蔡元培不僅在行動上積極倡導和支持教育獨立，而且從理論上加以引導。1922年，他發表了《教育獨立議》、《非宗教運動》兩文，闡述他關於教育獨立的基本觀點和方法，成為教育獨立思潮中的重要篇章。
他認為教育是一種發展個性、培養人才的工作，它自身有其特有的規律，必須經過長期的積累才能見成效。他說：“教育是幫助被教育的人，給他能發展自己的能力，完成他的人格，於人類文化上能盡一分子的責任；不是把被教育的人，造成一種特別器具給抱有他種目的的人去應用的。所以，教育事業當完全交與教育家，保有獨立的資格，毫不受各派政黨或各派教會的影響。”
他認為政黨與教育的對立表現為：第一，教育以人為本，要求平衡發展人的個性和群性，政黨則不然，它要造成一種特殊的群性，為本黨服務，抹殺受教育者的個性。第二，二者方向不同。教育是求遠效的，著眼於未來，其效果不可能在短期內表現出來，所以講“百年樹人”。而政黨是求近功的，往往隻考慮眼前的利益。第三，在政黨政治的背景下，政權在各黨派之間更迭，黨內的政策變換不定，由政黨掌管教育，必然會影響教育方針政策的穩定，影響教育的成效。所以他認為教育要超脫各派政黨之外。宗教與教育的對立表現為：第一，教育講究尊重個性，而宗教總是要人盲從。第二，教育追求前進，而宗教趨於保守，尤其是教會學校借辦學誘使青年信奉基督教，更是害人不淺。所以教育要擺脫宗教的影響。
教育獨立應該包括：第一，經費獨立，要求政府劃出某項固定收入，專作教育經費，不能移用。第二，行政獨立，專管教育的機構不能附屬於政府部門之下，要由懂得教育的人充任，即應當完全交給教育家去辦，不能因政局而變動。第三，思想獨立，不必依從某種信仰或觀念。第四，內容獨立，能自由編輯、自由出版、自由采用教科書。第五，以傳教為主的人不得參與教育事業。他認為做到了以上內容，教育便可實現真正的獨立。
其中關於教育行政獨立的方案是：分全國為若幹個大學區，每區設立一中心大學，區內的高等專門教育，中、小學教育，社會教育，文化學術事宜均由該大學校組織辦理，政府各部門不得幹涉學區工作。在每一大學區內，由教授組成教育委員會主持學校工作，校長由教育委員會選舉產生。各大學區大學的校長組成高等教育會議，處理各大學區間的事務。教育部隻負責處理經高等教育會議議決而與中央政府發生關係的事務及教育統計報告等，教育總長必經高等教育會議認可。這一設想成為南京國民政府初期實施“大學區製”的框架基礎。
關於教育脫離政治和政黨的主張雖然是一種曆史唯心主義的觀點，但它反映了資產階級民主派要求擺脫軍閥政府對教育的控製，希望按照教育規律辦好教育事業的美好願望；教育脫離宗教的主張更含有反對帝國主義國家文化侵略的革命意義，體現了希望在中國獨立、自由地發展教育事業的願望。