琅威理辭職後，在華的外國報紙紛紛為琅氏鳴不平，譴責李鴻章背信棄義。《中國時報》報道說，琅威理純粹受騙上當。因為聘任合同寫得明明白白，琅威理必須擁有實權。升旗事件絕非偶然，而是李鴻章和北洋軍官的卑鄙陰謀。《北華捷報》描述得更為悲壯：外國人以辛勤勞動和忠誠人格換來的卻是忘恩負義、過河拆橋。除非外籍軍官與中國人同流合汙，慵懶墮落，否則便會遭到嫉妒和排擠。事件不斷升級，漸至超出李鴻章和琅威理的個人矛盾，上升為中英兩國間的外交衝突。英國政府態度強硬，禁止英國軍官為中國軍隊服務，驅逐英國海軍學校的中國留學生。中英關係因琅威理辭職事件陷入僵局。
北洋海軍覆亡
北洋海軍成軍後，東起鴨綠江，南到膠州灣，以大沽、旅順、威海為防禦重點，初步形成了海上防禦體係。
大沽是北洋海軍的第一個軍事基地。大沽毗鄰京津，為京師海上門戶；也是李鴻章的根據地，便於李鴻章控製指揮。鴉片戰爭以來，大沽口曆經三次外敵入侵，僅存五座破損的炮台。李鴻章視察大沽情形後，認為破損炮台的台基尚可利用，但需加固營壘，前邊加築西式護台。李鴻章增建炮台多座，調運新式大炮，出海口由北洋艦隊與淮軍共同鎮守，大大增強了大沽的防禦能力。不久，五座船塢構成的大沽軍港體係漸次形成。除船塢外，李鴻章還設立了與之配套的煤廠、汽機房、鍋爐房、熟鐵廠、炮廠等一係列工業。然這畢竟是第一次嚐試。大沽船塢建成後，李鴻章才發現其隻能容納體積較小的炮艇，鐵甲艦、巡洋艦根本無法容身。鎮遠、定遠、揚威等巨型戰艦終日停泊在港灣之外，遇有問題隻能到上海的洋船塢中修理。建立新港迫在眉睫。李鴻章最終選擇了旅順。
旅順扼渤海咽喉，守津京門戶，且水深口小，常年不凍，是難得的天然良港。為避免同樣的失誤，李鴻章特意委派英、德兩國專家赴旅順挑選築台和建塢的具體地點。旅順港曆時十年建成，耗資三百多萬兩白銀，前後分兩期竣工。第一期工程結束後，旅順港漸成規模，擁有炮台二十餘座、大炮八十餘門，攔水壩、積水渠、鐵路及碎石馬路、電報局、醫院等配套設施一應俱全。第二期施工時，李鴻章采用公開招標形式，權衡再三，選定一家法國公司承建。法國工程人員頂著英、德等國的壓力，使旅順港工程順利完工。此後，李鴻章又建成供停泊操練之用的威海衛基地，從而形成大沽、旅順、威海的三角防禦體係。
李鴻章創設的北洋海軍始終把日本作為假想敵。明治維新前，日本和中國的差距並不明顯。兩國都遭受著西方列強的侵略。清政府求強求富的同時，日本也進行著維新改革。日本政府製訂了極具蠱惑力的擴張計劃：“為征服中國，須先征服‘滿蒙’；為征服世界，須先征服中國！”
1871年，李鴻章在天津與日本政府簽訂《中日修好條規》。李鴻章覺察到日本政府咄咄逼人態勢背後的野心，即首先占領朝鮮，進而侵略中國。因此談判過程中，李鴻章對朝鮮采取保護措施，堅持朝鮮是中國的附屬國，由中國決定其內政外交，其領土受中國保護，同時告誡日本政府同朝鮮應化幹戈為玉帛。1873年，日本外務卿副島種臣到中國換約，以祝賀同治皇帝大婚親政為名，入京呈遞國書。副島的部下柳原詢問總理衙門大臣毛昶熙：“朝鮮政令是自己決定還是中國做主？中國平時是否過問朝鮮內政？”毛昶熙不明就裏，答曰：“朝鮮內政外交一切均由自己做主，與中國無關。”柳原摸清底細後，向副島作了詳細彙報。副島聽後不露聲色，回國路經天津時謁見了李鴻章。李鴻章一再囑咐副島吸取曆史上豐臣秀吉出征朝鮮失敗的教訓，盡快與朝鮮“修好”，不要使用武力。副島做出很恭順的樣子說：“您所言極是，我亦認為應如此辦理。”副島種臣回國後，立即向天皇彙報了中朝關係近況，請求出兵侵略朝鮮。