馮保和神宗——這三位不能輕易應付的主人。