論大學的性質
在蔡元培的整個教育思想體係中，大學教育思想占有非常突出的地位，這同他重視高等教育密切相關，他認為要發展中國的教育事業，辦好高等教育是關鍵。他說“自己的興趣偏於高等教育”，希望“在高等教育方麵多參加點意見”，此外，他又較長時間主持北京大學，有豐富的大學教育實踐經驗，因而形成了頗有創建的比較係統的大學教育思想。其中關於大學性質的認識是其大學教育思想的重要組成部分。
第一，蔡元培認為大學應當成為研究高深學問的學府，這是他辦學的指導思想，也是他大學教育思想的出發點。早在1912年5月16日，他以教育總長身份出席北京大學開學典禮時，在演說中就提出“大學為研究高尚學問之地”。1917年1月9日，他在就任北京大學校長的演說中又一次明確地指出：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肆業專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也。”他認為：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之場所，亦不可視為販賣知識之場所。學者尤當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”故首先要破除極端國民之教育與“極端之實利主義”。何謂“極端之國民教育”？“政治家翹國家以為至尊無上之群製，以國外之世界為其戰場，以國內之人民為其器械，而且恃政府之強權，強以此等主義行於小學教育之中，養成尊慢己國，蔑視他族，蹂躪人道，增進獸性之習慣。”這實乃“將教育與受教育者依附於政治與國家的強權”意誌。何為“極端之實利主義”？其特點是“以致用之科為足盡教育之能事，而屏斥修養心性之功者”。所謂“致用之科”也就是眼下的實用之術。
第二，他認為：“在大學裏主要應培養獨立於國家體製之外（或始終處於邊緣位置）的，具有永遠的批判意識，並且不計利害與後果的獨立知識分子（即思想家），北大永遠應是‘新的改造運動的先鋒’。”
第三，他認為“大學者，囊括大典，網羅眾家之學府也”，應思想自由，“兼容並包”，使受教育者“走出奴化狀態”，萬不可將思想者當成有“問題者”。
第四，他認為大學不能隻是從事教學，還必須開展科學研究。他指出大學教員不是灌輸固定知識，而是對學問有濃厚的研究興趣，並能引起學生的研究興趣；大學生也不是死記硬背教員的講義，而是在教員的指導下自動的研究學問。為了使大學能承擔起教學、科研雙重任務，他極力主張凡大學必有各種科學的研究所。他在《論大學應設各科研究所之理由》的文章中詳列了三點理由：一是大學無研究院，則教員易陷入抄發講義不求進步之陋習；二是設立研究所，為大學畢業生深造創造條件；三是使大學高年級學生得以在導師指導下有從事科學研究的機會。
師資管理思想
蔡元培以其資產階級民主思想為指導，主張師資管理應民主化和法製化。
在教員延聘方麵，蔡元培主張學校應設教員聘任委員會，招聘教員的條件和程序都應由學校的立法機構——校評議會來製定。蔡元培曾主持北大校評議會製定並通過了《北京大學教師延聘實施細則》。
在教員使用方麵，蔡元培主張各教授無論擔任何種功課，均應由係教授會開會，共同討論確定。如果有變動，亦須再行開會議決。他的這些主張在由其提出並經北大校評議會通過的《教員保障案》中有所記錄。
在教員的辭退解聘方麵，蔡元培主張各係教授的辭退工作應由該係教授會開會討論，經係教授會五分之四通過，並得校長認可，方能辦理。這些主張在《教員保障案》中有記錄。
蔡元培認為，延聘教員最為重要的標準有兩條：一是否有真才實學，二是是否懂得教學的方法。用他的話說就是延聘教員，不但是求有學問的，還要求於學問上很有研究的興趣，並能引起學生研究興趣的。如果滿足了上述兩條，則不論其人的政治見解或學術派別，均可聘用，完全取兼容並包的態度。
在招攬人才的同時，蔡元培還主張對不稱職的教員堅決予以辭退。他擔任北大校長時，就曾頂住各方麵的壓力辭退了一批舊北大遺留下來的不稱職的中外教員。
大學管理思想
蔡元培的大學管理思想在當時領先於世界潮流，縱觀蔡元培的教育思想，其內容主要表現為以下幾點：第一是對待管理應有開放的心態。有人說，北大之所以“大”，是因為有了蔡元培“兼容並包”的辦學思想。的確，“兼容並包”幾乎成了蔡元培和北大的一個標誌。從某種意義上說，正是“兼容並包”使北大具有了獨特的宏大氣象，也正是“兼容並包”使得中國的學術在烽火連天、內憂外患的艱苦條件下仍出現了空前的繁榮景象，顯示出了勃勃生機。然而“兼容並包”並不是蔡元培教育思想中的根本，在“兼容並包”的背後潛藏了蔡元培更為基本的思想取向，那就是一種開放的心態。這種開放心態不僅造就了他“海納百川”的胸襟，更養成了他那放眼寰宇的戰略眼光。它使蔡元培無論是在選拔人才還是在學科建設上都能高屋建瓴、勝人一籌。1917年，蔡元培剛剛擔任北大校長就聘用了當時鋒芒正露的共產主義分子陳獨秀做文科學長。其後無論何黨何派，隻要學問獨到的都被蔡元培網羅而至。當時的北大正如馬寅初所說：“以言黨派，國民黨有先生及王寵惠諸氏，共產黨有李大釗、陳獨秀諸氏，被目為無政府主義者有李石曾氏，崇敬於君主立憲發辮長垂者有辜鴻銘氏，以言文學，新派有胡適、錢玄同、吳虞諸氏，舊派有黃係剛、劉師培、林損諸氏。……各派對於學術，卻能自由研究，而鮮摩擦，學風丕變，蔚然巨觀。”這種局麵的出現不能不歸因於蔡元培那種開放的心態。