蔡元培認為“軍國民教育者與社會主義背馳”，並不是理想社會的教育。然而在中國，卻是“今日所不能不采者”，主要因為當時中國“強鄰交通，亟圖自衛，而曆年喪失之國權，非憑借武力，勢難恢複”，即為了反對帝國主義侵略，必須借助武力自衛，這就要實行軍國民教育。就國內而言，為了改變當時國內封建軍閥擁兵妄為的現狀，打破軍人成為全國中特別之階級的局麵，就要“行舉國皆兵之製”，否則就不能“平均其勢力”，這也要求進行軍國民教育。由此可見，蔡元培主張軍國民教育是為了對外實行自衛，對內反對軍人的強權統治，這也充分反映了他寓兵於民、對抗軍閥擁兵自雄、捍衛民主共和的良苦用心。後來，他把軍事體育發展成為普通體育。他認為體育是培養“共和國民健全之人格”的重要環節，他說：“健全的精神，必宿在健全的身體”，如果一個人的身體不健康，精神上也必會感到痛苦。他要求學生“各就所好，多多運動”，以強健身體，振奮精神。
實利主義教育
實利主義教育是蔡元培對當時流行於歐美、以杜威為代表的實用主義教育思想的一種概括，他說：“此其說創於美洲，而近亦盛行於歐陸”，“今日美洲之杜威派，則純持實利主義者也。”盡管蔡元培當時對杜威實用主義教育學說的理解不一定全麵，但實用主義教育學說確是因為蔡元培的介紹而為中國教育界所認識的，從此引起人們的廣泛關注。
實利主義教育即智育，是進行生產和知識技能的教育。實利主義教育主要向人傳授各種普通的文化科學知識和發展實業的知識，培養人的勞動技能，對人進行一定的職業訓練。進行實業主義教育的目的，是為了提高人民的富裕程度，增強國家的財力，這樣才能在世界競爭中立於不敗之地。蔡元培認為“實利主義教育，以人民生計為普通教育之中堅”，是人民致富脫貧的途徑。他認為“今之世界恃以競爭者，不僅在武力，而尤在財力。且武力之半，亦由財力而孳乳”。同時，他還指出“我國地寶不發，實業界之組織尚幼稚，人民失業者甚多，而國甚貧。實利主義之教育，固亦當務之急者也”。他將實利主義教育視為富國強民、發展國家經濟的一項重要手段，認為加強科學技術教育，提高生產力，發展國民經濟，國家富強才能夠在世界競爭中生存下來。
他認為實利主義教育除了可以使人學到文化科學知識之外，還可以使人的思維“臻於細密”，例如學習算學，既可以豐富知識，又可以使腦力反複運用，使人的思維日趨細密。
公民道德教育
公民道德教育即德育。他認為軍事體育和實利主義教育雖是“強兵富國”之道，為了達到富國強兵的目的，需要軍國民教育和實利主義教育，但是，僅有這兩者是遠遠不夠的，還必須有公民道德教育，“教之以公民道德”，“以道德為根本”，因為即使國富兵強，也會出現如智欺愚、強淩弱、貧富懸殊、資本家與勞工之間矛盾激化的現象。
蔡元培認為公民道德的基本內容主要包括法國資產階級革命所標榜的自由、平等、博愛（“親愛”），他說：“何謂公民道德？曰，法蘭西之革命也，所標揭者，曰自由、平等、親愛。道德之要皆盡於是矣。”可見，蔡元培所提倡的是西方資產階級的道德觀念，主張用自由、平等、博愛的資產階級道德對公民進行道德教育。
他提倡這種道德觀念的意圖是與封建倫理道德觀念相對抗，反對封建道德的專製等級性，並企圖通過這種公民道德教育使人擺脫封建倫理道德對自身的束縛，從而改變被封建道德束縛的人與人之間的關係。由此可見，他提倡的公民道德教育具有明顯的反封建的曆史進步意義。
蔡元培在提倡西方資產階級道德觀念時，並沒有全盤否定中國傳統的道德思想。他明確指出，中國傳統倫理特別是儒家倫理的一些基本範疇的內涵和西方資產階級道德觀念的精神是基本相通的，還將西方近代資產階級“自由、平等、博愛”的道德觀念分別比作中國古代儒家所提倡的“義、恕、仁”，把歐洲資產階級道德觀念同中國儒家的傳統道德觀念揉合在一起。