在進行統一戰爭的同時，多爾袞也開動了整個國家機器，力圖使其正常運轉。在政治體製上，他無法完全采用在關外時期的一套來治理如今這樣龐大的國家，而是接受了明皇朝的現成製度，並且任用所有明朝的叛將降臣，因而十分得心應手。在中央機構中，仍以六部為最重要的國家權力機關，尚書皆由滿人擔任，但王貝勒親理部事的製度卻在入關前夕廢除掉了。到順治五年，多爾袞於六部實行滿漢分任製度，命陳名夏、謝啟光等六漢人侍郎任漢尚書，但其地位要低於滿尚書，金之俊對此曾表示不勝感慨，更不勝恐懼。多爾袞力圖表現得比較開明，因此除原有的都察院之外，六科十三道也保留了下來，並一再鼓勵官員犯顏直諫。總的來說，中央機構中雖承明製，但也保留了某些滿族特有的製度。除滿官權重這一點外，還引進了議政王大臣會議、理藩院等機構，其內院的權力比起明代的內閣要小得多，並對原明臣試圖增大內院權力的努力加以壓抑。地方機構不同一些，由於新朝急需用人，所以普遍任用了降清的漢官。如多鐸克南京後，把南下途中招降的明將吏三百七十二人分別任命各級職務。洪承疇總督江南軍務後，也一次推薦舊官一百四十九名，這些都得到多爾袞的批準。多爾袞把明朝遺留下來的國家機器全盤繼承下來，乃是為適應清朝以少數民族入主中原而施行的明智之舉，但急於補缺，寬於任人，難免把明皇朝的弊習帶到新皇朝來。
對於吏治，可以說多爾袞是加意整飭的。明代胥吏之弊遺留入清，他曾批示：“衙役害民，從來積弊。..如果有巨奸，即加重治，嚴禁重蹈明朝故轍。”如，發現吏部中有四名小吏，為害甚多，他批示道：“三法司嚴審追擬，毋得徇縱。”府、州、縣守一級，貪劣者亦不乏其人。如牛金星之子牛銓，降清後任黃州知府，他在任上貪汙受賄，被人舉劾。多爾袞批道：“牛銓著革了職，並本內有名人員，該督撫按提問具奏，該部知道。”最貪酷的大員當屬福建巡按周世科，其為非作歹，令人發指。被人參劾之後，多爾袞批示革職，並令督撫按審問定罪，最後將其就地斬首。此外，他還十分重視傳統的京察大計，對各級官員嚴格考核。順治七年正月，大計全國官員，對謝允複等八百一十六名官員分別加以革職、降調、致仕。
除整頓舊官之外，多爾袞還注意選用新人。他自稱：“別的聰明我不能，這知人一事，我也頗用功夫。”所以自入北京伊始，便多次下詔各地征聘“山澤遺賢”。此外，在順治元年十月的登極詔書中，還規定了重開科舉的製度，並於順治三年、四年、六年舉行了三次會試，共取進士一千一百人。首科之中，出了四位大學士、八位尚書、十五位侍郎、三位督撫，還有都察院副都禦史、通政司使、大理寺卿、內院學士等六位高官，如傅以漸、魏裔介、魏象樞、李霨、馮溥等均出自是科。其他人也都充實到中央和地方的各級機構中，成為新朝統治的骨幹力量。
由於明末清初動亂不安，社會經濟十分凋敝，而要想使社會安定，非恢複和發展經濟不可。清軍入關甫一月，漢官宋權便提出：“盡裁加派弊政以蘇民生”。多爾袞便批示道：“征輸須循舊額，加派弊政速宜停止。”十天後便發布“大清國攝政王令旨”，向全國人民宣布取消明末加派。但從主觀上說，清政府按萬曆年間則例征派賦稅，免除了天啟、崇禎時期的加派，而萬曆末年加派之遼餉通共五百二十萬兩照征如故；從客觀上說，由於連年戰爭，經濟支出龐大，所以一些“雜費”的征派逐年增加。百姓一聽說開征便想方設法逃避。賦稅征收不上來，無法支付軍費，戰爭卻始終不得結束，形成惡性循環。對這個問題，多爾袞費盡了心機，他在會試中兩次以此為題，征求貢士們的意見，又兩次召開中央各部門的聯席會，討論能否在不加派的前提下增加收入，減少不必要的支出。盡管其效果甚微，但用心還是好的。在多爾袞攝政期間，他還努力整頓賦役製度，實行招民墾荒的政策，但都不很成功。他在漕政和鹽政上下了大功夫，試圖增加國家財政收入，對總收入略有小補。總的來說，多爾袞的政策是最大限度地收取可能收取的財富，而又不致激起人民的進一步反抗，才勉強維持政府機器的運轉。所以，清初統治者一直吃力地掙紮在財政泥沼之中，難以自拔。
然而，在導致清初經濟遲遲不得恢複的因素中，還有圈地、投充、逃人三大惡政。
隨著清皇朝定都北京，大量八旗官兵及其族屬也進入關內，其生計便成了問題。多爾袞於順治元年十二月下令清查無主荒地，建立八旗莊田。但實際上並非如此，而是見好田就圈，不管是有主還是無主。若是有主之田，表麵上換撥給其他土地，但大多是不毛之地，無法耕種，甚至根本找不到所撥之地。到順治二年九月，由於關外兵民繼續湧入，多爾袞下令繼續擴大圈地，河北、山東、山西等地均深受其害，人民或流亡、或反抗，官員們也紛紛諫阻。與此同時，一些漢人被迫帶地投入滿洲貴族旗下，不致背井離鄉，還有一些地痞無賴隨意指稱別人之地是為自己所有，攜帶投充，迫使土地原主也成為旗下之奴。順治二年三月，多爾袞準許貧民投充，這無疑為滿人通過各種方式增加自己的奴仆數量提供了借口。圈地和投充的直接後果就是“逃人”問題的嚴重。土地被圈或被逼投充後成為旗下奴仆的漢族百姓，無法忍受殘酷的壓迫而紛紛逃亡。多爾袞在順治三年五月時發現，“隻此數月之間，逃人已幾數萬”。因此多次下令加重對逃人及有關人員的懲罰，即使因父子、夫婦、兄弟團聚而逃的也都得不到寬恕。但效果卻適得其反，順治六年時旗下奴婢“今俱逃盡，滿洲官兵紛紛控奏”。由於清統治者把這些看成是維護國體和事關八旗特權，所以凡官員為這些事上疏參劾的，一律予以嚴懲，致使這些惡政擾害社會達數十年之久。