朝廷早就感覺到曾國藩的潛在威脅，他們開始瓦解曾國藩的組織，削弱其勢力。朝廷在表麵嘉獎的同時采取了排擠、壓製的策略。他們一方麵提拔曾國藩屬下的一些湘軍將領，提高他們的地位，擺脫客觀上與曾國藩的從屬關係，如對左宗棠的迅速提拔，讓左宗棠領楚軍，任陝甘總督，利用曾、左不和製衡曾國藩；另一方麵，則刻意去壓製曾國藩的死黨，如對曾國荃的嚴厲申飭等。
對於朝廷的擔憂和用意，曾國藩心如明鏡，明白得很。因而心中十分惶恐，一心想著如何避開功高招忌，免遭“狡兔死，走狗烹”的厄運。為了使清政府能夠對自己放心，曾國藩做得很徹底，除了停解厘金和裁減部隊外，曾國藩還用了其他方式保全自己。
其一，他爭取江南士子的擁護，在江南蓋貢院，並將因戰亂而停止的科舉考試恢複，使那些熱心功名的讀書人有了考試致仕的機會，贏得了讀書人的大力擁護。
其二，他不僅裁撤了四萬多湘軍，還在南京建造旗兵營房，請北京的閑散旗兵南來駐防，並發給全餉。這樣，江南駐兵就不僅僅是隻有湘軍了，從而讓朝廷放心一些。
其三，他從自己開始，削弱自己的權力。他主動上奏請辭“節製四省”的軍政大權，而隻任“兩江總督”。當時的曾國藩，可謂大權在握，無人比肩。一身兼欽差大臣、兩江總督、節製四省軍政大員，還是協辦大學士，並有太子少保銜，東南半壁，幾乎全在自己手中。這樣大的權力，曾國藩日日為之膽寒，很早就有心辭去一些。早在同治元年湘軍攻打雨花台時，曾國藩就感到自己權高位重，怕平定太平軍後不能保身，打算辭去兩江總督和欽差大臣之職。要不是幕僚和曾國荃竭力反對，那時候就堅辭不受了。這一次，曾國藩再次請辭，隻任兩江總督，不能“節製四省”，這是李鴻章出的主意，說要是都辭的話，讓清政府無法安置他，反倒不好。這一下，曾國藩一下子從一個“東南王”成為一方疆吏，至少從表麵上不再具有登高一呼的能力了。清政府略略放心，曾國藩也才略略開心。
其四，曾國藩勸弟弟曾國荃也以生病為由告假開缺。這樣才能真正保住性命，長承恩澤。其實曾國藩明白，清政府最忌諱的就是曾國荃手上的那五萬湘軍，這支湘軍不僅能征善戰，而且絕對是曾家兄弟的嫡係，這支軍隊能打敗勢力強大的太平軍，那也足可以推翻本就不怎麼牢固的清王朝，隻要曾國荃一日不走，這支軍隊就還是姓曾。所以，清政府在攻破天京後不久，就任命曾國荃為浙江巡撫。
與曾國藩的老練沉穩不同，曾國荃性格直率，因為並沒有讀多少書，做事非常魯莽，從來不掩飾自己的內心想法，脾氣火暴，急功近利，而且權欲很大。他可不會輕易舍棄手中的權力。而且因為急於邀功，他在上報攻破天京的奏折中稱全部肅清，城內“長毛”全部舉火自焚，但後來又發現幼天王已經在李秀成的保護下逃出城去，惹得朝廷嚴厲申飭，並在上諭之中用言辭敲山震虎：“曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。唯所部大臣，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。”這一道上諭之中對曾國藩讚譽有加，認為他資曆和功績都不計其數，但曾國藩卻一點兒都高興不起來，因為對曾國荃的點名批評就是在打他的耳光。
在諭旨之中，曾國荃成為對上不敬、小勝而驕的代表，語言之間流露出不滿，表示如果想要“長承恩眷”就必須要小心謹慎，嚴加管教。在此寥寥數語之中，可謂殺機暗藏。曾國藩深知朝廷用意，因而力勸弟弟幹脆連巡撫也不做了，告病開缺，回家休養，以消朝廷嫌疑，以保身家安全。
在大功告成之日忽然抽身，讓曾國荃很不能理解，而且他認為自己的功績足以換取總督的職位，清廷卻隻讓他任浙江巡撫，未免有些委屈。
在曾國藩的眼中，平安遠比富貴要來得重要。但曾國荃並不能理解曾國藩的做法，餞行宴上大肆地抱怨哥哥不為自己出頭做主，令曾國藩非常尷尬。為了安慰他，曾國藩於弟弟四十一歲生日的時候親筆撰寫了十二首絕句，據說當曾國荃看到“刮骨箭瘀天鑒否，可憐叔子獨賢勞”一句時，忍不住放聲大哭。曾國荃懂得了曾國藩的用心，帶著滿腹的委屈返回湖南荷葉塘休養，直到1865年才再次出山。