秋高氣爽的9月，平靜的江華島海麵忽然駛來一艘日本軍艦，朝鮮海軍發出信號令其不要繼續前行。然日艦以測量海口為由擅自闖入朝鮮領海。日本政府以此為借口，強迫朝鮮開放通商口岸。同時，日本外務少輔森有禮到中國同總理衙門談判中朝宗藩關係問題。森有禮強調，中國對朝鮮內政外交一概不予幹涉，朝鮮不是中國的附屬國。《中日修好條規》不適用於朝鮮事務，日本與朝鮮之間的分歧與中國無關。總理衙門大臣奕訢則表示：朝鮮自古是中國的附屬國，與中國領土無任何區別，符合中日條約中“兩國所屬邦土不可稍有侵越”的規定。李鴻章遠在天津，卻始終密切關注著事態的發展。李鴻章認為，日本表麵上與朝鮮議和，實則在積極備戰，以策動更大規模的戰爭。朝鮮與中國一衣帶水，唇亡齒寒，如果朝鮮被征服，日本的下一個目標就是中國。然中國的洋務事業剛剛展開，一旦發生戰爭，多年努力都會付之一炬。李鴻章經過再三權衡，決定犧牲朝鮮利益。森有禮與奕訢談判陷入僵局後，繞道保定拜訪李鴻章。森有禮對李鴻章說：“國家間的事情，主要靠實力說話，大可不必依照條約辦事。”李鴻章針鋒相對：“如果隨便違反條約，恐怕萬國公法不會允許。”森有禮蠻橫地說：“不管怎麼說，朝鮮已不是中國的屬國！”李鴻章平靜地答道：“朝鮮一直在沿用中國的曆法，怎麼不是中國的屬國？”森有禮藉著酒勁大叫道：“取了朝鮮又有何好處？”這句話本是對中國而言，李鴻章冷笑一聲，道：“我就送你八個字，‘徒傷和氣，毫無利益’！”森有禮一時無話可說，頓時軟下來，請求李鴻章勸說總理衙門，讓朝鮮接待日本使臣。
果然，李鴻章勸說總理衙門對日本作出讓步，以表示對日本“格外和好”。朝鮮失去中國的支持，很快同日本簽訂不平等條約。從此，朝鮮成為“自主之邦”，與中國沒有任何關係。不久，日本勾結朝鮮政府中的親日派陰謀發動武裝政變。朝鮮軍民與駐朝清軍聯合起來粉碎了政變。日本政府任命伊藤博文為全權大使，同清政府談判朝鮮善後事宜。中日雙方達成協定：中日軍隊撤離朝鮮；如朝鮮發生重大事件，中日兩國擁有同等的用兵權。
1894年，朝鮮爆發“東學黨”起事。朝鮮政府通過清駐朝商務總辦袁世凱轉告李鴻章，希望清廷出兵鎮壓國內起事。袁世凱在致李鴻章的電文中說：“朝鮮政治腐敗至極，國王四處購買玩物，宮中日夜歌舞不休，兵士已四個月無餉可發。”日本駐朝使館翻譯鄭永福對袁世凱說：“朝鮮發生內亂，政府又無能力解決，真令人擔憂！貴國為何不助朝一臂之力？我國對此事絕不幹預。”同時，日駐天津領事亦向李鴻章刺探軍情。李鴻章答曰：“朝鮮政府請求派兵，我們不會袖手旁觀！”接到袁世凱的電報，李鴻章決定派兵開赴朝鮮，同時令駐日公使汪鳳藻通知日本政府中國已出兵朝鮮。日本得知中國出兵的消息，以保護本國商人為由，出兵占領漢城。袁世凱見日本人出爾反爾，即刻沒了主意，電報詢問李鴻章如何處理。李鴻章告訴他，不必慌張，靜觀其變。李鴻章將希望寄托於英美等列強的外交調停。這下急壞了僅有幾千兵力的袁世凱。他不斷催促李鴻章出兵朝鮮。後世不少史學家詬病袁世凱是挑起中日戰爭的罪魁禍首，這種說法值得商榷。由上可見，其實日本政府才是挑起甲午戰爭的真正元凶。然李鴻章對袁世凱在朝鮮的表現非常滿意，後一直對其抱有厚望，臨死前還向慈禧太後極力保薦：環顧中國大小臣工，無一人比袁世凱更為出色。
剛剛親政、急於有所作為的光緒帝對李鴻章遲遲不肯出兵極為不滿，多次令其出兵朝鮮。李鴻章奏曰：北洋海軍可戰之船共有八艘，其餘隻能運輸軍餉和平時操練，海上交鋒沒有必勝把握；陸軍兵力亦捉襟見肘，如抽調大部出境援朝，國內防務勢必空虛。因此，我軍應采取防守戰略。光緒帝駁回李鴻章的奏議，下撥三百萬兩白銀，要求其積極備戰，隨時準備出兵援朝。李鴻章仍然按兵不動。李鴻章一再拖延，引起朝中大臣的普遍不滿。他們紛紛上書彈劾，認為他貽誤戰機、畏縮退讓。日本軍隊占領朝鮮後，一直在尋找對中國發動戰爭的借口，李鴻章偏偏不采取任何行動，使日本白白在朝鮮耗費時日。