1813年9月，佩裏上校率領一支由8艘軍艦組成的艦隊在伊利湖上的戰鬥中取勝，迫使英軍放棄底特律，退守尼亞加拉一線。佩裏艦隊襲擊了加拿大的約克城，但因安大略湖一帶的英國海軍力量較強，又退守美國邊境。
美軍既然不能在英國忙於歐洲戰爭時取得戰略突破，那麼在1814年拿破侖被打敗後，必然麵臨英軍的大規模進攻。英軍增派海軍封鎖了大西洋沿岸，並在尼亞加拉、尚普爾和新奧爾良地區發動進攻，深入美國本土。1814年6月，英將羅伯特·羅斯率領4，500名精兵進抵華盛頓，而此處美軍僅有數百人，無力抵擋英軍凶猛的攻勢。8月24～25日，首都華盛頓失陷，英軍放火燒毀國會大廈、白宮等重要建築。這次閃電戰迫使麥迪遜總統夫婦逃往弗吉尼亞避難。然而，英軍在繼續向北進攻巴爾的摩時，遭到重創。不久，又傳來美軍在尚普爾湖勝利的捷報。1815年1月，傑克遜將軍在新奧爾良一舉殲滅英軍2，000人，成為美國在戰爭中最大的一次勝利。
早在1814年8月，美、英代表就開始在比利時的根特舉行結束戰爭的談判，但由於雙方所提條件不能為對方接受，再加上當時戰場上形勢還不明朗，故而會談數月沒有多少進展。但到1814年12月，由於歐洲形勢的牽製，英國急於結束戰爭，雙方才簽訂了結束戰爭、維持戰前邊界的和約。第二年2月，美國總統和國會批準了和約。第二次美英戰爭遂正式宣告結束。
1812年戰爭往往被稱為第二次獨立戰爭。它排除了美國資本主義的最大外部威脅，保證了美國走上獨立發展的道路。填補了由中止與歐洲貿易所造成真空的國內工業從戰爭中脫穎而出，成為美國經濟中一支充滿活力、蓬勃發展的力量。戰爭的結果是使美國擺脫了對英國經濟的依賴，從而有利於美國近代工業化的發展。
這次戰爭推動了全國範圍的團結，鞏固了新生的共和國，它調動並加強了美國人民的愛國主義情感。正如艾伯特·加勒廷所言：“戰爭重新恢複了革命給我們的後來逐漸減少的民族感情和特性，我們比過去更加美國化了，我們更加作為一個民族來感覺和行動了。”由於聯邦黨在戰爭期間采取親英立場，尤其是1814年12月至1815年1月，新英格蘭的聯邦黨人在康涅狄格的哈特福德召開秘密會議，嚴厲譴責“麥迪遜先生的戰爭”，要求修改憲法，甚至打算使新英格蘭各州與聯邦分離。
這一背叛行為大失人心，導致了聯邦黨的解體，民主共和黨成了單一的政黨。
1812年戰爭所激發的國家主義，規定了此後10年美國政治的方向。這次戰爭暴露了美國防務、交通和金融方麵的弱點，推動了美國政府采取強有力的國家主義政策。1815年，麥迪遜出於對國家安全的考慮，建議要充分保持陸軍和海軍，要開征國內直接稅和保護性關稅，並要求成立一個新的國家銀行。耐人尋味的是，這些政策建議原本都是聯邦黨的主張，而民主共和黨自建立後長時期內就反對在和平時期保持軍隊和征收國內稅，並曾聽任第一個國家銀行在1811年壽終正寢。
這實際上說明，聯邦黨雖然衰落了，一蹶不振了，但它的經濟政策和某些政治主張仍有可取之處，仍符合美國曆史發展的需要。因此，麥迪遜政府不失時機地提出了一個範圍廣泛的國內計劃，旨在加快經濟建設的步伐。1816年，麥迪遜簽署了《第二合眾國銀行法》，並敦促國會通過新的關稅條例，關稅率較1812年戰爭時增加1倍以上，以保護發展中的民族工商業。麥迪遜在其1816年12月最後一次年度谘文裏，不僅要求采取步驟，以建立一個“廣泛的公路和運河體係”，而且還建議在華盛頓創辦一所國立大學。應該承認，這些國家主義的改革主張都是頗富遠見的。這一係列措施的實施，迎來了美國一個時代的繁榮時期，也開創了空前統一的“和睦”局麵。
麥迪遜在兩屆總統任期結束後，尊重華盛頓、傑斐遜隻擔任兩屆的先例，不再參加競選，並把他的國務卿門羅推向白宮新主人的位置上。