林肯的當選對於南部奴隸製是一個直接的威脅。因為共和黨在選舉中的勝利，意味著反奴隸製擴張的綱領勢在必行。換言之，林肯當選的結果，就會使南部蓄奴製擴展到西部去的美夢完全破滅了。這樣以來，南部種植園奴隸製及奴隸主的統治就麵臨崩潰的危險。正如查爾斯·弗朗西斯·亞當斯所說，隨著林肯的當選，“一場偉大的革命確實發生了。……這個國家已永遠拋棄了奴隸主的統治。”南部蓄奴州對此是洞若觀火的。路易斯安那州的參議員朱達·本傑明形象地說：“你們（共和黨人）說你們不打算進入我們州的，那麼我們還有什麼可以埋怨的呢？你們不要求進入我們州內來用武力殺死或毀滅我們的製度。嗯，不是的，你們模仿拉達米斯塔斯 的教義：你們擁抱我們隻不過是為了悶死我們。你們不打算把樹砍掉，你們答應不這樣做。你們隻是打算剝去一圈樹皮，於是樹便死了。”南卡羅來納州一位奴隸主的妻子在日記中寫道：“刺激是巨大的。”南部到處籠罩著絕望和沮喪的氣氛。在查爾斯頓和孟菲斯等地，分離分子將此看作是分裂聯邦的契機，準備訴諸戰爭。一位政客殺氣騰騰地喊道：“你們想把我們在合眾國領地上價值40億美元的財產（指黑人奴隸———引者）置於法律保護之外。難道這不是戰爭的理由嗎？”
南卡羅來納州首先“發難”。12月2日，該州議會召開會議，宣布退出聯邦。其後在6個星期的時間內，密西西比、佛羅裏達、亞拉巴馬、佐治亞、路易斯安那、得克薩斯這6個州的議會也召開了會議，均以壓倒多數的票數通過了脫離聯邦的法令，到1861年2月9日，上述各州的代表在亞拉巴馬州的蒙哥馬利市舉行會議，通過了一個“美利堅諸州同盟臨時憲法”，並推舉傑斐遜·戴維斯為臨時總統，亞曆山大·斯蒂芬斯為副總統。
南部奴隸主竭力為自己的分裂行為進行辯護，聲稱：“分離不同於單純的革命權利，而是符合憲法。”他們強調各州不僅有權不服從“違憲”的法律，而且享有對國會法令的“廢止權”。他們認為“分離權”也屬州權範疇，而州權本身是得到1787年憲法承認的，所以分離無可置疑地符合憲法。他們甚至把南部“正在席卷一切的狂濤般的激情”說成是“一場革命”，“一場最激烈的革命，如同園丁的水壺撲不滅燎原大火一樣，這場革命是任何人也阻擋不了的。”
但是，南部分離主義者的這些觀點顯然是詭辯之詞。因為1787年製定的聯邦憲法畢竟是國家的根本大法，是國家主權的體現。它固然承認各州保留某些權利，而且聯邦政府不能任意幹涉這些權利。即使這樣，這些州權仍然是非主權性的。南部奴隸主把州權上升為主權，借以脫離聯邦，這從根本上背離了憲法的精神。南部奴隸主分裂聯邦另建“美利堅諸州同盟”（簡稱“南部聯盟”），並私立憲法，實際上已把自己置於與聯邦憲法完全對立的地位，這無異於是非法的叛逆行為。
正當南部地區迅速采取分裂行動的時候，北部還處於搖擺混亂中。布坎南總統與當時的國會雖大權在握，但卻沒有應急的措施；另一方麵，布坎南和他的內閣的多數成員都是南部人，自然會存在著偏袒南部蓄奴州的傾向，盡管總統本人仍不同意分裂聯邦。
對於共和黨人來說，他們雖然贏得了大選的勝利，可新總統林肯得等到翌年3月4日才能就職，到那時，南部同盟將成為事實。在權力過渡期間，他們也采取不了明確而有效的對策。
當此之時，共和黨的激進派史蒂文斯等人在發表演說時嚴正指出，南部諸州脫離聯邦是叛亂行為，必須嚴懲不貸。在費城、紐約等城市，工人們舉行了大規模的遊行示威，高舉“聯邦是國家的基石”的標語，憤怒聲討南部奴隸主的倒行逆施行為。著名的廢奴主義者、黑人領袖弗雷德裏克·道格拉斯呼籲：現在已經到了必須用劍、步槍、火藥和彈丸去粉碎奴隸主叛亂的時候了，舍此不能保全聯邦。
北部民主黨人卻在很大程度上同情叛亂，其右翼“銅頭蛇”分子甚至鼓動叛亂。各邊界蓄奴州雖然沒有立即參加叛亂，卻也不積極支持聯邦政府，采取一種觀望的態度。共和黨保守派則極力主張同南部妥協，他們聯名上書聯邦政府，要求國會出麵斡旋。