亂雲飛渡仍從容
1966年6月初，文革狂潮排空而來，中央廣播電台播放《人民日報》、《打倒匡亞明黑幫》的文章。匡亞明與丁秘書一起收聽，丁秘書緊張而茫然，匡亞明卻笑著自嘲說：“這下子我可是出了名了，全世界都知道有個匡亞明！”
隨著“打倒”、“聲討”的逐步升級，南大黨委一位領導找丁秘書談話，要他注意校長安全，“一不讓外人進入漢口路71號（匡的住所），二把校長的防衛手槍收回”。匡亞明得知後淡然一笑：“手槍在枕頭下麵，拿去交掉，他們是怕我自殺。你放心，我這個人決不會自殺。自殺是絕望的表現，我這個人從不絕望！”
匡亞明被撤銷了黨內外一切職務，被誣陷為“叛徒”、“走資派”，又被“造反派”掃地出門，由漢口路71號小樓搬到十四舍底層一間十多平方米的房子裏住。床鋪、煤爐、方凳、竹椅，占了許多地方，不少雜物隻好釘掛在四周牆上。匡亞明身處逆境，依然坦蕩樂觀，他以方凳拚成飯桌招待客人，並環顧四牆，詼諧地說：“這叫向空中發展。”
匡亞明斷然否認康生等人強加給他的種種罪名，他曾說：“我們光明磊落，不是黑幫，是紅幫嘛。”他還說，“投身革命四十多年，我不能說我什麼都正確，但有一條可以肯定：我忠誠於黨，從不懷疑馬克思主義的科學性”。在“黑雲壓城城欲摧”的日子裏，匡亞明與夫人丁瑩如曾悄悄地專程去雨花台烈士陵園憑吊先烈，匡亞明指著草地，動情地對夫人說：“這下麵埋葬著我的許多戰友，他們為黨犧牲了。我今天敢於來到這裏，因為我無愧於他們，他們是我最好的見證人！現在一些人妄圖加在我頭上的帽，那是站不住腳的！最終會還我清白！”
“造反派”批鬥匡亞明時，聲稱“匡案”是由康老定的，鐵板上釘釘，不容推翻。匡亞明與康生在20世紀20年代同為上海大學的學生，而且一起加入共產黨。在上海從事黨的地下工作時，康生任中共區委書記，匡亞明則任少共區委書記。抗戰初期匡亞明去了延安，不久被調任當時任政治局委員的康生的政治秘書。康生曾書寫“揮之不能去，威武不能屈”的條幅贈送匡亞明。一次，匡亞明以老同學的身份，善意地規勸康生不要過於專橫跋扈，“第一你對別人的看法有偏見，第二你現在完全聽不得對你的不同意見”，未料康生當即勃然大怒，指著匡亞明的鼻子說：“你給我滾！明天送你去黨校學習！”文革開始之後，當時任中央文革小組顧問的康生向造反派授意，指名要打倒北大的陸平和南大的匡亞明。
匡亞明知道是康生在迫害他，曾說：“康生這個人哪，怎麼說呢？在延安，他在大會上表揚我，說匡亞明是經得起考驗的好幹部。文化大革命了，他又說我是叛徒。同一個人同一件事，為什麼變，隻有他自己知道。”他對自己麵臨的困境和可能遇到的不測有充分的思想準備，他說：“‘鞏固文化大革命成果’，也可能把我‘鞏固’進去。那也不要緊，假作真時真亦假，事實遲早要出來說話的！”
四人幫倒台之後，在胡耀邦的關心、支持下，匡亞明的冤案得以昭雪，胡耀邦代表中央征求他今後工作的意向，匡亞明經過慎重考慮，仍然選擇高校，複出擔任南大黨委書記兼校長。胡耀邦曾對張黎群（中共中央紀律檢查委員會教育室主任）讚歎說：“匡亞明是有理論、有作為的老同誌。”
幾度披肝瀝膽人
1963年，匡亞明離開吉林大學，南下任南京大學黨委書記兼校長，中文係一位副教授在鳴放宮歡送會上當場吟誦七律送別詩，其中頷聯兩句為“八年細雨和風裏，幾度披肝瀝膽人”。在南京大學，匡亞明同樣披肝瀝膽，推心置腹，被廣大知識分子，包括許多知名學者教授引為知音、良師、益友。
匡亞明南大就任沒幾天，在漢口路71號門前與物理係教授、聲學專家魏榮爵邂逅。魏榮爵對匡亞明似曾相識，而令魏榮爵稱奇的是，匡亞明竟然知道他的姓名與特長。誠如古人所雲：“一與相遇，便成神交”。不久，匡亞明事先沒通知，就到聲學樓實驗室了解情況，令魏榮爵和其他教師深感愕然。但匡亞明很快讓大家擺脫了拘束，在五樓試聽室中，他坐下收聽不同聲學處理下音樂和戲曲播放的效果，大家談笑風生，忘了來者是一位校長。