五天以後，胡適在日記中明確指出：“此次東南大學換校長的問題，由國民黨人作主力，也是他們的包辦大學教育的計劃的一部分。”看來，東大“易長風波”表麵由北洋政府引起，實際卻是國民黨在蘇俄指導下企圖控製大學的一個舉措。
二月一日，東南大學校董會召開會議，不承認教育部的“易長”之令，並請郭秉文繼續留任。為了避免麻煩，他們希望郭校長先去美國考察，校內事務可由校董會組織的臨時委員會負責。
這時候，由教育部選定的新校長胡敦複也明確表示不願接受這一任命。胡敦複早年留學美國，是康奈爾大學理學學士。他一九〇九年應招回國，供職於清華學堂遊美學務處。在此期間，他招收大批優秀人才赴美留學，其中有梅貽琦、胡適、趙元任、竺可楨、胡剛複、胡明複、薑立夫等人。隨後，他擔任清華學堂教務長，與郭秉文的資曆、聲望比較接近。
二月五日，任鴻雋再次致信胡適，說這一次大家所爭的並“不是郭個人的去留問題”，而是能否繼續保證教授治校的大事。
出人意料的是，胡敦複於三月九日突然來到東大，準備正式上任。學生們得知這一消息後，紛紛湧向校長室，對他暴打一頓，然後從後門趕了出去。事件發生後，教育部認為這事與校董會有關，便發表取締校董會的訓令。為此，東大教授們召開緊急校務會議，要求教育部改變這一決定。
曠日持久的東大“易長風波”引起社會的極大關注。三月十八日，著名實業家穆藕初在信中對蔣夢麟和胡適說：“東大易長事，黑幕重重，令人齒冷。學界尚如此，中國前途何堪設想。”第二天，任鴻雋在信中對胡適說：“敦複的突然而來，大約是為人逼出來的。他到了南京之後，他的好友無一人不勸他勿就，但是他終於就了。我常說古人所謂‘眾怒難犯，專斷難成’，正是為敦複兄弟說的。”在這封信中，任還說他自己已經辭去東南大學教職，為的是擺脫左右為難的尷尬局麵。
三月二十八日，《現代評論》發表社會學家陶孟和的文章《東大暴動》，認為這一事件“是中國教育史上的一大汙點”。一周以後，該刊又發表政治學家張奚若的文章《黨化教育和東南大學》，分析了這一事件與“黨化教育”的關係。
東南大學的“易長風波”致使校長一職長期空缺，著名教授紛紛離去，教學科研水平急劇下降。直到一九三二年羅家倫擔任校長以後，這所學校才逐步恢複元氣。然而，這時東南大學早已改名為國立中央大學了。
師生之間