在不到一年裏，多爾袞為清朝立下了兩件大功：一是擁戴福臨，鞏固了新的統治秩序；二是山海關之戰中運籌帷幄，擊敗了農民軍，占領了北京城，開啟了清皇朝入主中原的曆史一頁。特別是他占領北京之後，嚴禁搶掠，停止剃發，為明崇禎帝朱由檢發喪，博得了漢族士紳的好感，然後迎請順治小皇帝赴京登基，很快穩定了占領區內的形勢。這些功績，在順治元年開國大典上均得到表彰，不僅給他樹碑立傳，還賜他大量金銀牲畜和衣物，並封他為叔父攝政王，確立了他不同於其他任何王公貴族的顯赫地位。
李自成退入山陝之後，原明朝降官降將紛紛反水，但他在順治元年（1644）六月仍積極準備反攻，坐鎮平陽（今山西臨汾），分兵三路北伐。另一支農民軍在張獻忠率領下已建大西國於成都，統一了全川，而多爾袞對此尚不了解。其他小規模的農民軍則更是活動頻繁，使近畿地區常常飛章告急。除此之外，殘明勢力已於五月中擁戴福王朱由崧為帝，定都於南京，改年號為弘光。雖然其政權君昏臣暗，但畢竟尚擁有中國南部的半壁富庶江山，兵多糧足，構成清朝統一中國的障礙。
在這種情況下，多爾袞的戰略是：對農民軍的主要力量堅決消滅，其中對地方小股起義、“土賊”則剿撫並用；而對南明政權則是“先禮後兵”。在此方針領導下，多爾袞先後派葉臣、石廷柱、巴哈納、馬國柱、吳惟華等進攻山西，十月攻陷太原，進而包圍陝西。同時，多爾袞派出大量降清的明官對南明君臣招撫，並寫信給南明閣臣史可法，提出“削號歸藩，永綏福祿”。在南明派出左懋第使團來北京談判過程中，他將其軟禁起來，並不給予明確的答複。此時，清軍已於九月占領山東，十月進據蘇北，與史可法的軍隊沿河相峙。在這種形勢下，多爾袞認為全麵進攻農民軍和南明政權的時機已經成熟，便於十月先後命阿濟格和多鐸率軍出征，向農民軍和南明福王政權發起了戰略總攻。就當時雙方力量對比而言，多爾袞過高地估計了自己的實力。由於他雙管齊下，本來不多的兵力卻分兵作戰，兵分則勢弱，容易被分別吃掉；況且此舉很容易引起漢民族的同仇敵愾，使他們暫釋前嫌，有可能攜手作戰。就在這年十月，大順農民軍二萬餘人進攻河南懷慶，獲得大勝。敗報傳來，給多爾袞猛然敲了警鍾。他立即令多鐸暫停南下，由山東入河南，與北麵的阿濟格軍對陝西形成前後夾擊之勢。曆史的偶然性再一次救了多爾袞，使他得以在戰略上改變兩個拳頭打人的方針，而集中優勢兵力，各個擊破。很快，多鐸於十二月底破潼關，李自成放棄西安轉移。多爾袞下令由阿濟格追擊農民軍餘部，而多鐸則繼續南下。至順治二年（1645）二月，農民軍連戰失利，五月，李自成犧牲於湖北通山之九宮山。這時多鐸軍已克揚州，史可法殉難。接著，清軍渡長江，南京不戰而克，朱由崧被俘，弘光政權滅亡。
這一連串的勝利不禁使多爾袞喜出望外，他以為天下就此平定，江山已歸一統。五月底，他已對大學士們表示要重行剃發之製，六月初，正式向全國發布剃發令。這好像是一根導火索，一下點燃了各地的抗清烽火。本來清軍南下就打破了南明官紳“聯清抗闖”的迷夢，魯王政權、唐王政權已紛紛建立起來，這一下則更激化了民族矛盾，使各階級各階層的漢族人民紛紛起來抗爭，其憤怒的情緒，如火山爆發，正如一首詩寫道：“滿洲衣帽滿洲頭，滿麵威風滿麵羞。滿眼幹戈滿眼淚，滿腔忠憤滿腔愁。”魯王朱以海政權曾在十月給清軍以重創，被時人評論為“真三十年來未有之事”。唐王朱聿鍵政權也頗想有所作為，在仙霞嶺一線設防備戰，但終因這兩個政權的腐朽，內訌不斷，而被清軍各個擊破。
抗清力量的主體是李自成、張獻忠農民軍的餘部和自發起義的廣大人民。大順農民軍餘部李過、高一功、郝搖旗等與南明何騰蛟、堵胤錫部聯合抗清，在湖南等地連獲大捷。張獻忠犧牲後，大西農民軍在李定國等人率領下，與永曆政權聯合，也接連掀起抗清高潮。其他如山東揄園軍、山西呂梁山義軍等亦在北方暴動，搞得多爾袞防不勝防。根據《清世祖實錄》的不完全統計，從順治二年七月起到五年七月止的三年中，關於反清鬥爭及清兵攻擊農民軍的記錄就達一百二十條左右，而官書未載的小規模鬥爭更是不計其數。此外，還有明降將金聲桓、李成棟、薑瓖等人各懷著不同的目的在江西、廣東和山西宣告反清，也使多爾袞一時手忙腳亂。雖然各地起義由於各種各樣的原因先後為清軍鎮壓下去，但直到多爾袞離開人世，他也沒能看到一個他所希望的“太平”天下。盡管多爾袞在戰爭中充分顯示了他的軍事才能，但由於他製定的某些政策失當，而引起連年戰亂，並招致政治、經濟等一係列社會惡果。