在心理學方麵，蔡元培指出：“自兄弟觀之，宗教之原始，不外因吾人精神之作用而構成。吾人精神上之作用，普通分為三種：一曰智識，二曰意誌，三曰感情。最早之宗教，常兼此三作用而有之。”之後又分別進行說明。他認為原始初民將“生自何來？死將何往？創造之者何人？管理之者何求？”等問題視為“一種不可思議之事”，在這種情況下，有宗教家勉強給予了解答，並認為這是知識附麗於宗教。也就是說，在一定時期，宗教缺乏科學依據的解答滿足了人們對於許多事物的好奇，由此他認為宗教之中含有智育的元素。但是之後蔡元培對於宗教在近代的智育功能進行了否定：“迨後社會文化，日漸進步，科學發達，學者遂舉古人所謂不可思議者，皆一一解釋之以科學。”他還舉了很多例證，如“日星之現象，地球之緣起，動物之分布，人種之差別，皆得以時理化、博物、人種、古物諸科證明之。”“此知識作用離宗教而獨立之證也。”蔡元培認為現代科學的發展已經可以解決人們的認識問題了，所以不需要用宗教的臆測來進行智育了。不僅如此，他還認為，“無論何等宗教，無不有擴張己教攻擊異教之條件”，宗教具有的保守性和排他性，對智育是沒有益處的。關於宗教附麗於意誌，蔡元培指出，“且吾人生而有生存之欲望，由此欲望而發生一種利己之心。其初以為非損人不能利己，故恃強淩弱、掠奪攫取之事，所在多有。其後經驗稍多，知利人之不可少，於是有宗教家提倡利他主義。”對於宗教家所提倡的利他主義，他認為是宗教中多包含的德育的因素。蔡元培接著指出了意誌與宗教的分離，“宗教家對於人群之規則，以為神之所定，可以永久不變。然希臘詭辯家，因巡遊各地之故，知各民族之所謂道德，往往相互抵觸，已懷疑於一成不變之原則。近世學者據生理學、心理學、社會學之公例以應用於倫理，則知具體之道德不能不隨時隨地而變遷；而道德之原理，則可由種種不同之具體者而歸納以得之；而宗教家之演繹法，全不適用。”“所以道德標準不能以宗教為依歸。……宗教對於德育，也是不但沒有益處，而且有害處的。”在分析了知識、意誌與宗教的分離之後，他指出宗教之所以還有市場，“惟有情感作用，即所謂美感”。各種宗教的建築物上的雕刻、圖畫等，都具有美術的價值，但是從曆史的角度考察，蔡元培認為“美術之進化史，實亦有脫離宗教之趨勢”，“及文藝複興之後，各種美術，漸離宗教而尚人文”。他還將美育與宗教進行了比較，指出美育代宗教是必然的，因為第一，“美育是自由的，而宗教是強製的”，第二，“宗教是進步的，而宗教是保守的”，第三，“美育是普及的，而宗教是有界的”。最後他得出“故不能以宗教充美育，而止能以美育帶宗教”的結論。
蔡元培還提倡文化運動不要忘了美育。當興起於1915年的新文化運動開始以不可阻擋之勢席卷整個中國上層文化時，激進的文化革命人熱切希望打倒以孔夫子為代表的封建專製文化，提倡自由和民主，強調科學教育。對於新文化運動，蔡元培給予了正麵的肯定，也給予了一定的支持和保護，但在同時，他也對文化運動推行科學教育的主張進行了補充，認為科學教育與美術教育是相輔相成、不可偏廢的，以彌補其不足。正如蔡元培所說：文化不是簡單的，是複雜的；運動不是空談的，是要實行的。要看透複雜的真相，應研究科學。要鼓勵實行的興會，應“文化運動不要忘了美育”。這是蔡元培在1919年鄭重向國人發出的呼籲。
蔡元培以敏銳的洞察力深刻地分析出新文化運動中出現的和即將出現的弊端：口號大於行動；借主義之名達到一己私欲；缺少麵對困難戰勝困難的勇氣、耐力和信心。“（1）看得很明白，責備他人和周密，但是到了實行的機會，經小小的利害絆住，不能不犧牲主義。（2）借了很好的主義做護身符，放縱卑劣的欲望；到劣跡敗露了，叫反對黨把他的汙點影射到神聖主義上，增加發展的阻力。（3）想用很簡單的方法，短少的時間，達到他的主張；經幾次挫折，就覺得沒有希望，發起厭世觀，甚至自殺。”在這裏，蔡元培批評了新文化運動中某些人對文化、對中國、對歐洲、對世界，甚至對自己缺少正確的認識，不能有效地協調理想與現實的矛盾，隻是憑著一時的熱血與衝動實行盲目且急切的行動。這些人雖然看似積極前衛，實際上他們的價值觀、人生觀、世界觀還不夠堅定和完善。因此，蔡元培提出要以美育提高他們的情操，使之擁有一種超越利害的興趣，使之消除劃分人我的偏見，並保持永恒和平的心境，這樣才符合文化運動的宗旨，進而實現文化運動的真正目的。