萬國民黨軍隊日夜趕運到解放區周圍，美國海軍陸戰隊迅速在中國沿海各主要港口城市登陸，替蔣介石搶占戰略要地。
《雙十協定》墨汁未幹，蔣介石於1945年10月13日向國民黨軍隊發出“剿匪”密令，大舉進攻解放區，造成了嚴重的全麵內戰危機。
但是，蔣介石的內戰政策遭到中國人民解放軍的堅決回擊和全國人民的反對。在這種情況下，杜魯門任命美國陸軍參謀長、五星上將馬歇爾為總統特使，於1945年12月來華“調解國共軍事衝突”。美國試圖促使國民黨政府召開有各主要政黨參加的國民大會，讓這些政黨在國民政府中有幾個代表席位，以此為條件，誘騙中國共產黨交出軍隊，企圖幫助蔣介石用“和平民主的方法”，不戰而控製全中國。但馬歇爾出使中國的使命實際證明是完全失敗的。
雖然杜魯門政府對蔣介石的獨裁和國民黨政權的貪汙腐化深感不滿，但是美國仍繼續向國民黨政府大量傾注軍事和財政援助。這種援助截止到1950年，共達大約20億美元，但卻使期待著更多援助的國民黨人感到失望。當時美國在停止依據《租借法》援助其他國家後，仍繼續向中國運送租借物資，但杜魯門卻不願對國民黨政府做出大規模援助的承諾，因為他和他的顧問們，已不相信蔣介石能夠避免失敗的命運。事實上，到1949年年底，共產黨人已掃平整個中國大陸。蔣介石帶著他的殘兵敗將，狼狽地逃到了福摩薩（台灣）島。
杜魯門政府對華政策的失敗，引起了美國統治集團內部的一場所謂“誰丟失了中國”的激烈爭吵。為了推卸責任和平息國內政敵的批評，杜魯門政府於1949年8月公布了題為《美國與中國的關係》白皮書，它列舉了大量事實說明國民黨政府的無能和腐敗，不是由於美國的支持不力。
白皮書的序言說：“有人主張，再給國民黨一些援助————軍事的和經濟的———它就能夠消滅中國的共產主義。我們政府能夠獲得的最可靠的軍事、經濟和政治情報並不支持這種見解。”白皮書的結論是，美國已盡其所能來幫助蔣介石抵製共產黨，但中國的情況超出美國的控製能力，美國的努力是無效的。它這樣寫道：“不幸的但亦無法挽回的事實，是中國內戰的不祥結果，為美國政府控製所不及。美國在它能力的合理限度內，曾經做過的或能夠做到的種種措施，都不能改變這個結果。美國所沒有做的種種措施，也不會影響或改變內戰的結果。”
盡管杜魯門為了不背上給國民黨“最後一擊”的罪名，一直沒有把國民黨無可救藥的事實公布於眾；盡管在發表白皮書後，他和國務卿艾奇遜竭力表白自己的反共立場，他們還是招致了一大堆批評。正在這時，1949年9月，蘇聯試爆原子彈獲得成功，打破了美國的核壟斷地位，這極大地震驚了美國朝野。美國發生了繼俄國十月革命後的“赤色恐慌”之後的第二次“赤色恐慌”。此後，美國在國內外所推行的反共活動達到了一個更瘋狂的階段。在國內，麥卡錫主義的逆流十分猖獗，在國外則走到喪失現實地判斷是非的地步。在當權者中間一些人盲目地認為，有大批共產黨同情者隱藏在政府部門內部；對外必定是在某些“不良”的美國人的唆使下，將中國出賣給了俄國人。雖然在1949年夏天，當中共提出與美國接觸並試圖建立一種正常關係，美國許多有識之士也建議美國決策者改弦易轍時，美國當局確曾有過猶豫，特別是1949年10月後曾對中國內戰采取“脫身政策”，以求在外交上的靈活地位；對於中國的劇變，則采取國務卿艾奇遜所說的“等待塵埃落定”的觀望態度。但是反共主義的歇斯底裏和對於“失去中國”不肯善罷甘休的態度，終於促使美國對新中國采取了遏製、孤立的政策，而且，中國的“丟失”還造成美國政策發生了戲劇性的向日本逆轉。