隨著市場經濟的發育，黨、國家、社會三位一體的形態解體後，執政黨需要重新定位。十三大報告關於“黨的領導是政治領導”的概括，具有相當的前瞻性，直到今天我們也還沒有超出當時的認識水平。事實上，十三大報告關於以“黨政分開”作為政治體製改革突破口的路徑並沒有走通，但是執政黨重新定位的概括成為以後政治體製改革的重要指導思想。十三大的這個概括是全黨智慧的結晶，不僅是關涉黨政關係問題，對於調整和重塑執政黨與社會的關係同樣具有重要指導意義。
1989年政治風波以及隨之而來的蘇聯東歐執政黨的垮台，對於中國改革開放，尤其是政治體製改革的路徑選擇有重大的影響。1989年後，黨的領導地位和作用得到了強化，執政黨權威流失的現象得到扼製，政治體製改革的方向被重新定位。漸進式改革逐漸成為中國各界的共識，“改革和完善黨的領導方式和執政方式必須有計劃有步驟有秩序地進行。”黨的十四大關於政治體製改革的任務表述為“進一步完善人民代表大會製度，進一步完善中國共產黨領導下的政治協商製度，完善科學決策機製，完善基層民主製度。”政治體製改革的新任務，並沒有延續十三大確定的以“黨政分開”為突破口路徑，而是“從著重解決原有體製的‘總病根’——權力過分集中的‘攻堅戰’，轉移到完善那些本來就比較好的原有體製（如人民代表大會製度和政治協商製度等）上來了。”有人認為這個期間的政治體製改革，由“攻堅戰”變成了“外圍戰”，這並不符合事實。曆史的偶然性中常常潛藏著必然性。中國共產黨與西方政黨的功能和作用有重大的區別，長期以來黨以國家權力承擔者而存在的，事實上黨就是國家機構，而且是第一級的國家機構。在政府權力係統發育不良的情況下，過早強調“黨政分開”，事實上會削弱國家（黨）權力，這對轉型國家無異於災難。事實上，89年政治風波與不適當地削弱黨的領導有關。所以，1989年後政治體製改革選擇新的方向，並不是“外圍戰”，恰恰是符合中國國情的。中國傳統政治體製權力過於集中的“總病根”，不是簡單地通過“黨政分開”就能解決的,“黨政關係不僅對中國共產黨來說是一個難題，而且對所有執政的共產黨來說，都是一個難題。”蘇聯東歐的共產黨在這一問題上的急躁不僅給自身造成了重大損失，給國家、人民和社會也造成了巨大的損失。更為穩妥也是更為根本的途徑是，在民主和法製的原則下規範執政黨的權力運作。政治體製改革的措施不能使執政黨的權威流失，而要有利於維護和增強執政黨的權威。當然，在規範執政黨的權力運作方麵，實質性的部署是十五大、十六大做出的；但是關於政治體製改革新方向的政治共識卻是在1989年到十五大期間形成的。1989年至今20年來的政治穩定，與這種新政治共識有很大的關聯。
政治體製改革方向重新定位，對政黨與社會關係轉型有重大意義。“政黨主宰”社會的舊體製退出的趨勢是不可逆轉的，但是舊體製退出並不意味著政黨要退出，而是要尋求新的功能定位。試以國有企業改革為例。《黨章》規定“國有企業和集體企業中黨的基層組織，發揮政治核心作用，圍繞企業生產經營開展工作。保證監督黨和國家的方針、政策在本企業的貫徹執行；支持股東會、董事會、監事會和經理(廠長)依法行使職權；全心全意依靠職工群眾，支持職工代表大會開展工作；參與企業重大問題的決策；加強黨組織的自身建設，領導思想政治工作、精神文明建設和工會、共青團等群眾組織。”《企業法》和《公司法》都對企業黨組織的設置與功能出了相應的規定。為了更好的履行企業黨組織新的功能定位，黨組織負責人與行政負責人實行交叉兼職，或稱為“雙向進入”。新功能的“保證監督”作用，從法理上講，應該是企業所有者即出資人的權力，應該由相應的國家行政機構而不是黨的機構來行使。但是在轉型過程中，國家監督機製還不健全的特定曆史條件下，由政黨來代行國家行政機構的權力是現實的選擇，以防止“內部人控製”，防止經營者侵害國家和職工的權益。中國國有企業改革過程中，沒有出現俄羅斯尤科斯集團那樣少數人暴富的情況，與黨組織的“監督保證”作用是分不開的。在廣大農村地區實行村民自治的過程中，《村民委員會組織法》規定，“中國共產黨在農村的基層組織，按照中國共產黨章程進行工作，發揮領導核心作用”。村委會是具有行政色彩的村民自治組織，在沒有自治傳統以及國家村民自治相關法律還不健全的情況下，村民自治隻能是“有指導的自治”，而這種指導的主體隻能是權威性較高的黨組織。這正是中國城市化過程中鄉村社會保持穩定，沒有出現大的社會衝突的重要原因。
從企業和農村的情況看，一種新型的政黨與社會關係模式正在孕育當中。“政黨主宰”的舊體製回不去，黨對社會的領導作用又要加強，這是新模式孕育的邊界條件。這十年，總的來說黨對社會的領導作用得到了強化，但是這種強化更多的是通過行政手段來達成的。這當然在一定時期是必要的，但是從長遠來看，需要的是製度創新，建立一種與社會主義市場經濟體製相適應的政黨與社會關係模式。
三、新體製製度創新階段（1997-2007年，即黨的十五大至十七大）
黨的十五大到十七大期間的十年，中國政治體製改革進入了製度創新的階段。二十年政治改革的實踐，使人們逐漸超越了“黨政分開”還是“黨政合一”的傳統思路，將政治體製改革聚焦到改善和加強執政黨建設上來。江澤民在黨的十六大報告指出，“中國共產黨已經從領導人民奪取全國政權而奮鬥的黨，成為領導人民掌握全國政權並長期執政的黨；已經從受外部封鎖和實行計劃經濟條件下領導國家建設的黨，成為對外開放和發展社會主義市場經濟條件下領導國家建設的黨。”“革命黨”向“執政黨”轉型思想的提出，反映了中國共產黨執政水平的一次飛躍。在加強執政黨建設的政治共識下，政治體製改革的路徑由“黨政分開”調整為規範執政黨的權力運作。改革不能削弱執政黨的權力，而是將執政黨的權力納入民主法製的軌道。“加強和改善黨的領導關鍵在於變革黨的領導方式，變革領導方式的基礎是政治權力的重新配置，根本性調整是依法治國方略的確立，主導方向是強化黨的執政能力。”
經過二十多年的改革開放，中國的社會形態發生了重大的變化。傳統的國家、政黨、社會三位一體的“單位”社會已經基本解體。廣大農民回到家庭為基本生產生活單位的形態當中。城市國有企業股份製改造已經基本完成，企業對國家的依賴和職工對企業的依賴大大削弱，個體私營機構迅速發展，從吸收就業的人數方麵已經超過國有機構。社會利益多元分化，形成了比較穩定的新社會群體和社會階層，反映多元利益訴求的民間組織大量湧現。能否適應變化了的情勢，在多元的背景下重新整合社會，這是擺在執政黨麵前的巨大挑戰。十五大以來，執政黨在尋求整合社會的新機製和手段方麵，取得了一係列重大的突破性成果，“政黨領導”的政黨與社會關係新模式已經初具雛形。