為了提高教學質量，他很重視科學研究工作，倡導定期召開科學討論會。每次科學討論會，他都親自過問，盡可能參加，有時親自審選論文或幫助定稿。在科學研究中，他要求勇於創新，努力攀登科學高峰。在學術問題上，他主張認真貫徹“百家爭鳴”的方針，認為“隻能以理服人，不能以力服人。那種企圖以簡單、粗暴、甚至謾罵的方式對待學術爭論的態度，顯然都是錯誤的，應當注意防止和糾正”。隻有這樣，才能促進學術的繁榮和發展。
由於學校重視培養教師和開展科研工作，教師隊伍不斷成長，科研水平不斷提高，培養出了一支能夠勝任教學的教師隊伍，較好地完成了教學工作任務。
吳玉章一貫提倡多種形式辦學。學校除了設預科、本科、專修科、研究班和特別班外，還創辦了職工業餘學校、夜大學和函授學院，為培養和提高校內外在職幹部的文化水平和業務能力，作出了貢獻。
吳玉章主張學校一切工作要服務於教學，建立嚴密的計劃和良好的秩序，他經常說，一個學校就像一部複雜的機器，即使是一個螺絲釘鬆動了，也會影響整個機器的正常運轉。他多次列舉國內外的重要例證說明治學必須從嚴，他說：中國自古就有“教不嚴，師之惰”的說法，這是符合教育學原理的有益經驗，“現在辦教育的人也還是應該注意這一條的”。他除了領導製訂教學計劃外，並製訂出一些必要的、合理的規章製度，教育大家自覺遵守，做到賞罰嚴明。他特別注意後勤保證，尤其重視開學前的準備工作，每年開學前，他總要到教室內檢查，看看燈光亮度夠不夠，桌椅板凳是不是整齊和幹淨，教科書和講義是否有了準備，以保證按時開學，準時上課。
吳玉章一貫提倡艱苦奮鬥，因陋就簡，勤儉辦學。他常說，在解放區的時候是窯洞作宿舍，樹林當課堂，現在雖然條件好了，也不要忘記過去。同時，他又很關心師生員工的生活，親自到食堂檢查夥食質量，要醫務人員到教工宿舍巡診，親自或派人慰問病號，經濟上接濟困難的同誌。有一位老教授病了，他就派秘書去慰問，並送去100元給予補助，那位教授十分感動。而他自己呢，卻是布衣蔬食，十分儉樸，真是關心他人比關心自己為重。
中國人民大學在吳玉章主持下是努力貫徹黨的知識分子政策，即使在“左”的錯誤嚴重衝擊下，仍然想方設法保護黨內外的專家學者。吳玉章一直把教師看成是工人階級的一部分，看成是黨和國家的寶貴財富。在曆次政治運動中，他旗幟鮮明地抵製“左”的作法，反對鬥爭擴大化，主張重在教育。清查“胡風分子”時，在一位骨幹教師已被點名政治壓力很大的情況下，他出於信任和珍惜人才的心情，把那位教師接到家裏寫“檢查”；另一位骨幹教師也受到牽連，經他認真而慎重的幹預，才得幸免。在反對資產階級右派鬥爭中，他主張盡量少劃右派，提出：“青年人說幾句錯話，重在教育嘛。”在反對“右傾機會主義”和反對“修正主義”運動中，他發現運動過火、傷人過多時，曾親自參加教師“批判會”，了解情況。有一次整整聽了半天，會後語重心長地說了一句話：“不能這樣批判同誌”，神情十分憂慮和不安。後來他對學校領導說：“對待幹部問題一定要實事求是，幹部有錯誤，可以批評，可以教育，但不要‘一棍子打死’，重犯我黨曆史上曾經出現過的‘殘酷鬥爭，無情打擊’的錯誤”。1962年，為了消除“左”的錯誤的影響，他請求中央派來調查組，幫助學校進行了甄別和平反。
在吳玉章六十壽辰時，毛澤東同誌說：“一個人做點好事並不難，難的是一輩子做好事，不做壞事，一貫的有益於廣大群眾，一貫的有益於青年，一貫的有益於革命，艱苦奮鬥幾十年如一日，……我們的吳玉章老同誌就是這樣一個幾十年如一日的人。”