他認為，孔子所說的“匹夫不可奪誌”，孟子所說的“大丈夫者，富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈”，自由之謂也，古人稱之為“義”。自由突出主體對意誌、思想、人格獨立的追求，但應從主體而通於客體，“我欲自由，則亦當尊人之自由”。孔子說“己所不欲，勿施於人”，平等之謂也，古人稱之為“恕”。平等強調對他人權利價值的尊重，但應由客體而歸於主體，“我不以不平等遇人，則亦不容人之以不平等遇我”。但是平等與自由“要皆由消極一方麵言之”，都不是積極的道德。在競爭的社會中，那些因天生殘弱或為境遇所迫的人不會得到真正的自由和平等。“己欲立而立人，己欲達而達人”，同情、關懷和幫助弱者，使鰥寡孤獨和廢疾者皆有所養，中國古人謂之“仁”，“仁”就是博愛，是積極的道德。
蔡元培尊重文化的繼承性和發展性的統一，他主張廣泛吸收國外文化，同時，他又強調，吸收國外文化時“必擇其可以消化者而吸收之”，並且“必須以‘我’食而化之，而毋為彼此所同化”，因此，他在摒棄封建道德的專製性和等級性的同時，汲取其中有利於資產階級道德建設的養分。他批評有些誌行薄弱者，一到國外留學，“即棄捐其‘我’而同化於外人”。
世界觀教育
世界觀教育屬於實體世界，是“超軼乎政治的”，為蔡元培所獨創並被作為教育的最高境界。
受康德心物二元論觀點的影響，他認為世界可分為“現象世界”與“實體世界”兩方麵，而且二者不可分割。現象世界是我們可以經驗到的，它和時間、空間不可分離，受因果律的製約，其存在形式是相對的，隸屬於政治的。實體世界超越於經驗之外，隻可直觀感悟，沒有時間空間可言，不受因果律的製約，它的存在形式是絕對的，超越政治的。
他認為，人不僅擁有一個現象世界，還擁有一個實體世界。現象世界中的人，由於存在人我差別的意識，追求幸福的意識，而糾纏於由此而產生的種種矛盾。在實體世界中，人們擺脫了現象世界的種種矛盾，泯營求而化人我，能實現意誌的完全自由和人性的最大發展，思想和言論也不受某一門之哲學某一宗之教義的束縛。因此人不能僅僅為了眼前的物質利益而生活，人還應有一種超越現象世界的追求，一種形而上的精神追求。蔡元培認為“非有出世間之思想者，不能善處世間事，吾人即僅僅以現世幸福為鵠的，猶不可無超軼現世之觀念，況鵠的不止於此者乎？”追求超越現實的實體世界是人類的一種終極目標。
正是基於以上的認識，他認為教育應滿足和引導人的這一精神需求，培養超軼現實的實體觀念，指出“教育應立足於現象世界，而有事於實體世界”，認為在具體的知識傳授、技能訓練之外，教育還應有更高的目的，即探索永恒、深邃的精神世界，追求超現實的實體世界，使人達到最高的精神境界，這才是教育的最高目的。“使僅僅為灌注知識、練習技能之作用，而不貫之以理想，則是機械之教育，非所以施於人類也。”這就意味著教育的“架構”不僅是知識，也是生命；不僅內在於現世，也超越於現世，教育對人生終極目的與意義的追求是不可缺少的。教育以培養全人為目的，它不能不關注理想和信仰，因此他說“教育者，非為己往，非為現在，而為將來”。他認為教師和學生的職責都在研究學問，在於對人生智慧的根本探尋，而不應汲汲於功利的回報。所謂世界觀教育，就是要培養人們一種立足於現象世界但又能超脫現象世界而貼近實體世界的觀念，思考人之為人的價值，充分發揮人的自由個性，引導受教育者超脫現世，領悟最高精神境界，“使對於現象世界，無厭棄而亦無執著”，“使對於實體世界，非常渴慕而漸進於領悟”。他認為，這種世界觀教育是知、情、意、德、智、體諸者的統一體。