對當時的美育現狀，蔡元培不無感慨地說：“書畫，是我們的國粹，但都是模仿古人的。古人的書畫，被有錢人收藏了，作為私人奢侈品，普通人是看不到的。建築、雕刻，沒有人研究，在淆雜的劇院中，演那單調的音樂，卑鄙的戲曲，在街上，隻見車馬重撞擁擠，商鋪上貼著無聊的春聯，地攤上出售那惡俗的畫紙；在這種環境中，怎能引起活潑高尚的情感呢？”
所以，蔡元培希望從事文化運動的人不要忘記美育，並且提出了中國美育的方向：在中國文化的精髓中去體會、發現其中高雅、優美、崇高，獲得超出現象世界的情感體驗，從而得到精神世界的美的享受，領悟到超越時空限製的人生真諦。
尚自然，展個性
蔡元培提倡“尚自然，展個性”的教育理念，這與他倡導培養具有完全人格的民主社會建設者的目標是一致的。要培養具有完全人格的個體需依靠遵循“尚自然、展個性”原則的教育。
“尚自然，展個性”是蔡元培針對封建教育無視學生的特點，違反自然，壓抑、禁銦、束縛個性而提出的教育主張。
蔡元培主張教育要適應受教育者身心發展的實際，他說教育者應“深知兒童身心發達之程序，而擇種種適當之方法以助之”，就像農家對待植物那樣，“幹則灌溉之，弱則支持之，畏寒則置之溫室，齋食則資以肥料”。因此，他認為“教育與其守成法，勿寧尚自然；與其求劃一，勿寧展個性”，指出“守成法”與“尚自然”、“求劃一”與“展個性”是新舊教育的分水嶺。他極力反對違反自然規律、束縛個性的教育，指責舊教育“是教育者預定一目的，而強受教者以就之，故不問其性質之動靜，資束之銳鈍，而教之止有一法，能者獎之，不能者罰之”。
為了達到“尚自然、展個性”的目的，在教學方法上，他提倡教育科學的實驗研究要堅決擯棄注入式，強調用啟發式，指出特別要重視學生自動、自學、自己研究的方法。他認為教書並不像注水入瓶一樣，注滿了就結束了，最重要的是引起學生讀書的興趣，使學生自動的求學。做教員的不可一句一句、一字一字地都講給學生聽，最好使學生自己去研究，等到學生實在不能用自己的力量解決問題時，再去幫助他。他說：“在學校不能單靠教科書和教習，講堂功課固然要緊，自動自習，隨時注意自己發現求學的門徑和學問的興趣，更為要緊。”他的“尚自然，展個性”的思想是一貫的。他任南洋公學教習時，就提倡“學生自己讀書”以展個性。他任北大校長時提出“改良講義”和“添購書籍”兩個計劃，提出講義隻列大綱，細微末節以及精旨奧義，或教師口授，或自己參考，以期學有心得。
對於人類集體的發展與人類整體的發展來說，個體的獨特主體性的正常、健康發展或自由發展是最豐富生動的動力和源泉。在每個個體的這種發展的交互作用中，每個人的人生將會獲得應有的意義和價值。當自由的權力變成每個個體的實際權力（特別是思想的自由）時，自由就會成為一個實實在在的概念。一個社會如果不以個人為本位、為目的，不為每個個體的自由、全麵的發展盡可能多地創造最佳條件和環境，這個社會就無法在整體上大踏步地前進。
論教育獨立
“教育獨立”作為一種思潮在“五四”之前就已經萌芽，至20世紀20年代興盛起來。
中國封建時代的教育完全隸屬於封建政治，近代以來這種格局依然維係下來。由於軍閥混戰，經濟凋敝，北洋政府又不重視教育，國家預算中教育經費比例極低，如1920年前後國家預算中教育經費僅占1．2％左右。僅此有限的預算內經費，軍閥政府還常侵占、挪用，用於打仗，使教育經費不能如數到位，導致教育經費極其短缺，教育事業陷於難以為繼的程度。當時各政黨的政客又都是為個人和小團體的利益經營，從私利出發去幹預教育。由於連年軍閥戰爭，政權極不穩定，從1912年到1916年，隨著執政者的更迭，教育部長就換了十幾個，並且有人根本不懂教育。蔡元培對此十分反感，認為教育權若總掌握在政黨之中，變來變去，是無法成效的。另一方麵，帝國主義對中國的文化教育侵略加劇，帝國主義在華辦的學校由基督教會控製，教會學校極力用宗教誘惑未成年的學生，使學生去信仰他們的基督教，侵害中國的教育權，他認為這是“侵犯人權”的行為。在這樣的局勢下，教育很難辦好。因此，他提出“教育獨立”的主張，認為教育應保有獨立的地位。