下午1時32分，合眾國際社援引主持總統臨終儀式的達拉斯天主教神父休伯的話說：“他已經死了，沒有錯。”
肯尼迪總統遇害的消息傳開後，舉國為之感到震驚和悲痛。人們聚集在大街上，圍坐在電視前，傾聽著從達拉斯傳來的一點一滴的消息。4月23日淩晨，覆蓋著一麵美國國旗的靈柩運進了白宮，停放在東廳的靈柩架上。肯尼迪夫人跪在它的旁邊，她的臉深埋在星條旗上的星群之中。
11月25日上午1時，在華盛頓聖·馬太大教堂舉行了肯尼迪總統的葬禮。由於通過新的通信衛星的世界範圍的無線電和電視報道，它引起了全世界的矚目。來自100多個國家的政府高級官員，包括30位國家元首，參加了葬禮。肯尼迪總統的遺體被安葬在阿林頓國家公墓。
墓前燃燒著由肯尼迪夫人點燃的永不熄滅的火焰。
根據由約翰遜總統任命調查這次暗殺事件的沃倫委員會的說法，肯尼迪總統是被24歲的李·哈維·奧斯瓦爾德槍殺的。奧斯瓦爾德是得克薩斯州教科書倉庫的職員、前海軍陸戰隊隊員和自稱的“馬克思主義者”，曾在蘇聯生活過。1963年8月，由於散發親卡斯特羅的傳單引起鬥毆，被新奧爾良警方逮捕，但隨即獲釋。暗殺總統的凶殺武器是一支帶瞄準鏡的意大利造卡賓槍，是奧斯瓦爾德花19．95美元從芝加哥一家郵購商行訂購的。他在開槍以後，逃離教科書倉庫，大約45分鍾後在得克薩斯劇院被捕。他否認槍擊總統。11月24日上午，當奧斯瓦爾德在警察和數名偵探的押解下轉往另一所監獄時，在實況轉播的電視攝像機前，突然被達拉斯一家夜總會的老板傑克·魯比當場開槍打死。
由於奧斯瓦爾德沒有能活著接受審判，隻能由以最高法院首席法官厄爾·沃倫為首的一個專門委員會來確定他犯有謀殺罪，並斷定刺殺總統乃是奧斯瓦爾德一個人單獨幹的。然而，該委員會的調查報告自發表起就不斷受到人們的批評指責。許多人認為，這個報告既不全麵又不準確。他們聲稱，肯尼迪總統是一宗陰謀的犧牲品。有些人認為，這個陰謀由古巴領袖卡斯特羅策劃，或者由犯罪組織的頭目策劃，或者兩者兼而有之。1979年，眾議院“暗殺調查特別委員會”開始重新調查肯尼迪遇刺一案。經過兩年緊張的工作，主要依靠在1964年時技術上尚做不到的聲學分析得出了結論。根據它的最後報告，奧斯瓦爾德確實從教科書倉庫開了3槍（兩槍命中，一槍落空），包括擊中頭部的致命一槍。但是，一個巡警曾錄下了現場的聲音。聲學專家對錄音帶作了分析，認為有95％的可能性開過第四槍，但不是從奧斯瓦爾德所躲藏的背後，而是從總統座車前方長滿青草的土墩上開的槍。因此，眾議院委員會的報告得出結論，陰謀是“可能的”。此外，該委員會還發現，奧斯瓦爾德與新奧爾良著名的有組織犯罪頭目卡洛斯·馬爾切諾有聯係，因而認為有組織犯罪頭目“或許”參與了暗殺肯尼迪的陰謀。眾議院暗殺調查委員會的首席法律顧問羅伯特·布萊克利在與理查德·比林斯合著的《殺害總統的密謀》（1981年），詳盡而有力地論證了馬爾切諾與另一個著名的黑社會頭目特拉菲坎特是陰謀的幕後策劃者。布萊克利等認為，奧斯瓦爾德一被捕，這倆人就雇用魯比（後來病死於監獄）殺死了他。
但是，聯邦調查局卻認為布萊克利的說法是“站不住腳的”，並堅持其原來的結論，也就是沃倫委員會的結論。有關專家在1982年進行的一項研究也反駁了眾議院暗殺調查委員會的聲學分析。可許多疑點仍沒有得到澄清，爭論還在繼續。肯尼迪遇刺的真相已成為當代美國的一個難解的“曆史之謎”。
花花公子
約翰·肯尼迪的私生活，可以用8個字來概括：花花公子，好色之徒。他除了具有敏銳的政治家的天賦和才能之外，另一大擅長就是特別能討女人的歡心，是一個名符其實的超級情場高手。肯尼迪放浪形骸的情感生活在他生前就頗招人們非議，在他去世後更被傳得沸沸揚揚。白宮這座美國總統的官邸因而在公眾的心目中又增加了幾分神秘感。
肯尼迪出身於豪門之家，自幼受到良好的教育，他思維敏捷，能言善辯，而且英俊瀟灑，有一種令人無法抗拒的男子漢氣質和吸引女性的魅力。他一生有數不勝數的情人。有人說，沉溺於女色是肯尼迪家族的一大特色，他的風流多情得自他父親的遺傳。約瑟夫·肯尼迪在第二次世界大戰前曾任美國駐英大使，他以瘋狂追求女人而聞名。他由於在好萊塢的巨額投資而使自己陷入與眾多漂亮女明星的多角性關係網中，一度大紅大紫的性感明星格洛裏婭·斯文森、格雷絲·凱麗便是他的商業合夥人和情人。他的風流多情無疑對他的兒子產生了直接的影響。