1904年6月28日，秋瑾與服部繁子結伴，離京到塘沽，登上一艘由日本人租借的德國客輪“獨立號”，渡海赴日。
六月的大海顯得異常平靜，碧色的天印在大海上深沉的海水不斷地把一圈圈白色的浪濤推向沙灘，似乎正在不懈地搖撼那沉睡在大洋西岸的靈魂。
秋瑾站在銀灰的甲板上，任憑海風卷起她蓬鬆的頭發。現在，她渾身為之一輕，終於脫離開那令人厭惡的家，可以去追求自己的理想了。想著船尾那邊正在受苦受難的姐妹同胞，她又感到自己責任重大，遠涉重洋，要能找到濟世之“良方”，也算不枉此行。想到此處，秋瑾思緒萬千，渾身激亢澎湃，她對海臨風，寫下一首抒懷詩，來記敘這段路程。
其詩曰：
登天騎白龍，走山跨猛虎。叱吒風雲生，精神四飛舞。大人處世當與神物遊，顧彼豚犬諸兒安足伍！不見項羽酣呼钜鹿戰，劉秀雷震昆陽鼓，年約二十餘，而能興漢楚；與人莫敢當，萬世欽英武。愧我年廿七，於世尚無補。空負時局狀，無策驅胡虜。所幸在風塵，誌氣終不腐。每聞鼓鼙聲，心思輒震怒，其奈勢力孤，群材不為助？因之泛東海，冀得壯士輔。
輪船經過朝鮮仁川、釜山，於5月2日抵達日本神戶，在此登陸後，秋瑾與服部繁子轉乘火車。
日本在經過1868年明治維新之後，到本世紀初已然成為亞洲的強國。甲午戰爭，使羽翼漸豐的日本人嚐到了甜頭，它利用朝鮮和中國的賠款，迅速發展資本主義工業。這種技術的發展使日本國內階級日益出現分化，勞動階層的反抗情緒也日趨明顯，到1904年，工人運動開始出現。從前流行過的資產階級理論已然不能給民眾以興趣，明治維新後對教育的高度重視，使日本國內各種學說開始競相爭豔，盡管這些東西在日本正逐漸衰落，但對於剛脫離封建籠檻的中國留學生來說，卻還有著強大的吸引力。
在1904年，東京留學的中國留學生有1300餘人，他們當中有一部分隻不過為了鍍金。國內科舉的廢除，使其難以直接進入封建官僚之列，這樣，留洋成為他們升官發財一條新的終南捷徑。但大部分的留學生仍是為著探求強國富民的誌向來日本的。他們“一到日本，乞求尋找的大抵是新知識，除學習日文，準備進專門的學校之外，就赴會館、跑書店、往集會、聽演講”。他們在新的資產階級革命學說影響下，耳濡目染日本的繁榮，於是反清排滿、建立民主共和國的願望也越加強烈起來。在這些留學生中，中國資產階級革命活動風起雲湧，早在1895年《馬關條約》簽訂不久，孫中山就在日本華僑中組織了興中會，宣傳革命。1902年，章太炎在東京發起“支那之國二百四十二年紀念會”，1903年元旦，在各省留日學生團拜會上，馬君武、鄒容等人當場演說反滿革命主張，並駁斥了清朝宗室長福為清朝統治辯護的謬論。四月底，又組織“拒俄義勇隊”，以反抗在我東三省的日俄戰爭，於此同時，宣傳革命的刊物也在留學生中如雨後春筍般出現：如《湖南學生界》、《江蘇》、《浙江潮》、《遊學譯編》等等。至於鄒容的《革命軍》陳天華的《猛回頭》、《警世鍾》更是廣為流傳。他們以激越的感情，揭露帝國主義與清朝反動統治者壓迫、剝削中國民眾的罪惡，為革命大聲疾呼，氣勢磅礴。
五月初，秋瑾到達日本東京，正式開始了她的留學生涯。
按照當時的通例，秋瑾首先被安排到中國留學生會館的“日語講習所”學習日語。中國留學生會館設在神田區駿河台鈴木町十八番地，是一座二層樓的建築，樓下是接待室、會議室和辦公室，樓上是教室，剛到日本的留學生都必須先在此學習，它是中國留學生的總機關。而且，這裏也是留日學生書刊翻譯、出版的總部。這樣，神田區也就成為中國留學生的活動中心。除了留學生會館，這裏還有各省同鄉會、各種學會以及圖書發行所，甚至有專以中國留學生為對象而開設的書店。
在這裏，秋瑾很快就認識了很多革命誌士，像浙江的陶成章，湖南的宋教仁、王時譯，以及廣東的何香凝、馮自由等等。秋瑾除了每日上課外，還積極奔走於各種會館之間，去聽取各種革命學說。無論浙江的同鄉會集會，還是湖南的同鄉會集會，她都要前往，每每“摳衣登壇，多所陳說。其詞悲感激切，蕩人心魂，人之聞者，未嚐不泣數行下，而襟袖為之漬也。”浙江留學生胡道南與之談論排滿革命及男女平權問題，彼此意見不合，秋瑾當麵痛斥其為“死人”。到日本不久，秋瑾買了一把精致的倭刀，一則練劍強身，二則用來防身，並且正式使用“鑒湖女俠”的字號，正如她的一首《鷓鶘天》所言：
祖國沉淪感不禁，閑來海外覓知音。
金甌已缺總須補，為國犧牲敢惜身。
嗟險阻，歎飄零，關山萬裏作雄行。
休言女子非英物，夜夜龍泉壁上鳴。
這樣不久，秋瑾便成為中國留學生中人人皆曉的人物。
八月的東京，天氣依然十分炎熱。因為還不能進專科學校，所以秋瑾一直悶在會館裏。午後，她照舊趴在桌上翻譯一本書，這是一個愛國婦女團體“共愛會”約她翻譯的，叫《看護學教程》，準備將來作為教材用的。
這時，屋外響起一陣輕輕的叩門聲，秋瑾迎出去一看，原來是“共愛會”的會員，叫陳擷芬的，現在她正負責“共愛會”的工作。
“擷芬，快來快來，”秋瑾一見是她，忙招呼坐下，問：“你是來看那本書的吧？”
“噢，不，不。”陳擷芬有些忙亂，臉色顯得很蒼白。
秋瑾看出她神情有些異樣，問：“出什麼事了？”
頓了一會兒，陳擷芬說：“璿卿，我，我可能不久就要回國了。”
“為什麼？現在這麼忙，‘共愛會’正等著改組，你怎麼能走呢？”秋瑾十分驚詫。
“璿卿，你說，你說我到底該怎麼辦呢？”陳擷芬突然落下淚來，哽咽道。
秋瑾感到有些莫名其妙，“究竟出了什麼事？你慢慢說給我，我們一起想辦法。”
原來，陳擷芬的父親陳範，原是上海《蘇報》的編輯，是一個舊式封建文人。因為與“蘇報案”有關，全家逃到日本，但他卻把女兒許配給了廣東的一個富商廖翼明為妾。這使陳擷芬對父親大為不滿。這幾日，廖家要求盡快娶親，陳範便逼著女兒即刻回國。
聽到此處，秋瑾不禁拍案而起，“竟有這等迂腐的父親。擷芬，你不必著急，我們和女同學商量一下，一起來解決這個問題。”
當天晚上，秋瑾召集所有留日女學生開會，向大家訴說此事。大家一致認為，要是擷芬出嫁為妾，那將是全體留學生的恥辱：難道在日本的書都白讀了，還要遵守那老一套陳腐規矩。
第二天，秋瑾跑到陳範麵前，指責他的行為。陳範說道：“此乃父母之命，豈可更改。”秋瑾頓時反駁：“你逼女作妾，就是亂命，事關全體留日女學生的名譽，非取消不可。”在全體留日女同學的反對下，陳範最終不得不取消女兒的婚事。
之後，秋瑾與陳擷芬一起，把“共愛公”改組為“實行共愛會”，進行婦女解放活動的宣傳。她們提出“反抗清廷，恢複中原”的口號，並紛紛表示，萬一戰爭爆發，婦女就應像日本赤十字會那樣，進行救護傷員的工作。“實行共愛會”成為中國近代最早的一個婦女革命組織。
為了增加宣傳革命之效果，秋瑾積極參加了“演說練習會”，提倡用演說作為革命和革命鬥爭的一種武器。而且，她寫了一篇《演說的好處》，認為演說可以使無錢訂報或不識字的人也了解革命、愛國的道理，使他們加入到鬥爭行列中來，她不僅到處熱情洋溢地提倡演說，而且研究改進演說的技巧。“演說練習會”的十三條規定中，有一條特別值得重視，這條規定：“中國語言各處不同，故演說者雖滔滔不絕，而聽者竟有充耳不聞，會中當附屬一普通話研究會，凡演說者皆用普通話，研究此普通話，公舉會中善於普通話者擔任之。”盡管秋瑾說話有濃重浙江口音，但她卻積極提倡普通話，鼓吹演說。
與之同時，秋瑾積極參與《白話》雜誌的創辦。這個雜誌由“演說練習會”編輯發行，於1904年中秋節創刊。它“依歐美新聞紙之例，以俚俗語為文……以為婦人孺子之先導”。當時中國一般還用文言文，為了使下層群眾能看懂，《白話》報提倡全用白話作文，一律刊載白話文。《白話》報中充滿了反滿詞句，諸如“揚州城破，十萬等人俱被滿州軍慘殺了”，“我們除去這騷靶子，省得作雙料奴隸”之類言論，比比皆是，秋瑾的《演說的好處》就發表在《白話》第一期上。以後她又接連在其上發表《敬告中國二萬萬女同胞》、《警告我同胞》等文章。
中秋節剛過不久的一個上午，一個人興衝衝拿著張報紙闖進秋瑾的寓所，此人叫作劉道一，是“演說練習會”中很有名氣的“演說家”，他一進門便快人快語：“秋女士，讀了你寫的文章，真是痛快，我平生還未見過有如此手筆之女子。你把那些清廷達吏之醜態，真寫到入木三分了啊。”說著，便舉起報紙，念了起來。
“這種最上等的人，腐敗不堪，今日迎官，明日拜官，遇著有勢力的，又要去拍馬屁；接著了有銀錢的，又要去燒財神，吃花酒，逛窯子，揣上意，望升官……”
劉道一還要往下念，秋瑾笑著攔住他：“行了，行了。道一，我最近又寫了篇文章，主張注重軍事，你看人家日本，把軍人看得那麼重要，所以士兵才不怕死，才能戰勝俄國佬。而我們中國，兵是兵，民是民。要是我們也尊敬軍人，要有許多勇敢善戰的新軍，那國家不怕不強大，洋人也不怕打不敗。將來推翻滿清的鬥爭，恐怕也要有不怕死的英雄好漢支撐，才會成功。”
“是啊，我也這麼想，要有機會，一定要拿起刀槍，和那些賣國賊拚個死活，即使戰死沙場，也算不枉此生啊！”說到這裏，劉道一的神情一下子嚴肅起來。
秋瑾望著這個比自己小好幾歲的年輕人，深深點了點頭。她忽然想起一件事，說道：“你知道馮自由嗎？”
“聽說過，他是廣東人，據說和孫中山先生關係密切，熱心革命。”劉道一說。
“是這樣。今年春天他在橫濱組織了一個洪門天地會，是個反清秘密組織，現在，他正用這個名義結交革命同誌，你願意參加嗎？”
“願意，可是我怎麼同他聯係呢？”
“我認識馮自由的妻子，她邀我入會，我想在東京多找些人，一起去入會。”
“那可太好了，我這就去找別的人去。”劉道一說著便迫不及待地往外走了。秋瑾看著他的背影，不覺笑了起來。
幾天以後，秋瑾、劉道一、王時譯一行十多個人，乘車從東京南下，在橫濱與馮自由會麵。這天晚上，他們悄悄來到橫濱市內南京街的一個廣東商店，在庭院後麵的屋子裏，舉行入會儀式。首先馮自由交待了宣誓的內容和方法，接著大家便逐一進行宣誓：
由某人拿出一把明晃晃的鋼刀，依次架到參與者脖子上，問：“你來做什麼？”
“我來當兵吃糧！”到秋瑾時她斬釘截鐵這樣回答道。
“你忠心不忠心？”
“忠心。”
“如果不忠怎麼辦？”
“上山逢虎咬，出外遇強人。”
等所有人都宣誓完了以後，馮自由拿出一塊白布，與另一個人各牽一頭，把它打開。這塊六七尺長的白布上寫著“翻清複明”四個字，馮自由示意眾人俯下身子，依次從白布下麵穿過。然後他又在屋裏點起一堆火，讓每個人從火上跳過去。這是為強調宣誓者赴湯蹈火、忠心耿耿的意思。最後，又殺了一隻公雞，把雞血倒在酒碗裏，大家共飲雞血酒。馮自由這才笑著開口道：“你們現在都是進入‘洪門’的人了，洪門天地會又叫‘三合會’，即合天、合地、合人的意思，會裏對弟兄之間的見麵、問話、答話、交往都有規定。我們還要有三個負責人。分別為洪棍、紙扇、草鞋。洪棍（掌門人）由我任職，負責各地三合會組織，在東京那麵，紙扇（軍師）一職，我看秋女士擔任最合適，她熱心革命，交遊廣泛，有利發展會員。劉道一年輕有為又精明果敢，就擔任草鞋（將軍）一職吧。”