他一方麵拔姬薑於憔悴，采芝菌於糞土，而另一方麵，對於許多故舊的自薦或請托，卻毫不徇情地加以謝絕！
一九四八年下半年，由於政治軍事局勢的惡化，南京國民政府準備遷往台灣，於是台灣大學就成了未來的最高學府和學術中心。在這種情況下，朱家驊認為隻有傅斯年能夠當此重任，所以他再次前來勸駕。當時傅斯年剛從美國看病回來，身體尚未康複，醫生也囑咐他一定要注意休息，千萬不要擔任行政事務。一開始，傅斯年曾嚴詞拒絕，但最終還是出於公心慨然應允。這一年十一月，南京國民政府正式任命傅斯年為台灣大學第四任校長。一九四九年一月，傅斯年在北方戰事接近尾聲、蔣介石已經下野的時候走馬上任。此情此景，也算是“受任於敗軍之際，奉命於危難之間”吧。
台灣大學的前身是台北帝國大學。該校創建於一九二八年，是日本殖民統治的產物。抗日戰爭勝利後，台灣回歸我國，才改名為國立台灣大學。國立台灣大學成立後，第一任校長是羅宗洛。但是在以後三年中，該校連續換了三任校長，都沒有建立良好的教學秩序。
傅斯年上任後，根據眼前的現實和心中的理想，在第一次校務會議上就旗幟鮮明地倡導通才教育。他說：“我們要在一年半之內，集中精力，改進本校各種通習科目，建設本校的教育製度，務使來校的學生，一進大門來，便得到第一流的教授教他們普通課，教課之需要實習者，得到充分的實習機會……以上所說的一般通習科目，包括在文學院的國文、英文、通史、邏輯；在理學院的數學、物理、化學、動植物、地質；在法學院的普通經濟學、法學通論……”此外，他還表示台灣大學是一個教育機關，要搞好教育，就必須提高學術水平，因此它應當又“是一個學術機關”。
據當時正在台大讀書的李亦園回憶：“我是一九四八年九月考取台大曆史係，當時傅先生尚未出任台大校長，而學校也因時局及屢次更換校長正處於極不安定的情況下，但是當傅先生蒞任數個月後，一切校務都很快地上了軌道。傅先生不但在很短時間內穩定了整個學校的行政，而且‘帶’來大批國內學術界極負盛名的學者。傅先生自己是學曆史的，同時也是中央研究院曆史語言研究所的負責人，因此隨他南下的學者，有很多是史學家，更有不少著名考古學家、人類學家，如李濟、董作賓、淩純聲、黃逸夫諸先生也都來到台大。當我在曆史係讀完一年而進入二年級時，我們真是高興得不得了，因為我們不但可以接觸到很多史學大家，並且可以直接聆教於從前隻能在教科書上看到大名的考古學者與人類學者。我在接受他們教益之餘，已深深地為這些新的科目所吸引了。”
對於那些不稱職的教師，傅斯年毫不客氣。他的助手那廉君說：“傅先生做事，向來是一絲不苟，而且知人甚深。一個名賢的後裔，總想到台大任教，但他硬是不聘！接任校長之初，發現他的好友又是老友的弟弟教書不理想，絕不顧慮地勸他自動辭職！又發現一位教授，絕無教書的能力，隻好叫他做些行政工作。”有人說，在用人方麵，“他一方麵拔姬薑於憔悴，采芝菌於糞土，而另一方麵，對於許多故舊的自薦或請托，卻毫不徇情地加以謝絕”！從這些話中，可以看出傅斯年的人品和作風。
一所好的大學，既不容許教師兼職“走穴”，又要賦予他們主人翁地位。一九四九年七月，傅斯年在《兩件關於台灣大學的事》中談到教師兼職的壞處，他要求台灣大學的教師盡量不要兼職。他說，大學是一個教授集團，不是一個衙門。按照《大學法》的規定，校長權力是很大的。但是“為學校之前途計……為謀學校之進步”，他反對極權主義作風，希望大家能用協商討論的方法，共同管理學校。為此，他到任不久，就成立“教員聘任資格審查委員會”，製定了一係列管理製度。有一次一個學院的院長開會時向傅斯年提出許多意見。下午繼續開會時，同一學院的教授又向院長提了不少意見。於是傅斯年開玩笑地對那位院長說：“剃人頭者，人恒剃其頭，此之謂歟？”從這些趣聞軼事中，可以看出台大的民主作風。
此外，傅斯年在《台灣大學選課製度之商榷》中強調大學要以學術為中心，而不要以教育為中心，否則就會把大學辦成中學；在《台灣大學與學術研究》中，他根據當時實際情況，闡述了“教與學的自由”和暫時不能實行講座製的理由；在《大學宿舍問題》中，他不僅介紹了西方教育界在這個問題上的“理論的爭論”，而且還根據學生的實際需要，提出設置宿舍的具體辦法；在《“研究”與“出版”》中，他指出“為了嚴肅學府的風氣，齊一教員的水準，研究工作實在值得提倡，出版著作應該獎勵”。