在當晚的白宮新聞發布會上，裏根宣布他接受波因德克斯特的辭職請求，並解決了諾思的職務。裏根說，米斯的“這一報告使我得出結論：在有關對伊朗的這一舉動所采取的行動之一的性質上，我不是完全掌握情況的。這一行動產生了作用是否恰當的問題。”11月26日《華盛頓郵報》就米斯和裏根一唱一合，援引米斯一個下屬的話說：“保護裏根，沒有比米斯做得再好的了。”
不管米斯的主觀意圖如何，他的“新發現”客觀上可以給美國公眾一種印象：把事情搞糟的是國家安全委員會的一批工作人員，其中主要是諾思和波因德克斯特等人。
11月27日，裏根為了盡快平息對政府的信任危機，任命由前參議員約翰·托爾為首的，三人委員會審查國家安全委員會的有關行動；3個月之後，即1987年2月26日，托爾委員會向裏根遞交了一份長達300頁的調查報告。報告認為：“美伊武器交易是同美國在恐怖主義、兩伊戰爭和向伊朗提供軍事援助問題上的政策相違背的。”它指出，裏根“確實事先讚成過向伊朗出售武器的結論似乎是可信的。”但他本人“顯然是在希望美國人質獲釋這樣一種強烈的同情心驅使下，堅決支持美伊武器交易的。”報告還說：“事實上，美國向伊朗出售武器幾乎從一開始就成了一係列用武器交換人質的交易。”
3月4日晚裏根向全國發表電視講話時承認，他對伊朗采取的主動行動演變成以武器交換人質的交易，“是一個錯誤”。這是他對托爾委員會發表的調查報告作出的正式答複。他表示對他本人和政府其他成員在整個“伊朗門”事件中的行動，他負有全部責任。裏根說，他不知道把向伊朗出售武器所得的部分款項轉移給尼加拉瓜反政府武裝一事，“但作為總統，我不能逃避責任。”同時，他又說：“我已經改正了。”
托爾委員會的報告發表之後，裏根和共和黨其他頭麵人物大大鬆了一口氣，因該報告對裏根及其政府的不利影響不像他們原先擔心的那樣嚴重。然而，公眾和國會議員仍不滿意，紛紛提出他們的疑問，要求國會進行更深入的調查。由於此前的調查中，波因德克斯特和諾斯這兩個關鍵人物一直拒絕提供證詞，致使“伊朗門”事件“仍然是一個謎”，無法作出完整的解釋。國會因而決定，給予波因德克斯特和諾斯以有限豁免權（即免予起訴），以促使吐露真相。國會參眾兩院特別調查委員會於3月18日還宣布了一項舉行聽證會的計劃。
負責調查政府官員在“伊朗門”事件中有無違法行為的特別檢察官沃爾什在4月底遞交了第一份起訴書，控告一個集資組織的負責人霍爾·錢內爾欺騙政府，在從事慈善事業的借口下，從國外和國內私人手裏籌集了200多萬美元，用以購買武器支持尼加拉瓜反政府武裝。而這違反了1984年國會通過的“博蘭修正案”（眾議員愛德華·博蘭提出）。錢內爾本人表示認罪，並供認諾斯中校是主謀之一。
5月5日，“伊朗門”事件的中心人物之一、退役空軍少將理查德·西科德在國會聽證會上作證說，美伊武器交易所得款項中約有350萬美元轉給了尼加拉瓜反政府武裝，他參與了這一活動。西科德還說，他的活動得到了裏根總統的批準。根據西科德的證詞，美國以3，000萬美元的要價向伊朗出售了價值1，200萬美元的武器，美國從中獲得1，800萬美元的利潤，其中350萬元通過一家瑞士銀行的帳戶轉給了尼加拉瓜反政府武裝，350萬美元用於向伊朗運送武器，100萬美元用於其他開銷，800萬美元仍留在瑞士銀行帳戶上，另有200萬美元去向不明。
從7月7日到8月3日，諾斯、波因德克斯特以及內閣要員舒爾茨、米斯、溫伯格等人相繼在聽證會上作證。諾斯一反過去“守口如瓶”的態度，以熱情的言詞向電視機前的5，000萬觀眾表白了自己。他說，由於職務級別的關係，與總統的直接接觸並不多。他的秘密行動計劃甚至沒有單獨向總統當麵彙報過，但諾思堅持認為裏根知道把美伊武器交易的部分款項轉移給尼加拉瓜反政府武裝的事情。他承認自去年1月起，曾起草了5份備忘錄，要求總統批準款項轉移計劃，他把備忘錄送交波因德克斯特，未曾被否決。但這5份備忘錄中的4份已銷毀，剩下的一份封麵也被撕掉，因此僅憑諾斯的證詞還不能斷定總統在備忘錄上作過批示。