不久，傅斯年在《獨立評論》發表《改革高等教育中幾個問題》。傅斯年首先回顧了清末以來教育改革的失誤，然後提出改革高等教育的三條意見。
第一，大學教育與中小學教育的功能是不一樣的。中小學是基礎教育，大學是“學術教育”。前者重在“知識的輸進、技能之養成”，後者重在培養研究學問的興趣和能力。因此，“中小學教師對學生是訓練者，大學教師對學生是引路者”。大學教師應該實行講座製，大學生應該實行選修製。正因為如此，大學絕不能像中學那樣實行年級製，否則學生就不可能學會研究學問，學校也不可能形成良好學風。
第二，大學的組織結構，“要以講座為小細胞，研究室（或研究所）為大細胞”。大學教師講課，如果沒有圖書做參考，沒有實驗的訓練，就毫無意義，因為這種訓練也是為了研究。
第三，大學教授能否勝任，是辦大學的關鍵因素，因此對於大學教授的資格要有明確規定。但是“今之大學，請教授全不以資格，去教授全不用理由，這真是古今萬國未有之奇談”。為了改變這種狀況，傅斯年提出要“由教育部會同有成績之學術機關組織一個大學教授學績審查會”。對於凡是“有一種著作，此著作能表示其對此一種學問有若幹心得”的學者，就可以授予大學教授的資格。對於已經擁有大學教授資格者，不能隨便免除其職務，除非他在三年內沒有任何新的貢獻。這篇文章結束時，傅斯年附加一句注釋：“此文寫至此處，急須付印，尚有餘義，且待後來再寫。”
文章發表後，吳世昌給傅斯年寫了一封長信，提出應該通過“國家考試”授予學位等意見。吳世昌在燕京大學畢業後，剛剛考入“哈佛燕京學社”國文係讀研究生。他的信被刪節後刊登在《獨立評論》上。但由於傅斯年生病，沒有及時回答。兩個月後，傅斯年在《獨立評論》又發表《再談幾件教育問題》的文章，其中談到三個問題：其一，在大學裏衡量教授的標準是有沒有學識和常識，而不是懂不懂教育學或教學法，因此大學不是高談教育學的場所。其二，由於“學問是體，方法是用，不有其體，何處寄用”？因此研究教育的人首先應該在文科或理科中有一門專長，否則他們的所謂教育學和教學法，就隻能是空談而已。其三，中小學課程要減少門類，充實內容，不要一味地照搬美國模式。在此基礎上，他認為大學不應該設立教育學院，而應該設置教育學講座；中國科學不發達，與研究機關太少有很大關係。文章結束時，傅斯年還談到中國的問題固然與政治改革有關，但教育部不思進取，不能振作也是重要因素。因此他的最後一句話是：“我希望現在的教育當局在最短期內努力完成他們的責任！”
該文發表後，曾在哥倫比亞大學獲得哲學博士的楊亮功認為，傅斯年雖然比過去平和多了，但還是不免有武斷和偏見。他申辯說：“中國大學之設立教育學院，何嚐是以哥倫比亞大學教育學院為模型耶？……歐美各國中小學普通科目，實在無多大區別，並非如孟真先生所謂‘這十幾年來，中國教育製度日趨於美國化’。”當然，他也承認“孟真先生總算是我們研究教育者的諍友，毫不客氣的給我們許多的批評”，這足以使我們反躬自省，努力改進。