小學教育思想
一提到蔡元培，人們首先想到的是他創造的北京大學的輝煌成就及其大學教育思想。其實，早年蔡元培曾在小學任教，關於小學教育也有許多值得我們借鑒的思想。
蔡元培自始至終都十分重視小學教育，他在《自寫年譜》中寫道：小學沒有辦好，怎能有好中學？中學沒有辦好，怎能有好大學？反之，若沒有好大學，中學師資哪裏來？沒有好中學，小學師資哪裏來？合起來，就是自小學到大學，均需要重視，均需要整頓。
關於小學教育的目標，他認為“小學教育以留意兒童之身心發育，培養國民道德之基礎，並授以生活所必須之知識技能為宗旨”。他還指出：“兒童身體，宜期其發達健全；凡所教授，必適合兒童身心發達之程度；於男女諸生，應注意其特性及將來生活，施以適當之教育；各科目教授之目的方法，務使正確，並宜相互聯絡以資補助。”
“五育”並舉
在中國近代教育思想發展史上，蔡元培第一次提出了軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育和美感教育“皆今日之教育所不可偏廢”的教育思想。“五育”並舉是蔡元培教育思想的一個顯著特點，也是他對於中國近代教育理論的重大貢獻。
這一思想是在辛亥革命勝利不久，南京臨時政府剛剛成立時提出來的。當時，中國的教育正處於一個重要的曆史轉折關頭，隨著辛亥革命的勝利，在中國實行了幾千年的封建統治被推翻了，但是教育領域中封建教育的改革剛剛起步，隻是頒布了一些具體的暫行規定，還缺乏明確的教育指導思想，缺乏新的教育宗旨。
蔡元培認為，探究教育之歸屬與地位，厘定教育之宗旨與方針，這是教育改革的基礎與根本。也就是說，要想使資產階級對封建教育的改革能夠深入、健康地開展，必須在統一的教育思想指導下，盡快地確定出一個反映資產階級要求的教育宗旨，以規定資產階級對於人才培養的目標和要求。正是基於以上的認識，身為教育總長的蔡元培雖日理萬機，但他始終殫精竭慮於新教育的理論思考。1912年初，他在出任教育總長時提出，教育方針為“在普通教育，務順應時勢，養成共和國民健全之人格”，同年二月，他發表《對於新教育之意見》一文，明確提出廢止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實的封建教育宗旨，根據專製時代和共和時代對教育的不同要求，提出軍國民主義教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育及美感教育“五育”並舉的教育思想。
蔡元培提出的“五育”並舉是以軍國民教育、實利主義教育為急務，以道德教育為中心，以世界觀教育為終極目的，以美育為橋梁的教育思想體係。在“五育”中，軍國民主義為體育，實利主義為智育，公民道德及美育近於德育；而世界觀則統三者而一之。他把教育分為“隸屬於政治”與“超軼乎政治”兩類。軍國民教育、實利主義教育和道德教育三者為“隸屬於政治”一類，世界觀教育和美育是“超軼乎政治”一類。蔡元培尤其注重後兩者，他曾說惟世界觀、美育“鄙人尤所注重”。
蔡元培認為，盡管“五育”各自的作用不同，然而均是“養成共和國民健全之人格”所必需的，是統一的整體所缺一不可的，是相輔相成、相融相通的。蔡元培還形象地把“五育”比作人身，軍國民主義是人的筋骨，實利主義是胃腸係統，公民道德是呼吸循環係統，美育是神經係統，世界觀是心理作用，以此說明五者的關係。
同時他又指出，這五種教育並不是平分秋色、沒有重點的，而必須以公民道德教育為根本，“五者以公民道德為中堅，蓋世界觀及美育皆所以完成道德，而軍國民教育及實利主義，則必以道德為根本”。
“五育”並舉是以公民道德教育為中心的德智美諸育和諧發展的思想，這在中國近代教育史上是首創，它適應了辛亥革命後資產階級改革封建教育的需要，順應了當時中國社會的變革以及世界發展的潮流。
軍國民教育
軍國民教育即軍事體育，這一教育思想在清末由國外傳入。軍國民教育作為一種教育主張，在維新變法時期就已經產生了，以後逐漸發展。鑒於中國近代積弱致侮的事實，一些有誌之士提出改變中國重文輕武的教育傳統，培養國民的強健體魄和尚武精神，強體強兵，抵禦外辱。他們主張將軍事教育引入到學校和社會教育之中，讓學生和民眾接受一定的軍事教育和訓練。在學校教育中，強調學生生活的軍事化，特別是體育的軍事化等。