二是拒絕偽北大教員繼續留任。
抗戰勝利後，如何處置日偽時期北平大專院校的師生，是教育當局麵臨的一個難題。陳雪屏等人回到北平後，根據教育部命令成立北平臨時大學補習班準備安排學生。由於人手不夠，陳聘用了一些日偽時期的教員講課。但這時傅斯年已在重慶發表聲明，為保持北京大學的純潔，堅決不錄用偽北大的教職員工。一九四五年十一月，傅斯年抵達北平時，陳雪屏等人到機場迎接。傅斯年見到陳雪屏後的第一句話，就是問他與偽大學的教師有沒有來往。陳雪屏如實回答後，傅斯年很不滿意，他激動地說：“漢賊不兩立，連握手都不應該。”
那些在日偽時期擔任過教職員的人聽說傅斯年堅決不錄用他們，便四處活動，要求繼續留用。他們甚至向北平行營主任李宗仁請願，還有人在報紙上發表致傅斯年公開信，申述他們留下來充當日偽教員的理由和苦衷。這些理由和苦衷也得到不少人的同情，就連陳雪屏也認為，除了極少數人甘心附逆之外，大多數人是由於各種原因留下來的，因此不必過於認真。對此，傅斯年再次發表聲明，重申不用日偽教職員的決心。他說：抗戰開始後，北大是請全體教職員內遷的。事實上，除了周作人等一兩個人以外，其他人都應該響應。即使是因為種種原因不能內遷，也可以到輔仁大學或燕京大學任教。因此，那些到偽北大任教的人與北大毫無關係。他還說：“學校是陶冶培植後一代青年的地方，必須要能首先正是非，辨忠奸。否則下一代的青年不知所取，今天負教育責任的人，豈不都成了國家的罪人？”基於上述原因，他堅決表示：“無論現在將來，北大都不容偽校偽組織的人插足其間。”
一九四六年八月，已經卸去北大代理校長的傅斯年在《經世日報》發表《漫談辦學》的文章提出，要辦好一所學校，應該從四個方麵著手：第一，麵對教師們“衣食無著”的困境，政府要盡快調整教職員的待遇，否則就是沒有盡到責任。第二，為了不至於誤人子弟，學校應該盡最大努力把自己的事情辦好。第三，學校要有合理的紀律，否則就會風潮不斷。第四，學校要有良好的學風，其中“包括自由的思想，規律的行動，求學的誌願，求真的信心，師生相愛的誠意，愛校愛國愛人民的願心。”在文章結束時他自豪地說：“我這幾個月負北京大學的責任，實在一無貢獻，所做都是些雜務的事，隻有一條頗堪自負的，便是‘分別涇渭’，為北京大學保持一個幹淨的紀錄。”