漢密爾頓的聯邦黨代表了美國東北部工商業和金融業資本家的利益，主張建立強大的中央政府，來保護本國資本主義經濟的發展。在任財政部長期間，漢密爾頓為扭轉國家財政的紊亂狀況，恢複國家的信用，製訂了一係列政策，如建立國家銀行，保護關稅和發展製造業，聯邦政府承擔各州債務等。這些政策的實施，使東北部的資產階級大獲其利，卻遭致了南部種植園主和西部邊疆白人農場主及廣大小農的不滿。
反映這些農業集團願望和利益的民主共和黨猛烈抨擊漢密爾頓的經濟政策。他們認為，漢密爾頓斷章取義地解釋憲法的有關條文，尋找建立國家銀行的理由和政府為製造業提供補貼的法律依據。以曆史的眼光來看，傑斐遜式的農業理想國思想是難以實現的，但是因當時90％的美國人都居住在農村，故而傑斐遜的主張擁有較為廣泛的群眾基礎。
漢密爾頓及其在國會中的追隨者試圖建立一個高高在上的強有力的政府，這勢必要侵犯各州的民主權利和來之不易的公民自由。他們從“人性惡”的觀念出發，認為人民反複無常，缺少判斷力和決策力，是不值得信賴的。政府應由傑出的富於教養的人來治理。但是，在傑斐遜看來，這些思想都是十分荒謬的、危險的，因為它們與自己篤信不移的“天賦人權論”、“社會契約論”格格不入。這些有害的思想如果加以實踐，將會導致專製和暴政。
漢密爾頓和傑斐遜的分歧在美國的外交政策方麵也表現出來了。
漢密爾頓認為，美國的財政來源主要是占其年收入1／4的進口稅，而美國進口的約90％來自英國。如果與英國發生衝突，會危及美國的利益，因此他主張與英國保持友好關係。民主共和黨的領袖之一詹姆斯·麥迪遜的思想恰恰與之相反。麥迪遜認為，英國商品大量湧入美國，固然使美國以進口稅的形式增加歲入，但是也會妨礙美國民族工業的發展。有鑒於此，麥氏主張美國應擴大對法國的貿易，同時對英國以貿易歧視的辦法迫使其給美國貿易特惠權，並迫使其在外交上做出讓步。
而傑斐遜則是從政治上熱情稱頌法國大革命，主張美國應承認法國共和政府，遵守北美獨立戰爭期間簽訂的美法同盟條約。漢密爾頓派和傑斐遜派盡管有這些分歧，他們之間的鬥爭日漸激烈，傑斐遜因不滿於漢密爾頓過多地插手外交事務，甚至於1793年憤而辭去國務卿之職務，但如據此給他們分別貼上“親英”、“親法”的標簽則不免失之簡單化。實際上，漢密爾頓和傑斐遜兩人外交策略的主導思想是沒有差異的，都在於維護美國的國家利益，隻不過他們各自的外交策略有所不同罷了。
由於內閣主要成員政見分歧嚴重，這就使作為總統的華盛頓左右為難，頗不順心。當時，英國聯合歐洲其他君主國一起攻擊新生的法蘭西共和國，幾乎整個歐洲都卷入了戰爭。華盛頓小心翼翼地宣布了“恪守中立”的外交政策聲明，但它遭到了傑斐遜及其追隨者的批評。1795年參議院以微弱多數通過後，經華盛頓簽署生效的《傑伊條約》，使原本緊張的英美關係有所緩解，在一定程度上改善了美國的貿易和國內經濟狀況。但由於條約對英國做了屈辱性的讓步，結果華盛頓政府遭到來自民主共和黨人的更為激烈的抨擊。麵對各種批評和詰難，華盛頓內心當然十分痛苦，但是作為開國總統，他總是能夠保持高度的克製和忍耐，以大局為重，顯示了一個成熟政治家的恢宏氣度和寬以待人的美德。
1796年是華盛頓執政的最後一年。美國貿易狀況明顯改善了，英軍和平地撤出了西北要塞，國內經濟發展迅速，政局趨於穩定。盡管黨爭現象仍然存在，但對華盛頓攻擊的勢頭已大大降低了，許多人又恢複了對他的尊敬和崇拜，要求他連任的呼聲日漸高漲。但是，華盛頓卻早已決心離開紛擾嘈雜的政壇，歸隱山林，安享田園風光。在這年春天，他開始起草自己將要告別總統職位的演說。在這個過程中，他征求了漢密爾頓的意見，幾易其稿，前後用了幾個月的時間。9月19日，這篇被稱為《華盛頓總統告別詞》的文章在費城的《每日新聞報》正式發表了。