建國後，匡亞明出任華東人民革命大學副校長兼政治研究院黨委書記、院長，又回到上海任華東局宣傳部常務副部長。1955年5月，調任東北人民大學（後改名為吉林大學）黨委書記兼校長，八年後調至南京大學任黨委書記兼校長。文革中，匡亞明遭到了近十二年的錯誤打擊，直到1978年，已72歲時才恢複了南京大學的領導職務。之後，他於1979年12月當選為江蘇省第五屆人大常委會副主任之職。1982年後，他辭去了南京大學領導職務，擔任南京大學名譽校長。1983年，他當選江蘇省第六屆人大常委會副主任。從領導崗位上退下來的後，他還擔任中國孔子基金會會長，南京大學、吉林大學名譽校長、山東大學、曲阜師範大學兼職教授，國務院古籍整理出版規劃小組組長等職。
匡亞明就是這樣，黨叫幹啥就幹啥，他把他的一生全部貢獻給了黨，奉獻給了人民的解放事業和祖國的文化教育事業。
孔學研究的泰鬥
匡亞明深厚的中國傳統思想文化，特別是對哲學、曆史、文學的精深造詣，來源於他對我國古代偉大的思想家、政治家、文學家、教育家及文明先哲孔子的學習和研究。
在孔學的研究上，他碩果累累，在海內外享有盛譽。他研究撰寫的主要論文有《孔孟“仁”的哲理之厘定》、《孔子教育思想的現代價值》、《孔子反對侵略戰爭的和平思想》、《孔子人學思想中積極因素的現代價值》、《學然後知不足》，以及他在76歲高齡時寫出的《對孔子進行再研究再評價》等。1988年11月，已是82高齡，耄耋之年的匡亞明應邀在德國波恩孔子儒學國際學術討論會上作了題為《孔子人學思想中積極因素的現代價值》精彩的演講，引起轟動效應。85歲時，他又向新加坡召開的“漢學研究之回顧與前瞻”國際會議上提交了《孔子思想研究的新氣象》論文。
上個世紀80年代初，匡亞明從領導崗位上退下來了。一次，匡亞明到杭州小憩，下榻在西湖邊的大華飯店。陪同的原浙江省委宣傳部部長於冠西問匡亞明，今後你到哪裏遊玩。匡亞明笑答：“記得有位外國名人說過，‘當你到了一定年紀，你的一切就是看其他人在幹什麼。’說這話的時侯，此名人不過七十幾歲，比我還小九歲。但我現在的一切，不單是看別人在幹什麼，更多的是計劃著自己還將幹些什麼。”
匡亞明的確沒有像許多老人那樣兒孫繞膝、寄情山水、頤養天年，反而“老驥伏櫪，誌在千裏”。他有一個夙願，他說，從“從孔子到孫中山”，這是毛澤東主席在延安時期就提出的命題，我的願望就是對孔子作出比較全麵的、公正的曆史評價。除此之外，想從中華民族2000多年來在文、史、哲、農、工、醫、政治等方麵有傑出成就的人物中精選200人，以馬克思主義的科學方法對他們的思想加以評述，由微見著地勾勒出這段曆史中中國傳統思想文化的總體麵貌。
他的這一宏偉計劃得到了國務院的批準，國務院組建了國家古籍整理出版規劃小組，請匡亞明出任組長。於是，“一個二十世紀規摸最大的中國傳統思想文化研究工程”，在一個丹陽籍的古稀老人領導下緊鑼密鼓地開展起來，這個浩繁的工程計劃出版《中國思想家評傳叢書》，對“從孔子到孫中山”的260多位中國思想家進行評述。匡亞明親自撰寫了其中的第一部《孔子評傳》，該書運用曆史唯物主義觀點，對孔子的生平、時代背景、孔子的哲學思想、倫理思想、政治思想和教育思想以及對後世的影響，進行了深入淺出地係統論述，令人耳目一新地提出對孔子研究的“三分法”。《孔子評傳》30萬字，1985年經山東齊魯書社出版後，在海內外產生巨大影響，許多報刊發表評論文章，認為其在內容上方法上均有獨到之處，是朝著對孔子作全麵係統、實事求是的科學評價這個目標邁出的一大步。該書還被翻譯成多種文字，當年獲國家圖書一等獎。
上個世紀90年代初，匡亞明連續生了兩次大病，前去探視的人們紛紛勸慰他：您就安心休養吧，叢書已出到30部了，夠不容易了。病榻上的匡亞明笑道：我想的可不是30、50部，而是200部。後來，在一次聚會上，時任南京大學校長的曲欽嶽等衷心祝願他長命百歲。匡亞明卻風趣地說：“我努力一下，想至少要活101歲，這樣才能親眼看到200部叢書的出齊！”在場的人無不為老人堅強的信念深深感動。
成就為大寫的人
“This is a man！做工作做學問首先要做好人，怎樣做人？怎樣學做人？怎樣做群體人？一句話，要成為大寫的人！”這是匡亞明在一次對南京大學學生演講時講的話。匡亞明用他九十一年的輝煌人生實踐了他自己的這個理念；他，就是一個大寫的人。
匡亞明一生充滿艱辛和坎坷，可是他從來就不計較個人進退得失，談笑應對曲折和磨難。他一生坐過4次牢，其中三次是坐國民黨的牢，曆時4年餘，一次是在文革中，蒙受牢獄之苦十多年。每每有人提及這些，他總是淡淡一笑，一句“人生誰無幾番難”一帶而過。1954年後期，中央決定撤銷大區一級建製，匡亞明時任中共華東局宣傳部常務副部長，其它幾位副部長安排都很好，其中夏衍到中央文化部任副部長，沙文漢到浙江省當省長……而匡亞明卻多次向組織上請求，讓他去辦大學，終於中央批準了他的懇請。